Luật Đất đai năm 2013 là đạo luật quan trọng, có tác động sâu rộng đến chính trị, kinh tế, xã hội của đất nước, thu hút được sự quan tâm rộng rãi của nhân dân. Tuy nhiên, sau một thời gian triển khai, Luật Đất đai năm 2013 và các văn bản hướng dẫn thi hành đã bộc lộ một số hạn chế, bất cập. Việc mâu thuẫn giữa thông tư, thông tư liên tịch của Bộ với các văn bản quy phạm pháp luật cấp trên là do nguyên nhân chính như sau: Các văn bản quy phạm pháp
luật của Bộ (thông tư, thông tư liên tịch), sau khi được đơn vị chủ quản tiến hành soạn thảo, Vụ Pháp chế sẽ là đơn vị thẩm tra về tính hợp hiến, hợp pháp của chúng. Tuy nhiên, khối lượng các văn bản QPPL do Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành, các dự thảo văn bản QPPL mà Bộ Tài nguyên và Môi trường tiến hành lập để trình lên cơ quan cấp trên (Chính phủ, Quốc hội…) là rất nhiều, vì vậy việc rà soát văn bản để đảm bảo tính hợp hiến, hợp pháp của văn bản không phải đơn giản và nhanh chóng. Nhất là khi hệ thống thông tin điện tử hỗ trợ chưa được áp dụng nhiều. Đó là nguyên do của những sai sót, không đồng nhất giữa văn bản QPPL về quản lý đất đai của cấp dưới với cấp trên.
Thông tư, thông tư liên tịch của Bộ Tài nguyên và Môi trường về quản lý đất đai, Nghị định của Chính phủ về quản lý đất đai và Luật Đất đai vẫn còn để trống một số vấn đề chưa được luật hóa, hoặc đã có quy định nhưng chưa sát với thực tế. Một trong những lý do đó là vấn đề lợi ích, Bộ Tài nguyên và Môi trường chính là cơ quan chủ quản, trực tiếp quản lý về đất đai trên phạm vi cả nước, lại vừa là cơ quan chủ quản lập dự thảo Luật Đất đai, dự thảo các nghị quyết, nghị định về đất đai để trình Uỷ ban thường vụ Quốc hội và Chính phủ xem xét ban hành, đồng thời ban hành các thông tư, thông tư liên tịch để triển khai hướng dẫn các điều luật. Đây chính là hiện tượng “vừa đá bóng vừa thổi còi”, không chỉ riêng Bộ Tài nguyên và Môi trường mà tất cả các cơ quan đợn vị khác, sẽ có tính thiên vị để đảm bảo tối đa nhất lợi ích của cơ quan mình.