Ô nhiễm môi trường trong nông nghiệp hiện nay chủ yếu là do nông dân sử dụng quá mức phân bón - thuốc trừ sâu đã phần nào ảnh hưởng đến chất lượng nước mặt, làm cho đất thoái hóa, giảm độ phì nhiêu. Các dạng thoái hóa đất chủ yếu xảy ra trong tỉnh là: giảm độ phì vàø mất cân bằng dinh dưỡng, đất bị chua hóa, phèn hóa, đất ngập úng, sạt lở, đất bị ô nhiễm. Tiến trình thoái hóa đất nhanh nhất xảy ra ở vùng sản xuất liên tiếp 3 vụ lúa, do đất bị ngập nước liên tục nên sản sinh ra nhiều chất độc đối với cây trồng (H2S, Fe2+, Al3+. . . ). Đất canh tác 3 vụ lúa/ năm sau một thời gian bắt đầu xuất hiện triệu chứng thiếu các nguyên tố vi lượng (kẽm, đồng, molipđen) vàø trung lượng (Ca2+, Mg2+).
Theo số liệu của Trường đại học Cần Thơ, nông dân thường phun xịt hóa chất vàø thuốc BVTV trên các loại hoa màu như: rau cải, dưa leo…gấp từ 5 - 10 lần cho phép.
Ô nhiễm môi trường trong các vùng nông thôn hiện nay chủ yếu là:
- Rác thải chưa được thu gom vàø xử lý hợp vệ sinh.
- Chất thải nông nghiệp, dư lượng thuốc BVTV, các chai, lọ, bao bì đựng thuốc trừ sâu sau khi sử dụng chưa được thu gom hợp lý.
- Chất thải của thủy cầm do nuôi vịt chạy đồng. Mặc dù đây là mô hình có hiệu quả, tận dụng được nguồn thức ăn tự nhiên, nhưng chất thải do nuôi
vịt làm ô nhiễm nặng nguồn nước sinh hoạt, nhất là vàøo mùa nước kiệt vàø trong những năm qua dịch cúm gia cầm liên tục xảy ra, do vàäy hình thức nuôi vịt đàn đang là mối nguy hại đe dọa ô nhiễm nguồn nước vàø lây lan dịch bệnh cần phải sớm có biện pháp ngăn chặn kịp thời.
- Nước thải của các cơ sở giết mổ gia súc nhỏ lẻ ở các địa phương vàø các chợ. Nhất là trong điều kiện hiện nay dịch cúm gia cầm đang có nguy cơ bùng phát trở lại thì việc ô nhiễm môi trường do chôn lấp, tiêu hủy gia cầm bị bệnh, giết mổ gia cầm tràn lan ở các chợ Thị xã, thị trấn, thị tứ là rất khó kiểm soát.
Ngoài ra, trong lĩnh vực Nông nghiệp, nuôi trồng thuỷ sản là loại hình sản xuất đang phát triển mạnh mẽ trong tỉnh nhưng chưa có giải pháp xử lý nguồn nước thích hợp đã góp phần gây ô nhiễm nguồn nước mặt, vì vàäy rất cần quan tâm vàø có các giải pháp xử lý kịp thời.