Mặc dù Ðức Piô XII rất giống với Ðức Giáo Hồng Lêơ XIII khi coi thần học của Thánh Tơma có giá trị cao trong thần học Công Giáo, nhưng ngài là người khai mở các lãnh vực học thuật về phúc âm và lịch sử. Trong tông thư Humani Generis (1959), ngài cảnh giác người Công Giáo đối với những nguy cơ của thần học lịch sử mới, nhưng trong tông thư Divino Afflante Spiritu (1943), ngài cho phép các học giả Công Giáo áp dụng các phương pháp mới, tỉ như cách dẫn giải dựa trên dạng thức của văn bản. Cũng trong năm này, Ðức Piô XII công bố tông thư nổi tiếng Mystici Corporis Christi, cách mạng hóa quan điểm của Cơng Giáo về Giáo Hội. Thay vì coi Giáo Hội Cơng Giáo chỉ là một tổ chức của con người hoặc một hệ thống cấp bậc hình kim tự tháp, ngài khuyến khích người Cơng Giáo coi Giáo Hội như thân thể mầu nhiệm của Ðức Kitô. Ðây là một quan niệm phát xuất từ tư duy của Thánh Phaolơ nhấn mạnh đến tính cách mầu nhiệm và hợp
nhất của Giáo Hội như thân thể của Ðức Kitô ở trần thế. Các phương cách tiếp cận thần học này bắt đầu phá vỡ bầu khí căng thẳng và nghi ngờ mà các thần học gia Công Giáo từng chịu đựng kể từ khi phải thề chống với chủ nghĩa Ðổi Mới vào năm 1910. Các phương cách ấy cũng mở đường cho sự phát sinh rầm rộ các dạng thức thần học Công Giáo mới được bắt đầu với Công Ðồng Vatican II. Biết bao cơng trình của các thần học gia và học giả Kinh Thánh Công Giáo đã được dễ dàng hơn nhờ sự khuyến khích của Ðức Piơ XII.