Theo Điều 63 Luật Khiếu nại 2011 quy định về trách nhiệm của cơ quan quản lý nhà nước về công tác giải quyết khiếu nại:
“1. Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước về công tác giải quyết khiếu nại của các cơ quan hành chính nhà nước trong phạm vi cả nước. Thanh tra Chính phủ chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về công tác giải quyết khiếu nại trong phạm vi cả nước.
2. Các bộ, cơ quan ngang bộ, Ủy ban nhân dân các cấp thực hiện quản lý nhà nước về công tác giải quyết khiếu nại trong phạm vi quản lý của mình.
3. Thanh tra bộ, cơ quan ngang bộ, thanh tra tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, thanh tra sở, thanh tra huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh giúp thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp quản lý công tác giải quyết khiếu nại”.
Như vậy, Chính phủ là cơ quan hành chính nhà nước cao nhất, thống nhất quản lý nhà nước trên các lĩnh vực trong đó có GQKN. Ở các bộ, Bộ trưởng là người chịu trách nhiệm QLNN về GQKN trong phạm vi quản lý của bộ. Ở địa phương, UBND là cơ quan QLNN trong phạm vi lĩnh vực của địa phương. Giúp việc cho Chính phủ, UBND và Bộ trưởng, hệ thống cơ quan thanh tra là cơ quan chuyên môn giúp thủ trưởng cơ quan QLNN cùng cấp quản lý công tác giải quyết khiếu nại.
Điều 25 của Luật Khiếu nại quy định Chánh Thanh tra các cấp: Giúp thủ trưởng cơ quan QLNN cùng cấp tiến hành kiểm tra, xác minh, kết luận, kiến nghị việc giải quyết khiếu nại thuộc thẩm quyền của Thủ trưởng cơ quan QLNN cùng cấp khi được giao; Giúp thủ trưởng cơ quan QLNN cùng cấp theo dõi, kiểm tra, đôn đốc các cơ quan thuộc quyền quản lý trực tiếp của thủ trưởng trong việc tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, thi hành quyết định giải quyết khiếu nại có hiệu lực pháp luật. Trường hợp phát hiện hành vi vi phạm pháp luật về khiếu nại gây thiệt hại đến lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của công dân, cơ quan, tổ chức thì kiến nghị thủ trưởng cơ quan QLNN cùng cấp hoặc kiến nghị người có thẩm quyền áp dụng biện pháp cần thiết để chấm dứt vi phạm, xem xét trách nhiệm, xử lý đối với người vi phạm.