KBNN có nhiệm vụ quản lý quỹ NSNN, với nhiệm vụ này, KBNN có trách nhiệm thanh toán đầy đủ, kịp thời các khoản chi ngân sách để trả tiền cho người cung cấp hàng hoá dịch cho cơ quan nhà nước theo đúng tiến độ thực hiện, trong phạm vi dự toán ngân sách năm được giao, thực hiện ghi chép đầy đủ, kịp thời tình hình xuất - nhập quỹ ngân sách, có quyền từ chối các khoản chi không đúng luật lệ tài chính – ngân sách hiện hành, nhưng phải thông báo kịp thời cho đơn vị sử dụng ngân sách biết và chịu trách nhiệm về quyết định của mình. Đơn vị bị từ chối chi, nếu không nhất trí với quyết định của cơ quan KBNN trực tiếp chi trả, có quyền khiếu nại với cơ quan hành chính nhà nước và cơ quan KBNN cấp trên. Điều đó có nghĩa là, chỉ tiến hành kiểm soát hồ sơ, chứng từ trong giai đoạn chuẩn chi và trả tiền hay / thực hiện cam kết chi.
Với những nhiệm vụ chi như trên, KBNN vừa là kiểm soát viên, vừa là kế toán viên, vừa là thủ quỹ Quốc gia.
Quyền quyết định chi và ra lệnh tra tiền là quyền độc lập của Thủ trưởng đơn vị sử dụng ngân sách, trong khuôn khổ luật lệ tài chính - ngân sách hiện hành và sự kiểm soát ( chứ không phải giám sát) của cơ quan quản lý quỹ ngân sách ( cơ quan KBNN ) theo những điều khoản luật định.
Luật ngân sách Nhà nước ( sửa đổi) ban hành năm 2002 ( 01/2002/QH11 ngày 16 tháng 12 năm 2002) có hiệu lực thi hành từ năm 2004. Theo đó, Chính phủ đã ban hành nghị định ( Nghị định số 60/2003/NĐ-CP) hướng dẩn thi hành. Trên cơ sở các văn bản pháp lý trên, Bộ tài chính đã ban hành nhiều văn bản quan trọng hướng dẩn, cụ thể hoá luật ngân sách Nhà nước ( NSNN) và Nghị định của Chính phủ, trong đó có thông tư số 79/2003/TT-BTC ngày 13/8/2003 hướng dẩn chế độ quản lý cấp phát, thanh toán các khoản chi NSNN qua Kho bạc Nhà nước và gần đây Bộ tài chính ban hành thông tư 161/2012/TT-BTC ngày 02/10/2012 quy định chế độ kiểm soát, thanh toán các khoản chi NSNN qua KBNN thay thế thông tư 79/2003/TT-BTC.
Có thể nói từ khi luật NSNN ( sửa đổi) có hiệu lực thi hành từ năm 2004 đến nay, cơ chế quản lý cấp phát, kiểm soát, thanh toán các khoản chi NSNN qua KBNN có nhiều thay đổi, bổ sung phù hợp với điều kiện, hoàn cảnh phát triển kinh tế xã hội của đất nước mà cơ bản ngày càng đề cao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm của chủ tài khoản ( Thủ trưởng đơn vị sử dụng NSNN), theo đó vai trò kiểm soát chi của KBNN cũng được thay đổi, chuyển biến thích ứng với yêu cầu đổi mới về phương thức kiểm soát, cấp phát, thanh toán phù hợp với cơ chế quản lý, điều hành NSNN của Quốc gia.
Nếu như giai đoạn từ trước năm 2004, KBNN thực hiện kiểm soát, cấp phát theo hạn mức kinh phí thì giai đoạn 2004-2007, KBNN thực hiện kiểm soát, thanh toán chi thường xuyên bằng dự toán và theo 4 nhóm mục chi. Từ năm 2008 đến nay, việc kiểm soát thanh toán của KBNN thực hiện bằng dự toán được phân bổ và giao hang năm chi tiết đến loại khoản ( không phân bổ theo 4 nhóm mục và theo từng quý trong năm). Đặc biệt, từ sau khi thông tư 161/2012/TT-BTC có hiệu lực thi hành, công tác kiểm soát chi thường xuyên của KBNN có một số thay đổi cơ bản mà khuynh hướng chung là chuyển giao quyền cho chủ tài khoản tự chịu trách nhiệm về việc chi tiêu ngân sách tại đơn vị mình.