Trên cơ sở quy hoạch chung xây dựng KKT Dung Quất đến năm 2025 điều chỉnh được duyệt (từ 10.300 ha lên 45.332 ha), Ban Quản lý đã chủ động lập và trình phê duyệt quy hoạch chi tiết 1/2000 các khu chức năng trong KKT Dung Quất (07 đồ án được phê duyệt và 02 đồ án phê duyệt điều chỉnh), đồng thời kết hợp với quy hoạch nông thôn mới các xã trong KKT Dung Quất đang triển khai lập quy hoạch chi tiết các khu chức năng còn lại như làng xã kết hợp với khu tái định cư, nghĩa địa, đất nông nghiệp, cây xanh mặt nước để xác định rõ chức năng từng phân khu làm cơ sở cho việc ổn định, an sinh cho nhân dân cũng như cơ sở quản lý và phối hợp quản lý sát thực hơn. Hiện nay, Ban Quản lý đang tiến hành điều chỉnh quy hoạch Khu Bến cảng Dung Quất I thuộc cảng biển Dung Quất; Quy hoạch KCN Đông Dung Quất và KCN Tây Dung Quất, một phần đô thị Vạn Tường để phù hợp với tình hình đầu tư phát triển KKT Dung Quất hiện nay và định hướng phát triển trong thời gian đến.
Trên cơ sở đồ án quy hoạch được cấp có thẩm quyền phê duyệt, Ban Quản lý tổ chức cắm mốc quy hoạch trên thực địa, công bố công khai đồ án
quy hoạch, quy định quản lý theo đồ án quy hoạch cho chính quyền và nhân dân trong vùng quy hoạch được biết để phối hợp quản lý và thực hiện. Trong quá trình tổ chức thực hiện quy hoạch, luôn tuân thủ và thực hiện đúng theo nội dung quy hoạch đã được phê duyệt, đồng thời phối hợp chặt chẽ với các cấp Chính quyền địa phương để quản lý và cùng các cơ quan có liên quan giải quyết hoặc đề xuất các vấn đề cho phù hợp với tình hình thực tế và yêu cầu của Nhà đầu tư để phù hợp với quy hoạch đã được phê duyệt, từng bước đưa quy hoạch vào thực tiễn. Quy hoạch kế hoạch sử dụng đất trong KKT Dung Quất được xây dựng bám sát với quy hoạch xây dựng. Công tác quản lý quy hoạch tại đô thị Vạn tường được đặc biệt chú trọng thông qua việc thành lập Ban quản lý phát triển đô thị Vạn Tường (trực thuộc Ban quản lý) nhằm mục tiêu xây dựng quy trình quản lý khoa học, hợp lý, tạo thuận lợi cho các nhà đầu tư vào đô thị.
Tuy nhiên, công tác quy hoạch còn một số hạn chế: (1) Còn chồng chéo trong việc lập, quản lý nhà nước và thực hiện quy hoạch phát triển kinh tế xã hội và quy hoạch ngành trên địa bàn KKT, giữa quy hoạch tại KKT và quy hoạch của các chính quyền địa phương (Hai đô thị Châu Ổ và Lý Sơn nằm trong KKT Dung Quất tuy nhiên trong thời gian qua công tác lập quy hoạch, quản lý quy hoạch, đầu tư xây dựng và phát triển tại hai đô thị này do địa phương quản lý). (2) Quy hoạch chi tiết 1/2000 một số vị trí trong KKT chưa đáp ứng yêu cầu phát triển, còn mang tính cục bộ, chưa được xem xét một cách tổng thể hài hòa lợi ích của địa phương dẫn đến phải điều chỉnh quy hoạch, ranh giới nhiều lần. (3) Việc phối hợp với chính quyền địa phương trong việc kiểm tra và quản lý quy hoạch chưa hiệu quả; tình trạng xây dựng tạm, xây dựng cơi nơi, xây dựng trái phép chưa được phát hiện và xử lý kịp thời, cương quyết làm ảnh hưởng lớn đến công tác bồi thường GPMB và gây lãng phí lớn cho xã hội.