của Illumina
Giải trình tự DNA hệ gen được chia làm 3 giai đoạn: tạo thư viện NGS (Next Generation Sequencing), tạo nhĩm DNA và giải trình tự DNA bằng phương pháp tổng hợp [80].
- Tạo thư viện NGS: Mẫu DNA đa hệ gen được máy cắt DNA (Covaris S220) cắt ngẫu nhiên thành các đoạn DNA kích thước khoảng 100 bp. Sau đĩ, mỗi đoạn DNA được gắn với adapter (oligonucleotide) chuyên biệt ở cả 2 đầu. Các đoạn DNA cĩ kích thước thích hợp được lựa chọn và được phân lập. Sau bước làm sạch mẫu, thư viện DNA được định lượng bằng qPCR và kiểm tra chất lượng bằng máy phân tích sinh học Bioanalyzer. Cuối cùng, DNA-adapter được biến tính thành sợiđơn.
- Tạo nhĩm DNA: trình tự adapter của các phân tử DNA-adapter sợi đơn sẽ liên kết bổ sung với 2 loại trình tự tương ứng đã được gắn sẵn trên các rãnh bề mặt của 1 vi bản. Sau đĩ, chính trình tự đã được gắn trên bề mặt vi bản sẽ được dùng làm mồi để tổng hợp sợi DNA mới cĩ trình tự bổ sung với sợi DNA liên kết với nĩ tạo thành phân tử DNA sợi đơi. Phân tử DNA sợi đơi này sẽ được biến tính tạo
Quá trình khuếch đại và biến tính lại lặp đi lặp lại cho đến khi tạo thành hàng triệu nhĩm DNA sợi đơn. Trong mỗi nhĩm các sợi DNA cĩ trình tự giống hệt nhau.
- Giải trình tự bằng tổng hợp: các deoxynucleoside triphosphate (dNTP) được sử dụng để giải trình tự đều gắn với nhân tố kết thúc đảo ngược đã được đánh dấu huỳnh quang. Mỗi loại nucleotide được đánh dấu huỳnh quang màu sắc khác nhau. Chu kì giải trình tự bắt đầu khi dNTP thứ nhất được gắn bổ sung với khuơn DNA. dNTP này sẽ được tia lase quét để xác định đỉnh màu sắc huỳnh quang tạo ra, đồng thời dưới tác động của lase, nhân tố kết thúc đảo ngược của dNTP đĩ sẽ bị phân hủy. Lúc này, dNTP thứ hai mới cĩ thể tiếp tục gắn vào nucleotide thứ nhất và lại được xác định. Quá trình giải trình tự cứ lặp đi lặp lại như vậy cho đến khi sợi DNA bổ sung được tổng hợp xong. Trình tự nucleotide được xác định dựa trên các đỉnh màu sắc. Máy HiSeq 2000 giải trình tự đồng thời 10 triệu cụm DNA.
Kiểm sốt chất lượng và cắt bớt chỉ số được thực hiện bằng FastQC phiên bản 0.11.5 (http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc) và phiên bản Trimmomatic 0,36 [81].