Về cơ bản quy trình kiểm soát chi từ ngân sách nhà nước nói chung và khoản chi đầu tư XDCB phát triển hạ tầng kinh tế xã hội thuộc nguồn vốn CTMTQGXDNTM nói riêng cần hoàn thiện những điểm sau đây trong quy trình:
Thứ nhất, Quy định về hồ sơ đầu tư XDCB phát triển hạ tầng kinh tế xã hội thuộc nguồn vốn CTMTQGXDNTM gửi KBNN để làm căn cứ kiểm soát thanh toán: đối với hồ sơ mở tài khoản, hướng dẫn chủ đầu tư gửi đầy đủ hồ sơ theo quy định mở tài khoản của thông tư 61/2014/TT-BTC nay được thay thế bằng thông tư 18/2020/TT-BTC. Cần giúp cho chủ đầu tư hiểu và gửi hồ sơ khi có thay đổi về pháp lý, đăng ký bổ sung tài khoản, hoặc thay đổi mẫu dấu, chữ ký. Đảm bảo chỉ hướng dẫn hoàn thiện hồ sơ 01 lần cho chủ đầu tư tránh việc phải sửa đi sửa lại nhiều lần.
Thứ hai, về thời gian kiểm soát và luân chuyển chứng từ đầu tư XDCB phát triển hạ tầng kinh tế xã hội thuộc nguồn vốn CTMTQGXDNTM; thực tế cứ mỗi loại hình dự án, mỗi loại vốn hay hình thức kiểm soát lại có những đặc thù và tính chất phức tạp riêng. Nên có những quy định hợp lý về thời gian, không nên chia nhỏ thời gian cho từng bộ phận, từng người mà nên để Giám đốc KBNN, thủ trưởng đơn vị chỉ đạo phối hợp đảm bảo đúng qui trình trong phạm vi cho phép, có thể thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính, tối đa 02 ngày làm việc đối với khoản thanh toán, và 01 ngày đối với tạm ứng, KBNN huyện phải hoàn tất thủ tục và chuyển tiền cho dự án, như vậy sẽ phát huy được tính chủ động và nâng cao chất lượng và hiệu quả trong kiểm soát của bộ kiểm soát chi đầu tư cũng như các bộ phận của KBNN.
....Thứ ba, cần giảm bớt hình thức thanh toán trước, kiểm soát sau trong thanh toán khối lượng hoàn thành, chỉ nên áp dụng loại hình này trong trường hợp bất khả kháng, vào thời điểm cuối năm ngân sách hay trước tết nguyên đán, để đảm bảo tính chặt chẽ, hạn chế các rủi ro và tiêu cực trong kiểm soát thanh toán các dự án đầu tư XDCB phát triển hạ tầng kinh tế xã hội thuộc nguồn vốn CTMTQGXDNTM trên địa bàn huyện.
.Thứ tư, linh hoạt các hình thức kiểm soát vốn chi đầu tư: Hình thức kiểm soát vốn tạm ứng và thanh toán trước, kiểm soát sau theo một trình tự. Các bước và từng trình tự kiểm soát trong từng hình thức cũng nên giảm bớt.
Thứ năm, Để phục vụ công việc kiểm soát chi thì việc nắm vững và hiểu rõ các cơ chế chính sách có liên quan tới công tác đầu tư XDCB phát triển hạ tầng kinh tế xã hội thuộc nguồn vốn CTMTQGXDNTM, những luật của Quốc hội và Nghị định của Chính phủ mới ban hành thì giao dịch viên phải là người đầu tiên có tinh thần trách nhiệm tìm hiểu, nghiên cứu, đồng thời lãnh đạo đơn vị phải tổ chức các cuộc họp chuyên môn thường xuyên nhằm phổ biến những điểm mới, khác biệt so với những quy định trước cho cán bộ làm công tác kiểm soát chi, các chủ đầu tư kịp thời nắm bắt, triển khai.