Tổ chức thực hiện vẫn là yếu tố quyết định trực tiếp nhất đối với hiệu quả trong hoạt động quản lý nhà nước về vệ sinh an toàn thực phẩm. Khi các chương trình, kế hoạch đã chuẩn bị kỹ càng thì việc triển khai thực hiện cần phải tiến hành có hiệu quả. Mỗi bộ ngành phụ trách một lĩnh vực nhất định và cần phải làm tốt lĩnh vực mà cơ quan mình được phân công quản lý, tuy nhiên vệ sinh an toàn thực phẩm là vấn đề rất rộng và phức tạp do đó để mang lại hiệu quả thì các bộ ngành cần phải có sự phối hợp với nhau trong hoạt động, sự phối hợp này vừa mang lại hiệu quả trong quản lý vừa tránh sự trùng lặp, chồng chéo về chức năng nhiệm vụ giữa các cơ quan nhà nước. Nếu chỉ có cơ quan này làm tốt nhưng những cơ quan khác lại thực hiện không hiệu quả thì kết quả cuối cùng là mục tiêu của nhà nước đặt ra không thể đạt được. Trong
lĩnh vực vệ sinh an toàn thực phẩm thì Bộ Y tế luôn giữ vai trò là cơ quan chủ trì và có sự phối hợp chặt chẽ với các cơ quan khác.
Để thực hiện có hiệu quả hoạt động quản lý nhà nước về vệ sinh an toàn thực phẩm đạt hiệu quả trước hết cần phát huy vai trò của người đứng đầu. Người đứng đầu phải là người có chuyên môn cao, có năng lực trong trong quản lý và lãnh đạo, dám nghĩ, dám làm, dám chịu trách nhiệm về các quyết định của mình. Một tổ chức mạnh hay yếu là do người đứng đầu của tổ chức đó quyết định, trong cơ quan nhà nước cũng vậy, muốn cho mục tiêu của quản lý nhà nước đạt được thì cần phải phát huy tối đa vai trò của người đứng đầu. Hiện nay do hạn chế mô hình bộ máy quan liêu, trong đó quan trọng nhiều đến quy trình công việc, thực hiện công việc theo thủ tục đã vạch sẵn từ đầu điều này vô tình đã làm hạn chế năng lực của người lãnh đạo trong cơ quan nhà nước, việc chuyển dần sang mô hình quản lý công mới cho phép nhà lãnh đạo có thể chủ động trong hoạt động quản lý, chủ động đưa ra các quyết định của mình mà không bị ràng buộc bởi các quy trình, thủ tục phức tạp.
Hiện nay các chương trình, các chính sách của cơ quan nhà nước ở Trung ương ban hành thường được các cơ quan nhà nước ở địa phương thực hiện một cách máy móc rập khuôn, điều này có thể hiệu quả đối với một số địa phương tuy nhiên ở nhiều địa phương thì lại không đạt được kết quả như mong muốn, nguyên nhân chính là do đặc thù của từng địa phương khác nhau, chính vì vậy khi thực hiện các chủ trương chính sách do cơ quan nhà nước cấp trên ban hành thì các cơ quan địa phương cần phải căn cứ vào tình hình thực tế tại địa phương mình để có những kiến nghị điều chỉnh cho phù hợp với tình hình thực tế tại địa phương của mình. Ngoài ra cơ quan nhà nước Trung ương cũng nên giao quyền nhiều hơn cho địa phương, vì địa phương là nơi trực tiếp thực hiện cũng là cấp nắm rõ nhất tình hình thực tế tại địa phương mình quản lý do đó mà các chủ trương chính sách mà cơ quan nhà
nước địa phương xây dựng ban hành và tổ chức thực hiện thường mang lại hiệu quả hơn, ngoài ra việc giao quyền cho cơ quan địa phương có thể giúp cho cơ quan này có những quyết định kịp thời trong nhiều trường hợp quan trọng mà không phải mất thời gian chờ đợi xin ý kiến chỉ đạo từ cơ quan cấp trên. Tuy nhiên để có thể giao quyền cho cơ quan nhà nước ở địa phương thì đòi hỏi những cơ quan địa phương phải có năng lực thực sự có như vậy mới có thể phát huy tính chủ đống sáng tạo của chính quyền địa phương vừa đảm bảo việc giao quyền đạt hiệu quả.
Để quản lý có hiệu quả lĩnh vực vệ sinh an toàn thực phẩm nhà nước ta ban hành hàng loạt các văn bản quy phạm pháp luật quy định về nội dung này. Và để quản lý có hiệu quả đòi hỏi các cơ quan nhà nước trong quá trình thực hiện phải tuân thủ đầy đủ các nội dung trong các văn bản quy pháp luật, có như vậy mới đúng với chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước và hoạt động quản lý mới mang lại hiệu quả.
Trong quá trình tổ chức thực hiện thì phải chuẩn bị tốt và đầy đủ các nguồn lực như con người, tài chính, cơ sở vật chất… Nếu thiếu nguồn lực hay nguồn lực không đảm bảo thì hoạt động của các cơ quan nhà nước chắc chắn sẽ không mang lại hiệu quả.