Hiện nay hệ thống văn bản pháp luật về vệ sinh an toàn thực phẩm được ban hành rất nhiều, tuy nhiên khi triển khai thực hiện găp rất nhiều khó khăn, nguyên nhân chính là do thiếu sự đồng bộ, nhiều văn bản chồng chéo nhau, nhiều quy định trong các văn bản hiện nay không còn phù hợp với tình hình hiện tại, do đó để có thể nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về vệ sinh an toàn thực phẩm trước hết cần phải hoàn thiện hệ thống thể chế quy định về vệ sinh an toàn thực phẩm.
Trước mắt cần phải rà soát những quy định của hệ thống những văn bản hiện hành, tìm ra những quy định chồng chéo nhau giữa các văn bản để từ đó có những điều chỉnh cần thiết đảm bảo cho hệ thống văn bản pháp luật về vệ sinh an toàn thực phẩm phải đồng bộ.
Trước khi ban hành văn bản mới quy định về vệ sinh an toàn thực phẩm các cơ quan nhà nước cần phải rà soát lại những văn bản cũ không còn phù hợp để ra quyết định bãi bỏ những văn bản pháp luật này trước khi chính thức ban hành văn bản mới.
Đối với những văn bản pháp luật có nội dung liên quan đến nhiều cơ quan khác nhau, nhiều chủ thể khác nhau thì khi ban hành cơ quan chủ quản cần phải có sự tham khảo ý kiến và nhận được sự đồng tình từ các cơ quan có liên quan.
Việc ban hành các quy định pháp luật về tiêu chuẩn vệ sinh an toàn thực phẩm, đặc biệt là đối với các mặt hàng xuất khẩu cần phải có sự đồng bộ với hệ thống quy định về tiêu chuẩn vệ sinh an toàn thực phẩm của các nước trên thế giới, có như vậy việc nhập khẩu thực phẩm của Việt Nam mới thuận lợi. và các mặt hàng thực phẩm của nước ta được các nước khác chấp nhận cho nhập khẩu.
Các văn bản pháp luật do cơ quan nhà nước cấp dưới ban hành phải đồng bộ với hệ thống văn bản pháp luật do cơ quan nhà nước cấp trên ban hành, và phải phù hợp chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước.
Việc ban hành các văn bản pháp luật vừa phải căn cứ vào hệ thống văn bản của cơ quan nhà nước cấp trên nhưng cũng phải quan tâm đến tình hình, đặc điểm của từng địa phương có như vậy văn bản ban hành mới mang lại hiệu quả.
Ngoài ra luật an toàn thực phẩm ban hành năm 2010 ban hành lấy căn cứ chính để xây dựng và ban hành là Hiến pháp năm 1992, tuy nhiên hiện nay hiến pháp năm 1992 đã hết hiệu lực mà thay vào đó là bản hiến pháp năm 2013. Như vậy Hiến pháp đã thay đổi như vậy có nghĩa là luật an toàn thực phẩm năm 2010 hiện nay đã có nhiều quy định không còn phù hợp, do đó Quốc hội cần phải sớm có những điều chỉnh Luật an toàn thực phẩm sao cho phù hợp với hiến pháp 2013. Thực tế hiện nay sau khi Hiến pháp năm 2013 được ban hành thì hàng loạt các bộ luật đã phải điều chỉnh, để tạo sự thống nhất, đồng bộ trong hệ thống văn bản pháp luật.
Hiện nay hệ thống văn bản pháp luật quy định về xử lý vi phạm trong lĩnh vực vệ sinh an toàn thực phẩm chưa thật sự hiệu quả. Mặc dù Bộ luật hình sự năm 2015 có quy định về xử lý hình sự đối với những hành vi vi phạm quy định về vệ sinh an toàn thực phẩm, tuy nhiên do nhiều nguyên nhân mà Bộ luật này lại chưa thể áp dụng, trong khi đó Bộ luật hình sự năm 1999
thì quy định không chi tiết, không cụ thể do vậy mà không thể xử lý hình sự, ngoài ra những hành vi này cũng được quy định xử phạt hành chính trong nghị định 178/2013/NĐ-CP của Chính phủ, do vậy mà hầu hết các vi phạm về vệ sinh an toàn thực phẩm chủ yếu được xử phạt hành chính, cho đến hiện nay rất ít trường hợp xử lý hình sự các hành vi vi phạm pháp luật về vệ sinh an toàn thực phẩm.
Đối với những văn bản pháp luật quan trọng, trong nhiều trường hợp cần thiết có thể trưng cầu ý kiến của nhân dân trước khi ban hành, vừa có thể hiểu được tâm tư, nguyện vọng của nhân dân vừa có thể phát hiện ra những thiếu sót cần bổ sung trước khi chính thức ban hành.
Làm tốt những việc này sẽ giúp cho hệ thống thể chế nhà nước quy đinh về vệ sinh an toàn thực phẩm sẽ có được sự đồng bộ, tạo ra hành lang pháp lý thuận lợi cho hoạt động quản lý của các cơ quan nhà nước, cũng như hoạt động sản xuất kinh doanh thực phẩm của các chủ thể trong xã hội.