-Trước hết là những hạn chế trong áp dụng hình phạt bổ sung: Khoản 5 Điều 141 BLHS năm 2015 quy định về hình phạt bổ sung: “Cấm đảm nhiệm chức vụ, cấm hành nghề hoặc làm công việc nhất định từ một năm đến năm năm”. Tuy nhiên, thực tế cho thấy các Tòa án thường chỉ chú trọng hình phạt chính mà ít quan tâm đến các hình phạt bổ sung vì họ cho rằng hình phạt tù là đủ sức răn đe, giáo dục đối với tội phạm; mặt khác, là do các Toà án thiếu tin tưởng về khả năng chấp hành các hình phạt bổ sung. Vì vậy, khi nhận định các tình tiết của vụ án Tòa án cũng không đề cập đến việc có cần thiết hay không cần thiết áp dụng hình phạt bổ sung. Mặt khác hình phạt bổ sung là quy phạm pháp luật tùy nghi, vì vậy việc Tòa án áp dụng hay không áp dụng cũng không đặt ra chế tài hay trách nhiệm gì cho nên Tòa án ít quan tâm áp dụng, từ đó làm giảm hiệu quả của hình phạt bổ sung và hiệu quả đấu tranh phòng, chống tội phạm.
- Thứ hai là những hạn chế trong áp dụng các tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ. Khi xét xử, Hội đồng thường chỉ cân nhắc đến tình tiết giảm nhẹ mà bỏ qua tình tiết tăng nặng trách nhiệm hình sự. Với mục đích xem xét theo hướng có lợi cho bị cáo, trong thực tế có rất nhiều trường hợp người phạm tội có nhiều tình tiết giảm nhẹ và cả tình tiết tăng nặng trách nhiệm hình sự, nhưng do không có hướng dẫn cụ thể nên khi quyết định mức hình phạt cụ thể đối với bị cáo, Hội đồng xét xử ra quyết định hình phạt đã tuyên mức phạt quá thấp đối với người phạm tội hoặc có trường hợp, do cân nhắc đến tình tiết tăng nặng là tình tiết định khung hình phạt, không cân nhắc các tình tiết giảm nhẹ mà người phạm tội đáng được xem xét nên đã tuyên hình phạt quá cao, vi phạm nguyên tắc pháp chế, nguyên tắc nhân đạo xã hội chủ nghĩa. Khoản 2 Điều 46 BLHS năm 2015 đã cho phép Toà án xem “Những tình tiết khác là tình tiết giảm nhẹ” mà thiếu hướng dẫn cụ thể khi áp dụng cho nên dễ dẫn đến
tuỳ tiện trong việc xét xử và áp dụng các tình tiết giảm nhẹ vào việc lượng hình đối với người phạm tội. Khoản 1 Điều 14 quy định có trường hợp nhiều tình tiết giảm nhẹ TNHS mà chưa quy định bao hàm việc có từ hai tình tiết giảm nhẹ trở lên thì có được xem xét giảm nhẹ hình phạt? Tuy nhiên, tại Khoản 1 Điều 46 quy định trường hợp khi bị cáo có từ hai tình tiết giảm nhẹ trở lên nhưng tại Điều 48 BLHS lại quy định có thêm một hoặc nhiều tình tiết tăng nặng thì lượng hình thế nào? Điều này ảnh hưởng đến việc áp dụng hình phạt đối với tội hiếp dâm trong thực tiễn.