Về khách quan: xuất phát điểm của Ba Vì còn thấp so với các huyện, thị của thành phố Hà Nội, địa bàn NT rộng, đất canh tác lại manh mún. Cơ chế
của Nhà nước đối với NNNDNT còn chưa đồng bộ, thiếu tính đột phá, đầu tư từ ngân sách Nhà nước và các thành phần kinh tế vào NN còn thấ
công việc mới, khối lượng công việc về xây dựng cơ sở hạ tầng, phát triển kinh tế, văn hoá, xã hội, xây dựng hệ thống chính trị rất lớn, đa dạng...; trong thực hiện phải vừa làm vừa nghiên cứu rút kinh nghiệm, bổ sung. Thời gian thực hiện chưa nhiều. Một số chính sách mới được triển khai nên chưa phát huy được tác dụng, chưa đem lại kết quả thực tế.
Về chủ quan: một số bộ phận cấp ủy, chính quyền địa phương chưa chưa nhận thức đầy đủ về vai trò, ý nghĩa, nội dung của chương trình Mặt trần Quốc gia về XDNTM, thiếu chủ động, sáng tạo trong quá trình tổ chức thực hiện; vẫn còn tư tưởng trông chờ, ỷ lại cấp trên, nhất là trong bố trí nguồn lực cho chương trình.
Cơ chế, chính sách và văn bản hướng dẫn thực hiện còn chậm, sửa đổi bổ sung cho phù hợp, nhất là huy động sự tham gia của doanh nghiệp vào phát triển kinh tế NT. Sự phối hợp giữa các cấp, các ngành còn thiếu kịp thời, chặt chẽ, nhất là thời kỳ đầu triển khai chương trình.
biểu hiện lúng túng. Công tác tuyên truyền, vận động nhân dân còn chưa khai thác tốt nguồn lực tại xã, một số cán bộ chưa nhận thức đầy đủ về nội dung, phương pháp, cách làm về XDNTM.
Công tác quản lý đất NN ở các xã, thị trấn không được quan tâm thường xuyên, một số nơi còn giao đất NN cho HTX, thôn quản lý sử dụng không đúng quy định, do vậy không quản lý được quỹ đất NN thuộc phạm vi hành chính.
Nguồn vốn đầu tư ngân sách cho Chương trình XDNTM còn thấp, trong khi khả năng đóng góp của nhân dân hạn chế, việc huy động tham gia của doanh nghiệp còn rất hạn chế.