Hạn chế trên xuất phát từ nhiều nguyên nhân nhưng chủ yếu tập trung vào một số nguyên nhân chính như sau:
Một là, hệ thống pháp luật về đất đai còn chồng chéo, chưa hoàn chỉnh, đồng bộ.
Quy định pháp luật, với vai trò là cơ sở pháp lý cho công tác QLNN tuy nhiên còn chứa đựng nhiều mâu thuẫn, chồng chéo, chưa có được sự thống nhất và thiếu nhiều quy định cần thiết cho sự vận hành hệ thống.
Quy trình QLNN về địa chính được xây dựng dựa trên các quy định của Luật đất đai, nghị định của Chính phủ và các văn bản hướng dẫn của UBND thành phố HN. Tuy nhiên, khi thực hiện công tác quản lý gặp phải nhiều vướng mắc như sự thay đổi chức năng, nhiệm vụ của phòng tài nguyên và môi trường, Văn phòng đăng ký đất đai Hà Nội - chi nhánh quận Hai Bà Trưng.
Hai là, cơ cấu tổ chức bộ máy và lực lượng nhân sự làm công tác quản lý địa chính thiếu tính ổn định.
Lực lượng cán bộ quá mỏng so với yêu cầu của công việc, không có cán bộ chuyên trách cập nhật biến động sử dụng đất ở phường, khối lượng công việc quá bề bộn nên việc cập nhật biến động đất đai rất khó khăn.
Trình độ của một số cán bộ địa chính còn hạn chế, hệ thống HSĐC cũ nát, không áp dụng các phần mềm quản lý chuyên ngành nên chủ yếu hoạt động vẫn diễn ra trên các văn bản giấy tờ, sổ sách dạng truyền thống.
Việc thực hiện luân chuyển cán bộ địa chính giữa các xã, thị trấn trên địa bàn quậndẫn đến việc thẩm tra xác nhận khi giải quyết thủ tục cấp giấy chứng nhận thực hiện chậm do gặp nhiều khó khăn, việc kiểm soát tình hình biến động đất đai bị hạn chế, làm gia tăng tình trạng chuyển mục đích sử dụng đất trái phép ở địa phương.