-Trước hết là những hạn chế trong xác định đặc điểm giới tính của chủ thể và đối tượng trong tội hiếp dâm. Thông qua những phân tích trên, ta thấy chưa có văn bản nào quy định chính thức thế nào là giao cấu. Theo định nghĩa tại Bản tổng kết số 329/HS2 ngày 11/05/1967 của Tòa án nhân dân Tối cao thì giao cấu là: “sự cọ sát dương vật vào bộ phận sinh dục của phụ nữ...”, vậy còn các hình thức quan hệ tình dục không thông qua bộ phận sinh dục của nam, hoặc nữ thì sao? theo cách hiều này thì nạn nhân chỉ là nữ giới, chủ thể
là nam giới. Điều 141 BLHS quy định người nào dùng thủ đoạn “lợi dụng tình trạng không thể tự vệ hoặc biểu lộ đúng đắn ý chí của mình” hoặc “dùng thủ đoạn khác” để giao cấu trái với ý muốn của người khác mà không chỉ rõ là nam hay nữ giới.
- Trong thực tiễn thì người nữ có thể thực hiện hành vi giao cấu trái ý muốn của người nam giới bằng một số thủ đoạn đã được nêu trên. Ví dụ như lợi dụng người nam giới có nhược điểm về tinh thần (bị bệnh tâm thần) để dụ
dỗ và giao cấu với họ hoặc lén bỏ thuốc kích dục vào đồ uống của người nam giới trước khi họ uống để họ “muốn giao cấu” và giao cấu với họ mặc dù trước đó hoặc lúc bình thường thì người nam giới không muốn, không có ý định, thậm chí “sợ” phải giao cấu với người phụ nữ. Bên cạnh đó, pháp luật Việt Nam hiện hành không công nhận chuyển đổi giới tính, song thực tế vẫn diễn ra sự chuyển đổi giới tính (từ nam sang nữ hay từ nữ sang nam) trái phép và những người này mặc dù bị xâm hại (giao cấu) trái ý muốn với phương thức thủ đoạn giống như trường hợp hiếp dâm thông thường nhưng cũng không bị coi là hiếp dâm. Dù là nam giới hay nữ giới hoặc đã chuyển đổi giới tính thì cũng cần được pháp luật bảo hộ về nhân phẩm, danh dự. Điều 141 BLHS năm 2015 đã bổ sung quy định “thực hiện quan hệ tình dục khác” bên cạnh “giao cấu”và đã không còn phân biệt chủ thể và đối tượng (nạn nhân) là nam hay nữ là nhằm để giải quyết các vướng mắc này.
- Những hạn chế trong xác định ý thức chủ quan của người phạm tội đối với nạn nhân là nữ giới chưa thành niên (từ đủ 16 tuổi đến dưới 18 tuổi) Khoản 4 Điều 141 BLHS năm 2015 quy định: “Phạm tội hiếp dâm người chưa thành niên từ đủ 16 tuổi đến dưới 18 tuổi...” Người thực hiện hành vi giao cấu trong trường hợp này đương nhiên phải chịu trách nhiệm hình sự theo Khoản 4 Điều 141 BLHS cho dù người thực hiện hành vi có nhận thức được độ tuổi của nạn nhân hay không, vì cho rằng tuổi của nạn nhân là hiện thực khách quan. Hiện nay, một số trường hợp nạn nhân cố ý nói sai độ tuổi để có cơ hội thực hiện hành vi giao cấu, do đó vẫn còn nhiều quan điểm khác nhau, chưa thống nhất về cách quy buộc ý thức chủ quan trong trường hợp này. Với sự phát triển của xã hội, tuy còn nhỏ nhưng trẻ em có những tư duy, hành vi bắt chước người lớn hoặc tò mò về giới tính nhưng không được hướng dẫn xử sự đúng cách. Từ đó, việc xác định tội danh vẫn còn có nhiều quan điểm khác nhau, cho nên nhiều khi giữa các cơ quan tiến hành tố tụng
không thống nhất về tội danh hoặc định khung, định hình phạt đối với người phạm tội, dẫn tới việc giải quyết, xử lý vụ án còn lúng túng cũng như gây tâm lý “chưa phục”; vì vậy, làm giảm tính răn đe, giáo dục của hình phạt.
- Thực tiễn hiện nay cho thấy những hạn chế trong xác định độ tuổi chịu trách nhiệm hình sự, độ tuổi của nạn nhân. Do loại tội phạm này ngày càng trẻ hóa, tội phạm chưa thành niên ngày càng gia tăng đã trở thành vấn đề đáng báo động cho gia đình và xã hội. Việc xác định tuổi là hết sức quan trọng, vì độ tuổi đóng vai trò tình tiết định tội, định khung hoặc là tình tiết tăng nặng trách nhiệm hình sự. Khoản 2, Khoản 3, Khoản 4 Điều 141 BLHS năm 2015 quy định tuổi chịu trách nhiệm hình sự đối với tội hiếp dâm là người từ đủ 14 tuổi, còn đối với Khoản 1 là từ đủ 16 tuổi, việc xác định tuổi là cơ sở định tội. Vì không phải chịu một chế tài tương xứng với hành vi phạm tội theo pháp luật hình sự nên một số đối tượng lợi dụng để gây ra nhiều vụ án hiếp dâm mà hậu quả của các vụ án không thể đo lường yếu tố tổn thất về tinh thần và vật chất. Khoản 1 và Khoản 4 Điều 141 BLHS năm 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017) quy định mức hình phạt khác nhau đối với nạn nhân ở mỗi độ tuổi khác nhau, độ tuổi của nạn nhân càng nhỏ thì trách nhiệm hình sự đối với người phạm tội càng cao, do đó Hội đồng xét xử xác định độ tuổi của người bị hại càng chính xác thì việc ấn định khung hình phạt cũng như việc lượng hình của sẽ chính xác và tương ứng với tính chất, mức độ nguy hiểm của hành vi phạm tội. Thực tế ch thấy trên địa bàn tỉnh Ninh Thuận, đa số đồng bào các dân tộc thiểu số có trình độ dân trí thấp, ít quan tâm đến việc làm giấy khai sinh (nhiều trường hợp không làm) hoặc sau vài năm lại làm giấy khai sinh nhưng không nhớ rõ ngày, tháng, năm sinh của con cho nên việc xác định độ tuổi thường không phù hợp với thực tế, có trường hợp người bị hại không biết ngày tháng năm sinh của mình nên các cơ quan tiến hành tố tụng đến hỏi bố mẹ của người bị hại thì bố mẹ người bị hại đôi khi cũng không nhớ chính xác.
Vì vậy, các cơ quan tiến hành tố tụng gặp nhiều khó khăn trong thực tiễn vì không thể đoán chừng ngày, tháng, năm sinh của trẻ bị xâm hại theo những lời khai trên.