Là tổ chức trung gian tài chính,Ngân hàng thương mại đóng vai trò quan trọng trong việc tập trung nguồn vón nhàn rỗi và phân bổ nguồn vốn vào nền kinh tế. Như vậy, Ngân hàng thương mại là một dạng doanh nghiệp đặc biệt có thể có nguồn vốn từ huy động gấp 18-20 lần vốn tự có. Hoạt động huy động vốn của Ngân hàng thương mại liên quan đến nhiều đối tượng trong xã hội, đặc biệt là người dân. Vì vậy việc kiểm soát rủi ro trong hoạt động huy động vốn được coi là một trong
những nhiệm vụ hàng đầu trong công tác quản lý của các nhà lãnh đạo. Để có thể kiểm soát tốt được rủi ro trong hoạt động huy động vốn cần phải:
Một là, xây dựng quy trình chặt chẽ từ khâu nhận tiền gửi tới khâu tất toán. Đối với tất cả các hoạt động của ngân hàng thương mại thì quy trình được coi là cốt lõi, là yêu cầu tối thiểu cần phải tuân theo. Chính vì vậy, một quy trình chặt chẽ và chuẩn xác sẽ hạn chế được rủi ro xảy ra. Trong thời gian gần đây, nhiều trường hợp rủi ro trong công tác huy động vốn tại xảy ra xuất phát từ quy trình lỏng lẻo, tạo ra lỗ hổng dẫn tới tình trạng thất thoát tài sản. Khi ngân hàng đã xây dựng được một quy trình chuẩn, nhân viên ngân hàng cần thực hiện tuân thủ các nội dung trong quy trình đã đề ra, tránh trường hợp vì giải quyết linh động cho các khách hàng VIP mà thực hiện sai quy trình.
Hai là, đưa ra những quy định về đạo đức nghề nghiệp cho cán bộ nhân viên ngân hàng. Hiện nay, hầu hết các vụ tổn thất trong công tác huy động vốn đều bắt nguồn từ việc thiếu đạo đức nghề nghiệp của các cán bộ ngân hàng, tiêu biểu là trường hợp của Eximbank năm 2018 với tổn thất lên tới hàng trăm tỷ đồng. Chính vì vậy, việc tuyên truyền về đạo đức nhân viên cũng như đưa ra hình thức xử phạt nghiêm đối với các trường hợp vi phạm là vô cùng cần thiết. Đồng thời, ngân hàng cũng thường xuyên tổ chức hoạt động kiểm tra, kiểm soát sau để kịp thời phát hiện những dấu hiệu nghi ngờ trong công tác huy động, từ đó có những biện pháp xử lý kịp thời như thuyên chuyển hoặc sai thải các cán bộ vi phạm.
Ba là, ngày càng nâng cấp hệ thống công nghệ trong ngân hàng. Trong số các trường hợp rủi ro trong hoạt động huy động vốn thì không ít các trường hợp có nguyên nhân sâu xa từ việc bảo mật trong công nghệ, cụ thể là việc đánh cắp user. Để kiểm soát được rủi ro này, ngân hàng cần tăng cường tính bảo mật của hệ thống công nghệ, ví dụ như tính năng bảo mật hai lớp thay vì một lớp như đa số các ngân hàng đang sử dụng hiện nay. Ngoài ra, một số ngân hàng đã bắt đầu sử dụng công nghệ sinh trắc trong giao dịch ngân hàng, tiêu biểu là sử dụng vân tay để nhận diện khách hàng. Công nghệ này sẽ hạn chế được các tình huống giả mạo chữ ký hiện đang thực tế diễn ra.