Để đảm bảo thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ được giao, đồng thời để phỏt huy những kinh nghiệm cú được trong quỏ trỡnh liờn doanh VACO-DTT, VACO đó thiết kế và thực hiện bộ mỏy cơ cấu tổ chức quản lý theo mụ hỡnh chức năng.
Cựng với đú, sự phõn cấp cụ thể để thực hiện và soỏt xột mọi cuộc kiểm toỏn, đảm bảo chất lượng của mọi cuộc kiểm toỏn do cụng ty tiến hành.
Giỏm đốc là người đứng đầu Cụng ty giữ vai trũ điều hành chung và khụng ngừng phỏt triển toàn diện toàn cụng ty. Cỏc Phú giỏm đốc chịu trỏch nhiệm hỗ trợ Giỏm đốc trong việc quản lý cỏc phũng nghiệp vụ, thay mặt cho Giỏm đốc lónh đạo Cụng ty trong thời gian Giỏm đốc đi vắng, tựy từng thời gian sẽ phụ trỏch từng mặt hoạt động theo sự phõn cụng của Giỏm đốc. Tất cả Giỏm đốc và Phú giỏm đốc đều là những người chịu trỏch nhiệm trực tiếp về chất lượng của cỏc cuộc kiểm toỏn do VACO thực hiện. Cỏc thành viờn của ban Giỏm đốc là người trực tiếp đỏnh giỏ rủi ro của cuộc kiểm toỏn và quyết định ký hợp đồng kiểm toỏn, là người thực hiện soỏt xột cuối cựng đối với mọi hồ sơ kiểm toỏn và cũng là người đại diện Cụng ty ký phỏt hành Bỏo cỏo kiểm toỏn và Thư quản lý.
Ngoài ra cũn cú cỏc Giỏm đốc chi nhỏnh giỳp việc cho Giỏm Đốc Cụng ty trong việc tổ chức, điều hành mọi hoạt động và khụng ngừng phỏt triển toàn diện Chi nhỏnh được phõn cụng. (Thực hiện đỳng nhiệm vụ của Giỏm đốc trong phạm vi Chi nhỏnh); định kỳ bỏo cỏo Giỏm đốc Cụng ty theo qui định.
Là một doanh nghiệp Nhà Nước hạch toỏn độc lập, kế toỏn trưởng của Cụng ty là người cú trỏch nhiệm phản ỏnh đầy đủ và kịp thời cỏc nghiệp vụ kinh tế phỏt sinh và bỏo cỏo với cơ quan Nhà nước. Trong cụng ty, Kế toỏn trưởng đồng thời là người đứng đầu Phũng hành chớnh - tổng hợp, chịu trỏch nhiệm đối với mọi vấn đề cú liờn quan đến hành chớnh, kế toỏn của cụng ty. Phũng hành chớnh - tổng hợp cú chức năng đảm bảo mọi điều kiện vật chất như ăn, ở, phương tiện đi lại, mẫu giấy tờ làm việc, hồ sơ kiểm toỏn… tạo điều kiện thuận lợi giỳp cỏc thành viờn của cỏc nhúm kiểm toỏn hoàn thành nhiệm vụ.
Hội đồng cố vấn DTT chịu trỏch nhiệm tư vấn, giỏm sỏt về chất lượng nghiệp vụ và đào tạo kiểm toỏn viờn chuyờn nghiệp, nõng cao trỡnh độ mọi mặt cho kiểm toỏn viờn. Hội đồng cố vấn sẽ đảm bảo mọi mặt về kỹ thuật giỳp cho mọi thủ tục kiểm toỏn, phương phỏp kiểm toỏn được ỏp dụng đầy đủ và phự hợp.
Phũng Dịch vụ quốc tế phối hợp với Phũng nghiệp vụ IV phụ trỏch kiểm toỏn cỏc doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài. Ngoài ra, phũng nghiệp vụ IV cũn đảm nhiệm việc kiểm toỏn bỏo cỏo tài chớnh của cỏc Dự ỏn.
Phũng Đào tạo đảm nhiệm kiểm toỏn cỏc khỏch hàng thuộc lĩnh vực bảo hiểm, ngõn hàng đồng thời chịu trỏch nhiệm về cụng tỏc đào tạo cho nhõn viờn Cụng ty.
Phũng tư vấn và giải phỏp thực hiện chức năng tư vấn về thuế, tư vấn cỏc giải phỏp quản lý, tư vấn tài chớnh doanh nghiệp…
Phũng nghiệp vụ I đảm nhiệm cỏc khỏch hàng kinh doanh trong lĩnh vực xi măng, rượu, bia, thuốc lỏ.
Phũng nghiệp vụ II đảm nhiệm kiểm toỏn cỏc khỏch hàng thuộc lĩnh vực hàng khụng dõn dụng.
Phũng nghiệp vụ III kiểm toỏn cỏc khỏch hàng thuộc lĩnh vực than, bưu chớnh viễn thụng.
Phũng Kiểm toỏn XDCB chuyờn kiểm toỏn cỏc dự ỏn XDCB.
Như vậy, chức năng chung của cỏc Phũng nghiệp vụ đều là kiểm toỏn. Đứng đầu cỏc phũng là cỏc Trưởng phũng và phú phũng (cỏc chủ nhiệm kiểm toỏn). Cỏc nhõn viờn trong phũng, tựy theo số năm làm việc, khả năng cụng tỏc được phõn làm nhiều mức khỏc nhau như kiểm toỏn viờn chớnh và cỏc Trợ lý kiểm toỏn viờn. Thụng thường, sau khi một hợp đồng kiểm toỏn chớnh thức được ký bởi cỏc thành viờn ban giỏm đốc, Chủ nhiệm kiểm toỏn sẽ chịu trỏch nhiệm xem xột, lập kế hoạch kiểm toỏn và soỏt xột hồ sơ kiểm toỏn cũng như bỏo cỏo kiểm toỏn trước khi trỡnh ban giỏm đốc ký duyệt để phỏt hành. Đối với những khỏch hàng lớn khi cú sự hợp nhất kết quả kiểm toỏn để phỏt hành bỏo cỏo thỡ Chủ nhiệm kiểm toỏn tại cỏc đơn vị khỏc nhau cựng phờ duyệt và soỏt xột. Cũn với cỏc trường hợp như khỏch hàng cú quy mụ nhỏ, nghiệp vụ kinh doanh đơn giản, khỏch hàng quen thỡ việc lập kế hoạch kiểm toỏn sẽ được thực hiện bởi Kiểm toỏn viờn chớnh là trưởng nhúm kiểm toỏn và cú sự phờ duyệt, soỏt xột của Chủ nhiệm kiểm toỏn. Sau đú cỏc dự thảo bỏo cỏo kiểm toỏn sẽ được lập bởi trưởng nhúm kiểm toỏn trước khi trỡnh lờn cấp trờn soỏt xột, phờ duyệt.
Như vậy, với cơ cấu tổ chức quản lý như trờn, mọi thành viờn trong cụng ty đều cú thể phối kết với nhau để thực hiện cụng việc được giao cũng như hướng tới cỏc mục tiờu chung của Cụng ty, đảm bảo thực hiện cụng việc kiểm toỏn chất lượng, hiệu quả.