Theo quy định, Chủ đầu tư xây dựng và kinh doanh kết cấu hạ tầng kỹ thuật KCN có trách nhiệm xây dựng và vận hành hệ thống xử lý nước thải tập trung. Thực tế hiện nay công tác này chưa được thực hiện nghiêm túc tại nhiều KCN. Các KCN đã triển khai xây dựng và vận hành hệ thống xử lý nước thải tập trung tại các KCN, tuy nhiên tỷ lệ còn thấp và hiệu quả chưa cao. Nhiều KCN hiện còn tìm cách trì hoãn việc đầu tư cơ sở hạ tầng về bảo vệ môi trường nói chung và hệ thống xử lý nước thải tập trung nói riêng. Tại các KCN đã xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung cũng xuất hiện nhiều vấn đề dẫn đến việc vận hành hệ thống này không hiệu quả. Một số nơi hệ thống không đáp ứng được tổng lượng nước thải mà các doanh nghiệp trong KCN thải ra, do thiết kế công suất không tương xứng hoặc do lượng xả thải của các doanh nghiệp vượt quá mức cam kết. Nhiều doanh nghiệp không tuân thủ quy định xử lý nước thải cục bộ, một số KCN lại không có đủ nước thải để hệ thống hoạt động do nhiều doanh nghiệp trong KCN không chịu đấu nối nước thải vào hệ thống. Điển hình như KCN Phố Nối B, Hải Dương, chỉ có lượng nước thải khoảng 500m3/ngày, trong khi công suất xử lý của hệ thống là 10.800m3/ngày.
Việc áp dụng sản xuất sạch hơn và công nghệ thân thiện môi trường tại các doanh nghiệp trong KCN còn chưa được chú trọng. Các cơ sở áp dụng sản xuất sạch hơn, tuỳ loại hình sản xuất, tình trạng thiết bị, quản lý đã giảm tiêu thụ nhiên liệu 5-15%, giảm tiêu thụ nước 5-35%, giảm tiêu thụ năng lượng 10-35%, giảm lượng nước thải 5-40% và giảm lượng khí thải 10-30%. Nếu tiếp tục cải tiến phương thức quản lý và thay đổi cách sử dụng hợp lý trang thiết bị trong sản xuất, sinh hoạt thì các cơ sở sản xuất ở Việt Nam còn có thể tiết kiệm thêm 5- 15% năng lượng tiêu thụ. Hiện nay cùng với một số công nghệ thân thiện với môi trường được đầu tư, ứng dụng vào nhiều KCN, vẫn còn nhiều KCN và doanh nghiệp chưa quan tâm đúng mức đến việc đầu tư này, không ít doanh nghiệp trong KCN còn sử dụng công nghệ lạc hậu trong sản xuất, có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường cao.