Ngày 26/5/2003, căn cứ vào Công văn số 704/CP-CN của Thủ tướng Chính phủ về việc đồng ý chủ trương xây dựng KCN Ninh Phúc (nay là KCN Khánh Phú) tỉnh Ninh Bình, ngày 28/09/2003 Bộ Xây dựng đã có văn bản số 1478/BXD-KTQH về việc chấp thuận quy hoạch KCN Khánh Phú.
Ngày 14/01/2004, căn cứ quyết định số 94/QĐ-BXD của Bộ trưởng Bộ Xây dựng về việc phê duyệt quy hoạch chi tiết KCN Ninh Phúc tỉnh Ninh Bình. Quyết định thành lập KCN tập trung Ninh Phúc số 1687/QĐ-UB ngày 20/7/2004 của UBND tỉnh Ninh Bình.
Việc thành lập cơ sở phù hợp với các quy hoạch liên quan, phù hợp với chủ trương phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Ninh Bình theo Quyết định số 2678/2007/QĐ-UBND ngày 10/12/2007 của UBND tỉnh Ninh Bình về việc ban hành Chương trình hành động của UBND tỉnh Ninh Bình về phát triển kinh tế nhanh và bền vững khi Việt Nam là thành viên của Tổ chức Thương mại thế giới (WTO); Quyết định số 1858/2006/QĐ-UBND ngày 7/9/2006 của UBND tỉnh Ninh Bình Phê duyệt Quy hoạch tổng thể phát triển KT – XH huyện Yên Khánh giai đoạn 2006-2010 và định hướng đến năm 2020.
KCN bắt đầu xây dựng cơ sở hạ tầng từ năm 2003. Đến nay tỷ lệ lấp đầy trong KCN Khánh Phú đã đạt 100%, thu hút tổng số 27 dự án đầu tư.
Các ngành nghề đã thu hút đầu tư vào KCN Khánh Phú: + Cơ khí;
+ Công nghiệp hóa chất;
+ Công nghiệp luyện phôi thép, phôi kim loại; + Sản xuất đinh ốc vít;
+ Sản xuất kính; + Sản xuất ắc quy;
+ Sản xuất lắp ráp thiết bị ô tô; + Sản xuất vật liệu xây dựng;
+ Các ngành sản xuất các sản phẩm xuất khẩu, dịch vụ cảng tổng hợp và một số ngành khác.
Trong tổng số 27 dự án đầu tư trong KCN hiện có 17 dự án đã đi vào hoạt động, 10 dự án đang triển khai xây dựng.