Thực tế việc giải ngân vốn đầu tư XDCB phát triển hạ tầng kinh tế xã hội thuộc nguồn vốn CTMTQGXDNTM thường chậm ở những tháng, quý đầu năm và tập trung giải ngân dồn vào thời điểm cuối năm (quý IV và tháng 01 năm sau), khối lượng hồ sơ, chứng từ mà chủ đầu tư gửi đến KBNN trong thời gian này rất lớn, trong khi số lượng cán bộ làm công tác kiểm soát chi vốn ở KBNN huyện Nậm Pồ chỉ có 3 giao dịch viên trực tiếp giao dịch với đơn vị. Với khối lượng công việc kiểm tra, kiểm soát nhiều và dồn vào cuối năm thường sẽ tạo ra một áp lực không hề nhỏ cho giao dịch viên làm nhiệm vụ kiểm soát chi của KBNN huyện Nậm Pồ thường khó đảm bảo được thời gian xử lý đúng quy trình quy định, hoặc nếu chịu sức ép về thời gian xử lý theo quy trình sẽ có thể kiểm soát không chặt chẽ dẫn đến sai sót, cả hai vấn đề trên đều làm ảnh hưởng đến chất lượng kiểm soát và thời gian thanh toán.
Bên cạnh đó, mặc dù quy trình kiểm soát chi đã được công khai rõ ràng về các loại hồ sơ, tài liệu gửi cho cơ quan thanh toán, nhưng vẫn có một số chủ đầu tư
(thường là mới hoặc kiêm nhiệm) không nắm được trình tự, thủ tục nên hồ sơ nộp cho KBNN huyện thiếu theo quy định làm cho giao dịch viên phải hướng dẫn bổ sung hoặc loại bỏ ra khỏi hồ sơ từ đó gây ảnh hưởng thời gian giải ngân.
Quy định về kiểm tra hiện trường khi thanh toán của KBNN chưa cụ thể,
Thông tư số 08/2016/TT-BTC ngày 18/01/2016 của Bộ Tài chính về quản lý, thanh toán vốn đầu tư sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước và Thông tư số 108/2016/TT-BTC ngày 30/6/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 08/2016/TT-BTC ngày 18/01/2016 của Bộ Tài chính quy định về quản lý, thanh toán vốn đầu tư sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước thì “ định kỳ hoặc đột xuất KBNN kiểm tra các chủ đầu tư về tình hình thực hiện dự án, việc chấp hành chế độ chính sách tài chính đầu tư phát triển tình hình quản lý và sử dụng vốn đầu tư”. Vậy thì định kỳ là bao lâu, kiểm tra cụ thể những nội dung gì cần có quy định cụ thể.
Trên thực tế do không có quy định cụ thể nên việc kiểm tra hiện trường của KBNN trong việc kiểm soát chi còn lúng túng. Trong khi đó chưa có chế tài xử phạt nghiêm minh đối với việc nghiệm thu sai, hiện nay thanh toán đối với những khối lượng hoàn thành theo hợp đồng, nhưng trên thực tế, nhiều trường hợp nhà thầu và chủ đầu tư thỏa thuận để nghiệm thu một số công việc chưa thực sự hoàn thành và lập hồ sơ để thanh toán hết kế hoạch vốn, vì theo quy định khối lượng hoàn thành đến ngày 31/12 năm kế hoạch được hoàn chỉnh thủ tục và thanh toán đến hết ngày 31/01 năm sau. Do vậy việc đi xuống hiện trường kiểm tra thực tế và đối chiếu khối lượng hoàn thành giữa bảng xác định giá trị khối lượng hoàn thành do chủ đầu tư và nhà thầu lập để thanh toán và thực tế thi công cần được quy định rõ ràng và chặt chẽ.
Bên cạnh đó, một số chủ đầu tư trách nhiệm chưa cao; thực tế nhiều dự án đã có khối lượng hoàn thành theo hợp đồng nhưng không tổ chức nghiệm thu hoặc đã tổ chức nghiệm thu nhưng chậm hoàn tất thủ tục gửi đến Kho bạc để thanh toán; đặc biệt nhiều dự án được bố trí kế hoạch trả nợ, kể cả có quyết định phê duyệt quyết toán nhưng Chủ đầu tư vẫn chưa đề nghị thanh toán trả nợ các nhà thầu hoặc việc tạm ứng hiện nay được quy định theo mức tối thiểu nhưng chủ
đầu tư vẫn không áp dụng sự thông thoáng này khi ký hợp đồng, nên không tạo sự thuận lợi nhất định về nguồn vốn cho các nhà thầu để đẩy nhanh khối lượng hoàn thành sớm hơn.
