Bên cạnh nhân tố bên ngoài, thì còn có rất nhiều nhân tố bên trong tác động đến quá trình QLNN về ATTP như:
+ Sự phối hợp của các cơ quan liên trong quá trình quản lý
Hoạt động QLNN về ATTP ở nước ta là hoạt động quản lý liên ngành, liên cơ quan chức năng, ít nhât trách nhiệm quản lý này thuộc về 3 ngành là Nông nghiệp, Công thương, Y tế và chính quyền các địa phương. Do đó, để việc thực hiện chính sách đảm bảo ATTP đạt được hiệu quả cao thì cần có sự phối hợp đồng bộ, chặt chẽ giữa các bên liên quan. Bên cạnh đó, ngoài những cơ quan QLNN chịu trách nhiệm quản lý thì công tác này còn liên quan đến
các đối tượng quản lý và người dân là những người trực tiếp sử dụng thực phẩm. Trong đó, cơ quan QLNN là nhân tố tiên quyết trong việc đảm bảo hiệu quả của công tác quản lý, hiện thực hóa các quan điểm của Đảng và các quy định của pháp luật về đảm bảo ATTP. Bên cạnh đó, cơ quan nhà nước cũng là đơn vị thực hiện pháp luật, sử dụng công cụ chính sách để răn đe, chấn chỉnh các hành vi vi phạm pháp luật trong hoạt động sản xuất, chế biến, phân phối, kinh doanh và tiêu dùng sản phẩm nông, lâm, thủy sản của các đối tượng liên quan.
Ngoài cơ quan QLNN, thì trong quá trình quản lý ATTP các cơ sở sản xuất- kinh doanh, các doanh nghiệp và hộ gia đình tham gia vào quá trình sản xuất và cung cấp sản phẩm này cũng góp phần quan trọng. Bởi lẽ các đơn vị này nhận thức đúng đắn, tuân thủ nghiêm chỉnh các quy định về ATTP thì sẽ giúp cho việc thực hiện chính sách về ATTP có hiệu quả cao mà người tiêu dùng yên tâm sử dụng sản phẩm.
Bên cạnh đó, trong bối cảnh hiện này vấn đề thực phẩm mất an toàn đang diễn ra phức tạp, nhiều người vì lợi nhuận mà không lợi ích cá nhân mà sẵn sàng bỏ qua các quy định, quy trình trong sản xuất, kinh doanh, chế biến thực phẩm, đưa những thực phẩm kém chất lượng, không rõ nguồn gốc, xuất xứ đến tay người tiêu dùng. Do vậy, trong vấn đề này người tiêu dùng là những đối tượng chịu ảnh hưởng trực tiếp từ việc tiêu dùng thực phẩm nên có nhận thức và tự trạng bị cho mình kiến thức nhận biết về thực phẩm an toàn, đồng thời cảnh báo cho các cơ quan QLNN về những sản phẩm thiếu an toàn, hỗ trợ các cơ quan nhà nước phát hiện các cơ sở sản xuất, kinh doanh, chế biến thực phẩm không đạt yêu cầu để có biện pháp chấn chỉnh, xử lý phù hợp đối với các cơ sở vi phạm nhằm nâng cao hiệu quả quản lý.
+ Tổ chức bộ máy và trình độ đội ngũ cán bộ quản lý
Có thể nói con người là trung tâm của mọi hoạt động trong xã hội, trong đó có hoạt động quản lý. Cơ chế quản lý sẽ đảm bảo hay không thể đảm bảo nguồn thực phẩm an toàn phụ thuộc khá vào năng lực trình độ của người vận dụng nó. Trước hết, ở tầm vĩ mô, những nhà hoạch định chính sách, những nhà xây dựng luật pháp phải có sự hiểu biết, kiến thức chuyên sâu đầy đủ. Để đạt được điều đó phải trải qua một quá trình thực tế để rồi được con người nhận thức và điều chỉnh cho phù hợp. Đối với cấp quản lý cơ sở, yếu tố con người lại càng đặt ra một yêu cầu cấp thiết vì hoạt động quản lý ATTP liên quan trực tiếp đến sức khỏe của con người, lại là quá trình khá phức tạp cho nên cần thiết phải có bộ quản lý và đội ngũ cán bộ quản lý có trình độ, chuyên môn để quản lý một cách chặt chẽ, đảm bảo đúng pháp luật và đảm bảo nguồn thực phẩm an toàn cho cuộc sống của chúng ta.
+ Điều kiện cơ sở vật chất, công nghệ và kỹ thuật sản xuất, kiểm tra, giám sát an toàn thực phẩm. Đây là một vấn đề hết sức quan trọng và góp phần nâng cao chất lượng thưc phẩm đáp ứng nhu cầu của người dân. Nếu thực phẩm cũng như các sản phẩm nông, lâm, thủy sản được sản xuất theo dây truyền kỹ thuật tiên tiến, quy tŕnh sản xuất, sơ chế an toàn, thì sẽ đảm bảo được nguồn cung cấp thực phẩm an toàn và tăng tính cạnh tranh cho sản phẩm. Hơn nữa, cường đầu tư vào việc thực hiện kiểm nghiệm, đánh giá chất lượng thực phẩm, đảm bảo đáp ứng được các quy định, quy chuẩn, tiêu chuẩn được cơ quan nhà nước quy định đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh thực phẩm.