* Rễ
Nhãn có bộ rễ rất phát triển. Phụ thuộc vào điều kiện đất, mực nước ngầm nơi trồng, hình thức nhân giống (gieo hạt, chiết, ghép) khác nhau.
Đất đồi có tầng dày rễ nhãn có thể ăn sâu 3 - 5 m; ở Đồng bằng sông Hồng mực nước ngầm cao rễ chỉ phân bố ở tầng sâu 35 cm. Cây gieo hạt và cây ghép có bộ rễ ăn sâu hơn cây chiết. Rễ tơ tập trung ở tầng đất 10 - 100 cm, nhưng phần lớn ở tầng đất 50 cm trở lên.
Sự phát triển về chiều ngang của bộ rễ khá rộng, thông thường gấp 1 - 3 lần tán cây. Trong đó khoảng 80% rễ (bao gồm cả rễ tơ) tập trung trong khu vực hình chiếu của tán cây.
Rễ nhãn lúc mới ra có màu trắng, dần dần chuyển sang màu vàng trắng, rễ già có màu vàng nâu.
Bộ rễ có khả năng tái sinh khỏe, nhất là ở lớp đất mặt từ 30 cm trở lên. Rễ nhãn thuộc loại rễ nấm (có nấm cộng sinh) giống rễ vải (các loại cây ăn quả như cam, quýt, hồng, táo ta, hồng xiêm, v.v.. không có rễ nấm).
+ Thân, cành nhãn:
Mầm ngọn hay mầm nách của nhãn đều có thể phát triển thành cành, việc hình thành thân cành của nhãn có những đặc điểm khác với những cây ăn quả khác là khi cây đã ngừng sinh trưởng, mầm ở đỉnh ngọn được các lá kép non bao bọc, đến khi gặp điều kiện thuận lợi thì các mầm ở đỉnh lại kéo dài thêm.
Thông thường, nhãn có 4 đợt lộc (cành) chính trong năm là: lộc xuân, lộc hè, lộc thu, lộc đông trong đó cành thu là cành cho quả năm sau (Nguyễn Thị Hiền, 2007). Những năm vào đầu mùa đông có thời tiết ấm áp và đủ ẩm thì lộc đông rất dễ hình thành và phát triển. Do cành đông có thời gian mọc ngắn và trong thời gian mọc có nhiều yếu tố bất lợi nên cành thường yếu, khó có khả năng hình thành cành cho quả ở vụ xuân năm sau. Dựa vào mùa vụ phát sinh các cành lộc, nắm được quy luật sinh trưởng của từng loại cành để điều khiển một cách hợp lý trong quá trình chăm sóc cây là rất cần thiết.
+ Lá nhãn
Lá nhãn thuộc lá kép lông chim, lá đơn mọc đối xứng hay so le, thông thường nhãn có từ 3-5 đôi lá, có giống từ 1-2 đôi. Lá nhãn hình lưỡi mác, mặt lá xanh đậm, lưng lá xanh nhạt, cuống lá ngắn, gân chính nổi rõ, lá non màu đỏ, tím hoặc nâu tùy thuộc vào giống và thay đổi theo thời tiết. Có thể căn cứ vào cấu tạo, hình thái của lá để phân biệt được các giống.
+ Hoa nhãn
Hoa nhãn bao gồm hoa lưỡng tính có chức năng đực, hoa lưỡng tính có chức năng cái hoặc hoa lưỡng tính (với 2 bộ phận đực và cái). Hoa lưỡng tính đực có ít hơn hoặc bằng 8 nhị đực có lông xếp thành hàng đơn trên đế hoa. Hoa lưỡng tính cái có mang bao phấn nhưng bất thụ và không có chức năng đực. Hoa lưỡng tính có hai lá noãn, bầu noãn có nhiều lông tơ với núm nhụy có hai thùy. Thông thường chỉ có một lá noãn (tâm bì) phát triển thành trái. Hoa lưỡng tính có 8 chỉ nhị không cuống với bao phấn sản xuất ra hạt phấn hữu thụ (Wong, 2000).
Hoa nhãn xếp thành từng chùm mọc ở ngọn và nách lá. Chùm hoa có 10 – 20 nhánh chính, mỗi nhánh chính lại có nhiều nhánh nhỏ, trên mỗi nhánh nhỏ thường có 3 hoa và thông thường trên mỗi chùm hoa có từ 2.000 đến 3.000 hoa.
Căn cứ vào hình thái chùm hoa chia ra làm 3 dạng: “chùm sung”, “chùm bị”, “chùm dâu da”.
Hoa nhãn thụ phấn chéo nhờ côn trùng và có hiện tượng chín không cùng lúc giữa nhị và nhụy. Tuy nhiên, do hoa nhãn nở tương đối tập trung nên có sự trùng thời gian nở hoa giữa các loại hoa từ 4-6 tuần tuỳ thuộc vào từng giống. Sự đậu trái thường thấy ở những hoa nở cùng với thời kỳ nở của hoa đực. Do đó, những hoa trước hay sau thời kỳ này thường có tỉ lệ đậu trái rất thấp.
Sau khi thụ tinh xong, quả bắt đầu phát triển, tháng đầu tiên tăng về chiều cao của quả nhanh hơn tăng về đường kính. Tiếp đó là hạt phát triển, khoảng giữa tháng 6 cùi quả dần dần hình thành và phát triển nhanh từ cuối tháng 6 đến đầu tháng 7. Quả nhãn phát triển nhanh từ đầu tháng 7 trở đi. Vì vậy, ở thời kỳ này việc cung cấp đầy đủ nước và dinh dưỡng hết sức quan trọng.