- Công ty với số lượng lớn công việc nhưng phòng kế toán chỉ có 4 nhân viên và mặt dù phòng kế toán có trang bị đầy đủ trang thiết bị như máy tính, máy in nhưng những trang thiết bị này đã củ và có phần hư hỏng rất dễ mất dữ liệu trong quá trình làm việc.
- Hệ thống quy trình quy định gây khó khăn cho nhân viên trong việc trình duyệt qua nhiều cấp làm giảm tính linh hoạt trong xử lý công việc hằng ngày.
- Việc tổ chức bộ máy kế toán như hiện nay có ưu điểm là phát huy khả năng chuyên môn của từng nhân viên kế toán, xong lại hạn chế khả năng tổng hợp của từng người. Do tính độc lập cao nên nếu có nhân viên nào nghỉ thì những người còn lại sẽ rất khó có thể đảm nhận công việc đó, điều này gây ảnh hưởng đến tiến độ công việc.
- Đôi khi công việc kế toán dồn dập vào cuối tháng gây ảnh hưởng đến thời gian lập báo cáo tài chính.
- Về kế toán tập hợp chi phí nguyên vật liệu trực tiếp: Phòng kế toán chỉ theo dõi trên phiếu xuất kho, thẻ kho, từ đó số liệu này sẽ tự động chuyển vào sổ chi tiết TK “621”. Như vậy rất khó theo dõi mục đích sử dụng của từng nguyên vật liệu là cho sản xuất hay phục vụ phân xưởng.
- Kế toán chi phí nhân công trực tiếp không được mở chi tiết theo từng sản phẩm, như vậy sẽ không thuận tiện cho việc theo dõi tập hợp chi phí và tính giá thành từng sản phẩm đóng tàu.