Cơ quan BHYT là cơ quan chuyên trách tổ chức và thực hiện chính sách BHYT của quốc gia do Chính phủ thành lập. Cơ quan này có thể trực thuộc trực tiếp Chính phủ, cũng có thể trực thuộc Bộ Y tế, nhưng vai trò chủ yếu vẫn là cung cấp dịch vụ BHYT cho người dân. Cơ quan BHYT có một số nhiệm vụ chủ yêu sau đây:
+ Hướng dẫn hồ sơ, thủ tục, tổ chức thực hiện chính sách BHYT, bảo đảm nhanh chóng, đơn giản và thuận tiện cho người tham gia bảo hiểm y tế.
+ Thu tiền đóng bảo hiểm y tế và cấp văn bản chứng nhận quyền lợi BHYT. + Quản lý, sử dụng quỹ bảo hiểm y tế.
+ Ký hợp đồng KCB BHYT với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh.
+ Thanh toán chi phí KCB BHYT trong phạm vi bảo hiểm cho người tham gia BHYT
+ Kiểm tra chất lượng khám bệnh, chữa bệnh; giám định BHYT
Người tham gia BHYT là mọi người dân có nhu cầu BHYT cho sức khỏe của mình. Mỗi người tham gia BHYT đều được cấp một văn bản chứng nhận quyền lợi BHYT của riêng mình. Văn bản này có thể có tên gọi khác nhau như giấy chứng nhận bảo hiểm hoặc thẻ bảo hiểm, v.v ở các nước khác nhau. Trong thời kỳ đầu mới triển khai BHYT, thông thường các nước đều có hai nhóm đối tượng tham gia BHYT: bắt buộc và tự nguyện. Hình thức bắt buộc áp dụng đối với công nhân viên chức Nhà nước và một số đối tượng như người về hưu có hưởng lương hưu. Hình thức tự nguyện áp dụng cho mọi thành viên khác trong xã hội có nhu cầu và thường giới hạn trong độ tuổi nhất định tùy theo từng quốc gia.
Cơ sở KCB BHYT là những cơ sở y tế trực tiếp cung cấp dịch vụ khám chữa bệnh cho người tham gia BHYT. Thông thường, cơ quan BHYT sẽ trực tiếp ký kết hợp đồng với các cơ sở KCB BHYT để cung cấp dịch vụ KCB cho người tham gia. Các cơ sở KCB BHYT rất đa dạng về quy mô và loại hình như: các trạm y tế ở tuyến cơ sở, các phòng khám đa khoa, phòng khám chuyên khoa, bệnh viện các cấp, v.v. Cơ sở KCB BHYT có trách nhiệm phải cung cấp hồ sơ bệnh án, tài liệu liên quan đến khám bệnh, chữa bệnh và thanh toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh của người tham gia bảo hiểm y tế theo yêu cầu của cơ quan BHYT.
Có hai phương thức thanh toán quyền lợi BHYT chủ yếu cho người tham gia BHYT khi sử dụng dịch vụ y tế. Thứ nhất, cơ quan BHYT sẽ chi trả trực tiếp một phần hoặc toàn bộ chi phí khám chữa bệnh cho các cơ sở KCB BHYT và người tham gia BHYT sẽ tự chi trả phần còn lại (nếu có). Ở phương thức thanh toán thứ hai, người tham gia BHYT tự chi trả toàn bộ chi phí khám chữa bệnh, sau đó yêu cầu thanh toán từ cơ quan BHYT.