Trong quá trình thực hiện công tác QLNN về ATTP nói chung và về an toàn thực phẩm đối với các sản phẩm nông, lâm, thủy sản nói riêng sẽ có rất nhiều nhân tố tác động đến quá trình này, trong đó các nhân tố bên ngoài có tác động nhiều như: Môi trường kinh tế -xã hội, môi trường pháp lý, môi trường quốc tế. Trong đó:
+ Môi trường kinh tế
Với điều kiện kinh tế của Việt Nam hiện nay là một nước thu nhập trung bình thấp thì khả năng phát triển và xây dựng hệ thống cung ứng sản phẩm thực phẩm, nông lâm thủy sản an toàn theo chuẩn là điều còn gặp nhiều
khó khăn do thiếu về nguồn lực tài chính, nguồn lực khoa học, kỹ thuật canh tác, nguồn nhân lực chất lượng cao phục vụ ngành nông nghiệp. Do vậy, những sản phẩm nông, lâm,thủy sản sản xuất theo tiêu chuẩn an toàn thường có giá thành cao, ko đáp ứng được nhu cầu của đại bộ phận dân chúng nên sẽ phát sinh việc sản xuất thực phẩm thiếu an toàn. Bên cạnh đó, nền sản xuất thực phẩm của chúng ta hiện chưa đủ năng lực cung cấp đầy đủ các loại sản phẩm thực phẩm an toàn mà phần lớn các sản phẩm này vẫn phải đang nhập khẩu đặc biệt thực phẩm của Trung Quốc chiếm đa số, trong đó có nhiều loại thực phẩm có giá thành rất rẻ so với thực phẩm cùng chủng loại của Việt Nam, điều này đã tác động tiêu cực đến việc sản xuất và kinh doanh thực phẩm Việt, làm cho ngành nông nghiệp trồng trọt, chăn nuôi cũng như ngành công nghiệp chế biến thực phẩm của Việt Nam vốn đã yếu kém nay lại càng bị cạnh tranh khốc liệt hơn, làm suy giảm năng lực cung ứng thực phẩm của các doanh nghiệp nội địa. Điều này tác động lớn đến công tác hoạch định chính sách cũng như quản lý thực phẩm an toàn của đất nước.
+ Môi trường pháp lý
Môi trường pháp lý hay hệ thống cơ chế, chính sách, pháp luật đầy đủ, hoàn thiện, ổn định phù hợp với thông lệ quốc tế có tác động lớn đến việc thực hiện và hiệu quả chính sách đảm bảo ATTP ở các quốc gia nói chung và ở từng địa phương nói riêng. Bởi hệ thống pháp luật hoàn chỉnh, đồng bộ sẽ tạo ra hành lang pháp lý để các cơ quan quản lý có căn cứ triển khai cũng như có công cụ để xử phạt nếu xảy ra tình trạng vi phạm. Bên cạnh đó, việc xây dựng, hoàn thiện hệ thống chính sách, pháp luật (như chính sách tài chính, chính sách thuế...) ổn định, sẽ giúp hỗ trợ sản xuất thực phẩm an toàn trong nước phát triển.
+ Môi trường xã hội
Đối với nước ta cũng như nhiều nước đang phát triển, lương thực, thực phẩm là một mặt hàng chiến lược, ngoài ý nghĩa kinh tế còn có ý nghĩa văn hóa, xã hội rất quan trọng. Hiện nay, ngành thực phẩm tại Việt Nam đang phải đối đầu với rào cản về kinh tế và văn hóa như cạnh tranh giá cả và thị hiếu người tiêu dùng trong nước và khu vực. Với những thói quen mua sắm vẫn còn quan tâm nhiều về giá thì những sản phẩm giá rẻ, đáp ứng được nhu cầu tương đương của người tiêu dùng thì vẫn được người tiêu dùng ưu tiên lựa chọn, cho dù những hàng hóa đó chưa đảm bảo được nguồn gốc, xuất xứ hay là chất lượng. Chính vì vậy, những sản phẩm của đơn vị sản xuất thực phẩm ở nước ta khó được người tiêu dùng lựa chọn, dù sản phẩm vẫn đảm bảo về chất lượng vì việc sản xuất còn nhỏ, lẻ, thiếu năng lực cạnh tranh trên thị trường. Ngoài ra, với văn hóa tiêu dùng của người Việt Nam vẫn chuộng hàng ngoại, điều này ảnh hưởng nhiều đến sức tiêu thụ của sản phẩm nội địa, nhất là các sản phẩm Việt Nam chất lượng cao. Thói quen mua sắm tại các chợ truyền thống vẫn cao hơn việc mua sắm tại các siêu thị, trung tâm thương mại, do đó, vấn đề về ATTP là rất khó đảm bảo.