Hiện nay Tháp Mười có 12 xã và 1 thị trấn: Thị trấn Mỹ An, Hưng Thạnh, Mỹ Hoà, Trường Xuân, Thanh Mỹ, Đốc Binh Kiều, Mỹ Quý, Mỹ Đông, xã Tân Kiều, Phú Điền, Thạnh Lợi, Láng Biển và Thị Trấn Mỹ An, với vị trí tiếp giáp như vậy, huyện có nhiều điều kiện thuận lợi để giao thương kinh tế với Thành phố Cao Lãnh và các tỉnh lân cận. Phía Bắc giáp tỉnh Long An và huyện Tam Nông tỉnh Đồng Tháp; phía Đông giáp huyện Tân Thạnh tỉnh Long An; phía Tây và Tây – Nam giáp huyện Cao Lãnh tỉnh Đồng Tháp; phía Nam và Đông – Nam giáp huyện Cái Bè tỉnh Tiền Giang. Từ vùng đất cực Bắc của huyện (Thạnh Lợi) cực Nam (Thanh Mỹ) có độ dài khoảng 45km, chiều rộng từ Mỹ Quý đến Đốc Binh Kiều khoảng 26km. Từ TT.Mỹ An đi theo đường bộ đến Cao Lãnh khoảng 30km; đi An Cư (Quốc lộ I) khoảng 31km; đi TT.Cai Lậy 40km, đi thành phố Hồ Chí Minh 140km. Đường thủy từ sông Tiền vào theo kinh Nguyễn Văn Tiếp B tới xã Thanh Mỹ khoảng 5km, theo kinh Nguyễn Văn Tiếp A đến TT.Mỹ An khoảng 25km.
Diện tích tự nhiên 52.800 ha (trong đó đất nông nghiệp: 45.774 ha và đất phi nông nghiệp: 7.026 ha) bằng gần 17% diện tích của tỉnh Đồng Tháp; huyện nằm ở vùng thấp, tương đối bằng phẳng nhưng vùng đất phía Nam và phía Tây có độ cao hơn phía Đông, phía Bắc so với các vùng xung quanh; địa hình của huyện tương đối thấp, qua tổng kết nhiều năm cho thấy độ ngập từ 0,5 m trở lên chiếm tỷ lệ 99,7 % tổng diện tích tự nhiên và thời gian ngập từ 3 đến 4 tháng