Mặc dù có được những kết quả ban đầu nhưng so với những tiềm năng, lợi thế của KKT Dung Quất cũng như so với các chủ trương ban đầu của Bộ Chính trị và Chính phủ về việc thành lập KKT Dung Quất thì những kết quả nêu trên còn khiêm tốn và chưa đạt được mục tiêu mà Bộ Chính trị và Chính phủ đã đề ra. Ban Quản lý nhận thấy một số hạn chế sau:
Thứ nhất, còn chồng chéo trong lập, quản lý nhà nước và thực hiện quy hoạch phát triển kinh tế xã hội và quy hoạch ngành trên địa bàn KKT, giữa quy hoạch tại KKT và quy hoạch của các chính quyền địa phương. Công tác phối hợp với chính quyền địa phương trong việc kiểm tra và quản lý quy hoạch chưa hiệu quả.
Thứ hai, vốn đầu tư hạ tầng KKT Dung Quất chủ yếu vẫn là nguồn ngân sách hoặc có tính chất ngân sách nên chưa đáp ứng được yêu cầu; trong khi đó, việc thu hút đầu tư kết cấu hạ tầng theo các hình thức PPP, huy động từ quỹ đất gặp nhiều khó khăn, chưa đạt kết quả, kêu gọi nguồn vốn ODA, FDI và các nguồn vốn khác chưa đạt kết quả nên cơ sở hạ tầng, tiện ích còn thiếu, mới chỉ đáp ứng yêu cầu ở mức thấp.
Thứ ba, việc phân cấp, ủy quyền chưa mạnh trên một số lĩnh vực nên việc thực hiện cơ chế “một cửa, tại chỗ” chưa phát huy hiệu quả, gây khó khăn cho các nhà đầu tư.
Thứ tư, việc thực hiện các kết luận và kiến nghị của các cơ quan thanh
tra, kiểm toán, đặc biệt là khắc phục các vấn đề liên quan đến công tác tài chính còn chậm; tổ chức kiểm điểm trách nhiệm có liên quan còn sơ sài; Việc kiểm tra, giám sát thực hiện các mục tiêu đầu tư và các cam kết tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư của các Nhà đầu tư chưa đạt hiệu quả.