Việc bổ sung, điều chỉnh dự toán diễn ra nhiều lần trong năm nhất là vào dịp cuối năm. Số dự án thực hiện quá thời gian quy định khá phổ biến, có dự án kéo dài 3 đến 4 năm. Tình trạng vi phạm các quy định về quản lý tài chính ngân sách diễn ra ở những mức độ khác nhau. Những sai phạm trong việc hạch toán; chi đầu tư XDCB phát triển hạ tầng kinh tế xã hội thuộc nguồn vốn CTMTQGXDNTM không đúng đối tượng, tiêu chuẩn, định mức…, nhiều khoản sai chế độ quy định đã được các cơ quan thanh tra, kiểm soát thanh toán phát hiện.
Thời gian và chất lượng công tác kiểm soát hồ sơ chi đầu tư XDCB phát triển hạ tầng kinh tế xã hội thuộc nguồn vốn CTMTQGXDNTM nhất là vào thời điểm cuối năm, và trong thời gian chỉnh lý quyết toán lượng hồ sơ chứng từ do chủ đầu tư gửi đến là rất lớn, giao dịch viên phải làm việc với nhiều chủ đầu tư cùng một lúc nên việc kiểm tra tính hợp lệ hợp pháp của hồ sơ cũng như việc hướng dẫn các chủ đầu tư trong việc thanh toán bị hạn chế. Do vậy việc kiểm soát thanh toán không tránh khỏi có những sai sót, đôi khi không đảm bảo về mặt thời gian theo quy định. Việc phân công công việc giữa các giao dịch viên hiện chưa hợp lý, trong khi mà KBNN huyện Nậm Pồ còn phải thực hiện kiểm soát chi các nguồn vốn khác với quy mô khá lớn và phải làm việc với chủ đầu tư là Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng của Huyện Nậm Pồ, một số giao dịch viên hiện phụ trách số lượng lớn công việc liên quan đến nhiều nguồn vốn, nên khá căng thẳng và giảm chất lượng kiểm soát và tiến độ giải ngân vốn.
Việc phối hợp trong nhận và nhập dự toán vốn đầu tư, hay việc cấp mã dự án của Phòng Tài chính – Kế hoạch Huyện trước khi tạm ứng vốn đôi khi thực hiện chưa kịp thời với giao kế hoạch vốn.
Một số văn bản pháp lý về đầu tư công, kiểm soát chi vốn đầu tư, quản lý vốn Chương trình mục tiêu quốc gia chưa được thống nhất, gây khó khăn cho thực hiện, gây tranh cãi, hiểu nhầm trong thực hiện kiểm soát chi như thế nào là cơ chế đặc thù và những công trình thế nào là đặc thù. Hay việc quy định mức tạm ứng tối đa cho
tất cả các loại hợp đồng hiện chưa phù hợp, gây khó khăn và phàn nàn của các chủ đầu tư. Việc ban hành các văn bản hướng dẫn của KBNN còn quá chậm so với Văn bản của Bộ Tài chính. Nhiều văn bản đều quy định cùng nội dung làm cho công chức KSC chưa có kinh nghiệm không rõ phải áp dụng văn bản nào.
Ứng dụng CNTT trong công tác kiểm soát chi đầu tư XDCB phát triển hạ tầng kinh tế xã hội thuộc nguồn vốn CTMTQGXDNTM hiện còn yếu, đặc biệt dịch vụ công trực tuyến chưa triển khai để đơn giản hóa hơn cho các chủ đầu tư. Việc đầu tư nâng cấp trang thiết bị phục vụ cho công tác KSC chưa đủ đảm bảo năng lực CNTT cho hiện đại hóa công tác KSC. Nhiều công việc vẫn thực hiện thủ công. Phần mềm thường xuyên bị gián đoạn do trang thiết bị chưa tương thích phần mềm.
Hệ thống biểu mẫu phục vụ cho công tác KSC đầu tư XDCB phát triển hạ tầng kinh tế xã hội thuộc nguồn vốn CTMTQGXDNTM còn phức tạp, nhập dữ liệu dễ nhầm lẫn, mất thời gian, trong khi năng lực của các giao dịch viên tại KBNN huyện Nậm Pồ vẫn có nhiều hạn chế, nên gặp một số sai sót trong hoàn thành các biểu mẫu như ghi sai nguồn vốn, nhận hồ sơ không đúng mẫu theo quy định cho Chương trình mục tiêu quốc gia, hướng dẫn chủ đầu tư sử dụng hồ sơ không theo quy định bởi mỗi nguồn vốn là một hồ sơ khác nhau.
Trong quá trình kiểm soát (đăng ký tài khoản, kiểm soát hồ sơ pháp lý ban đầu, kiểm soát tạm ứng, kiểm soát thanh toán, kiểm soát thanh toán để quyết toán dự án hoàn thành, đối chiếu quyết toán niên độ ngân sách), giao dịch viên đã phát hiện được nhiều sai sót trong hồ sơ do chủ đầu tư gửi đến, và đã từ chối thanh toán một số khoản không đảm bảo hồ sơ, chứng từ.