Để có chất lượng, hiệu quả trong công tác ĐTXD, thì vấn đề bộ máy, cơ chế là yếu tố quan trọng, quyết định đến tính hiệu quả của công tác QLNN đối với các dự án ĐTXD. Do đó, Ban quản lý dự án phải thường xuyên chú trọng việc đề xuất, thành lập các đơn vị, tổ chức các có chức năng, nhiệm vụ
QLNN đối với các dự án ĐTXD cho phù hợp, đáp ứng yêu cầu chức năng, nhiệm vụ trên cơ sở nguyên tắc: "tập trung, gọn nhẹ và có hiệu quả", giảm đầu mối, bớt khâu trung gian. Tập trung vào một số tổ chức chủ chốt sau đây:
Kiện toàn lại một số phòng tại Ban quản lý dự án. Mô hình quản lý dự án hiện tại chỉ phù hợp khi Ban quản lý dự án là Chủ đầu tư hoặc đại diện Chủ đầu tư vì chỉ thực hiện nhiệm vụ quản lý vốn, quản lý thiết kế, quản lý thi công và giải ngân vốn đầu tư. Mô hình này chưa phù hợp khi Ban quản lý dự án ngoài nhiệm vụ Chủ đầu tư hoặc đại diện Chủ đầu tư mà còn nhận ủy thác quản lý dự án, tư vấn quản lý dự án cho các Chủ đầu tư khác; do vậy ngoài nhiệm vụ được giao làm Chủ đầu tư hoặc đại diện Chủ đầu tư thì việc tìm kiếm các dự án để thực hiện chức năng ủy thác quản lý dự án hoặc tư vấn quản lý dự án và quản lý nguồn thu từ những hoạt động quản lý dự án cần phải có bộ phận quản lý kinh tế, định mức, dự toán; kế hoạch, hợp đồng và thị trường. Thực hiện Nghị quyết số 08/NQ-CP về chương trình hành động của Chính phủ thực hiện Nghị quyết số 19/NQ-TW ngày 25/10/2017 của Hội nghị lần thứ 6 Ban chấp hành Trung ương khóa XII về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, tác giả đề xuất tổ chức lại các phòng Ban quản lý dự án từ 5 phòng xuống còn 4 phòng cụ thể như sau:
Hợp nhất Phòng Tổ chức – Hành chính và Phòng Tài chính – Kế toán hợp nhất thành Phòng Hành chính - Tổng hợp.
Phòng Quản lý Thiết kế đổi tên thành phòng Tư vấn thiết kế và giám sát Phòng Quản lý Hợp đồng đổi tên thành Phòng Dự án 1
Phòng Quản lý thi công đổi tên thành phòng Dự án 2.