VPBank nhận được công văn chấp thuận số 3595/UB KT, ngày 1/10/2004 của Uỷ ban nhân dân Thành phố Hà Nội công văn chấp thuận số 1128/ NHNN - CNH, ngày 06/10/2004 của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam cho phép mở chi nhánh cấp 1 Hà Nội (số 04 Dã Tượng, Quận Hoàn Kiếm, Hà Nội). Ngày 02/11/2004, hội đồng quản trị VPBank đã ban hành quyết định số 81 - 2004/ QQD - HĐQT thành lập Chi nhánh Hà Nội và Chi nhánh đã chính thức đi vào hoạt động kể từ ngày 04/01/2005.
VPBank chi nhánh Hà Nội được thành lập trên cơ sở tách bộ phận trực tiếp kinh doanh trên địa bàn ra khỏi hội sở. Chi nhánh hoạt động trên cơ sở kế thừa toàn bộ bộ máy, cơ cấu hoạt động cũng như thị trường của Hội sở trước đây. Điều đó tạo ta thuận lợi lớn cho chi nhánh trong quá trình hoạt động so với những chi nhánh khác thành lập mới khác cùng hệ thống. Trong quá trình hoạt động, để đáp ứng nhu cầu phát triển VPBank đã thành lập các chi nhánh cấp II và các phòng giao dịch trực thuộc chi nhánh cấp I - VPB Hà Nội, bao gồm:
- Ngày 20/10/1994, mở phòng giao dịch I VPBank chi nhánh Hà Nội: NHNN Chi nhánh thành phố Hà Nội đã chấp thuận cho VPBank được mở phòng Giao Dịch I tại thành phố Hà Nội theo công văn số 327/GTC ngày 20/10.1994. Đến nay, Phòng Giao Dịch đã chính thức được nâng cấp thành chi nhánh cấp II mang tên Chi nhánh
Hoàn Kiếm theo công văn chấp thuận số 39/NHNN - HNA7. KSĐB NGÀY 4/8/2003 của NHNN thành phố Hà Nội.
- Ngày 12/11/2004, mở phòng giao dịch Chương Dương tại Hà Nội: Chi nhánh NHNN thành phố Hà Nội ban hành công văn số 638/ NHNNHNA7 ngày 26/10/2004 chấp nhận cho VBP mở phòng giao dịch Chương Dương tại Hà Nội.
- Ngày 19/2/2005, nâng cấp phòng giao dịch Cát Linh thành chi nhánh cấp II Cát Linh: VPBank nhận được công văn chấp thuận số 23/UB - KHKT, ngày 20/1/2005 của Uỷ ban nhân dân quận Đống Đa, công văn chấp thuận số 79/NHNN - HAN7, ngày 31/1/2005 của Chi nhánh NHNN thành phố Hà Nội cho phép chuyển đổi phòng giao dịch Cát Linh thành Chi nhánh cấp II trực thuộc Chi nhánh cấp I Hà Nội.
- Ngày 09/3/2005, nâng cấp phòng giao dịch Giảng Võ thành chi nhánh cấp II Giảng Võ: VPBank nhận được công văn chấp thuận số 23/UB - KHKT, ngày 20/1/2005, của UBND quận Đống Đa, công văn chấp thuận số 79/NHNN - NHA7, ngày 31/1/2005 của chi nhánh NHNN TP. Hà Nội cho phép đổi phòng giao dịch Giảng Võ thành chi nhánh cấp II trực thuộc chi nhánh cấp I Hà Nội.
- Ngày 23/5/2005, nâng cấp phòng giao dịch Trần Hưng Đạo thành chi nhánh cấp II Trần Hưng Đạo
- Ngày 20/7/2006, khai trương VPB Bách Khoa hoạt động trực thuộc VPBank chi nhánh Hà Nội.
- Ngày 25/9/2006, khai trương VPBank Tràng An, trực thuộc VPBank chi nhánh Hà Nội.
- Ngày 18/12/2006, khai trương VPBank Minh Khai hoạt động trực thuộc VPBank chi nhánh Hà Nội.
- Ngày 05/4/2007, khai trương VPBank Bà Triệu hoạt động trực thuộc VPBank chi nhánh Hà Nội.
- Ngày 11/4/2007, khai trương VPBank Chợ Mơ hoạt động trực thuộc VPBank chi nhánh Hà Nội.
- Ngày 25/12/2006, khai trương VPBank Yên Phụ hoạt động trực thuộc VPBank chi nhánh Hà Nội.
- Ngày 27/1/2007, khai trương VPBank Thuỵ Khê, hoạt động trực thuộc VPBank chi nhánh Hà Nội.