Thứ nhất, trong khâu thẩm định dự án. Đây là khâu quan trọng nhất quyết định phần lớn sự thành bại của dự án. Trên thực tế, các năm qua, các NHTM chủ yếu tự đứng ra thẩm định dự án để quyết định cho vay mà không thông qua bên thứ ba có trình độ chuyên môn để tư vấn, thẩm định. Điều này dẫn đến thẩm định hiệu quả của dự án không thật khách quan và chính xác.
Thứ hai, trong khâu cho vay. Sau khi dự án được duyệt, ngân hàng bắt đầu tiến hành việc giải ngân cho vay dự án. Các chi phí có thể tài trợ vốn là toàn bộ các chi phí hình thành nên con tàu, trừ các chi phí liên quan đến các thủ tục, giấy tờ hành chính của tàu. Thời gian hoàn thiện tàu thường kéo dài từ 9 tháng - 24 tháng phụ thuộc vào trọng tải tàu. Hầu hết các ngân hàng giải ngân theo khối lượng công việc hoàn thành (tương tự xây lắp), khối lượng hoàn thành được nghiệm thu giữa nhà máy đóng tàu và chủ tàu trên cơ sở giám sát của cơ quan đăng kiểm. Ngoài ra, ngân hàng có thể giải ngân cho doanh nghiệp vay nguyên liệu, máy móc thiết bị cho tàu dựa trên dự toán đóng mới tàu. Thời gian cho vay đối với dự án đóng tàu thương mại thường là ngắn hạn dưới 12 tháng, thời gian vay này thường không đủ để doanh nghiệp hoàn thiện tàu. Thời gian vay đối với dự án tàu khai thác từ 7-10 năm, thời gian này có thể bảo đảm hoàn vốn.
Thứ ba, trong việc quản lý sau cho vay. Sau khi tàu đi vào hoạt động, ngân hàng thường xuyên quản lý hoạt động khai thác tàu và quản lý tài sản bảo đảm hình
hành từ vốn vay. Việc quản lý này hết sức khó khăn đối với ngân hàng.