Vấn đề lớn nhất với các công ty vận tải biển trong nước hiện nay là nguồn vốn để phát triển. Cho dù có mục tiêu phương hướng hoạt động cho từng năm nhưng trong những năm vừa qua khó khăn lớn của công ty là tài chính và dòng tiền cho hoạt động sản xuất kinh doanh. Tài chính hạn hẹp khiến Công ty gặp khó khăn trong việc mua nhiên liệu, mua trang thiết bị kỹ thuật cũng như lên kế hoạch sửa chữa lớn, lên đà cho đội tàu từ đó ảnh hưởng đến chất lượng đội tàu, phát sinh các chi phí ngoài mong muốn giảm hiệu quả khai thác. Để tăng vốn đầu tư, Công ty tiến hành thực hiện cổ phần hoá để huy động vốn trong năm 2015.
Bên cạnh đó, Công ty nên hợp tác với các doanh nghiệp liên quan để tăng vốn đầu tư. Việc thực hiện hợp tác kinh doanh là một biện pháp rất có hiệu quả giúp các doanh nghiệp vận tải biển có được nguồn vốn để đầu tư và theo kịp với sự phát triển của thế giới.. Muốn nâng cao năng lực cạnh tranh đội tàu trong giai đoạn 2016 - 2020, ngoài khắc phục khó khăn và duy trì ổn định. Công ty cần tìm đối tác để hợp tác đầu tư. Trong quyết định "Phê duyệt quy hoạch phát triển vận tải biển Việt Nam đến năm 2020. định hướng đến năm 2030" có khuyến khích mọi thành phần kinh tế, bao gồm cả các tổ chức nước ngoài đầu tư phát triển đội tàu biển Việt nam. Đây là điểm rất có lợi cho việc liên doanh liên kết với các doanh nghiệp trong và ngoài nước để tăng vốn đầu tư.