Có nhiều thay đổi quan trọng trong sinh hoạt của Giáo Hội Công Giáo. Hệ thần học dựa trên Thánh Tôma Aquinas và các trường phái thời Trung Cổ, tuy vẫn được Giáo Hội Cơng Giáo tơn trọng, nhưng khơng cịn được coi như cách tiếp cận thần học chính đáng duy nhất của Cơng Giáo. Nhiều sự tự do được ban cho các nhà chú giải kinh thánh, các sử gia, và các học giả Công Giáo để họ khám phá ra các tiếp cận mới trong lãnh vực khảo cứu. Các giám mục của Công Ðồng Vatican II đã được nghe phần diễn giảng của các nhà thần học nổi tiếng như Karl Rahner, Dòng Tên và Yves Congar, Dòng Ða Minh, và các vị ấy đã ảnh hưởng đến sự hiểu biết thần học cũng như sự biểu quyết của các giám mục trong khóa họp.
Bên trong Giáo Hội Cơng Giáo, vai trị và thẩm quyền của vị giám mục được nhấn mạnh hơn, và các giám mục được khuyến khích cùng làm việc với nhau, tích cực hỗ trợ và cộng tác với nhau và với đức giáo hồng. Cơng đồng cũng kêu
gọi triệu tập thường xuyên các buổi họp của các giám mục để cố vấn đức giáo hoàng về các vấn đề quan trọng cũng như thiết lập và thừa nhận các hội nghị giám mục ở các quốc gia hay các vùng. Các giám mục được mời gọi để trở nên người cha và mục tử đích thực của dân Chúa.
Các tu sĩ nam nữ được khích lệ để canh tân cộng đồn của họ, đi sát với tinh thần của vị sáng lập hơn và thích ứng với các điều kiện của đời sống hiện nay. Vai trò mục vụ của các linh mục cũng được trao cho một ý nghĩa đầy đủ hơn và họ cần phải cộng tác và hỗ trợ lẫn nhau trong sự hiệp thông với đức giám mục.
Một ý tưởng rất cách mạng là tầm quan trọng của vai trò giáo dân trong Giáo Hội Công Giáo. Giáo dân ý thức trách nhiệm của mình trong việc tiếp tục sứ vụ của Ðức Kitô và của Giáo Hội, với sự hướng dẫn của hàng giáo sĩ, tuy nhiên độc lập với họ trong các hoạt động. Sự quan trọng của hôn nhân và đời sống gia đình, cũng như ơn gọi độc thân, được nhấn mạnh nhiều lần trong các văn kiện của công đồng. Giáo dân ý thức rõ rệt hơn rằng sự thánh thiện của Kitô Hữu không chỉ dành cho linh mục và tu sĩ nam nữ mà còn dành cho họ.
Sự canh tân Phụng Vụ Thánh đã giúp cho Thánh Lễ và các cử hành phụng vụ khác có ý nghĩa hơn và dễ hiểu hơn. Sự tham dự trong Phụng Vụ, nhất là qua âm nhạc và chia sẻ trách nhiệm, đã gia tăng cách rõ ràng. Việc đọc Phúc Âm cũng trở nên quan trọng trong đời sống hàng ngày và trong sự thờ phượng của người Cơng Giáo, và cũng có nhiều phương tiện giúp cho sự học hỏi Phúc Âm được dễ dàng hơn.