Quốc hội, Chính phủ cần nghiên cứu để có văn bản pháp quy hướng đến việc hoàn thiện, đổi mới cơ chế quản lý, trong đó cần phân định rõ chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan trong việc quản lý NSNN, cụ thể là chỉnh sửa, sửa đổi các quy định về nhiệm vụ, quyền hạn của HĐND các cấp theo hướng chủ động, độc lập, không phụ thuộc quá nhiều vào cơ quan quản lý cấp trên.
Quốc hội, Chính phủ cần nghiên cứu đổi mới phương pháp lập dự toán NSNN theo đầu vào như hiện nay sang lập dự toán NSNN theo kết quả đầu ra. Quản lý NSNN theo kết quả đầu ra sẽ là công cụ để Nhà nước tập trung nguồn lực công phục vụ các hoạt động mang lại lợi ích cao nhất cho xã hội, giúp cải thiện chính sách tài chính công và góp phần tăng cường hiệu quả quản lý chi NSNN. Để thực hiện phương thức này hoạt động quản lý ngân sách cần có khuôn khổ pháp lý đầy đủ, hạ tầng công nghệ, thông tin, đội ngũ cán bộ quản lý với tư duy và trình độ đủ để tiếp cận với phương thức mới.
Thiết lập hệ thống tiêu chuẩn, định mức bao quát hết nhiệm vụ chi phù hợp với thực tiễn. Các tiêu chí xây dựng định mức phải đảm bảo tính khoa học, dễ tính toán, dễ kiểm tra. Đề nghị Bộ Tài chính ban hành đủ các định mức có tính khoa học và khả thi cần thiết cho quản lý chi ngân sách.Các văn bản quy phạm pháp luật cần có những quy định cụ thể, chi tiết, rõ ràng góp phần thực hiện nguyên tắc hiệu quả trong đầu tư phát triển và tiết kiệm trong chi thường xuyên. Chính phủ cần thống nhất quản lý việc ban hành các chế độ tiêu chuẩn định mức bao gồm: các định mức do Bộ Tài chính ban hành; các định mức do Bộ Tài chính qui định mức
khung, giao HĐND tỉnh quyết định cụ thể sao cho phù hợp với đặc điểm địa phương. Xây dựng khung định mức chi ngân sách với các hệ số khác nhau để phù hợp với đặc điểm và khả năng ngân sách của từng cấp chính quyền; phù hợp với đặc điểm và điều kiện địa lý của từng vùng; phù hợp với qui mô và tính chất đặc thù của cơ quan quản lý nhà nước. Áp dụng định mức khung chi theo công việc thay cho áp dụng định mức chi theo biên chế như lâu nay.
Để nâng cao hiệu quả sử dụng ngân sách, trong quá trình quản lý điều hành chi ngân sách cần ban hành kịp thời các Chỉ thị về tăng cường quản lý ngân sách, yêu cầu các đơn vị thực hiện tốt các nội dung quan trọng, như đẩy mạnh thực hiện giao khoán kinh phí, thực hiện cải cách thủ tục hành chính, áp dụng các tiêu chuẩn ISO 9001-2008, công khai minh bạch, tăng cường kỷ cương, kỷ luật tài chính,...
Phát triển hệ thống thông tin quản lý tài chính và hệ thống dịch vụ công về chi ngân sách góp phần giảm chi phí xã hội, công khai, minh bạch đơn giản hóa thủ tục hành chính nâng cao vai trò trách nhiệm cho Thủ trưởng đơn vị sử dụng ngân sách. Những vấn đề này là một trong số các yếu tố cơ bản góp phần làm nâng cao năng lực của chính phủ để phân phối và sử dụng các nguồn lực có hiệu quả và hiệu lực.