- Công tác quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất: Một số xã còn gặp khó khăn khi giải quyết đối với trường hợp phát sinh các dự án, công trình chưa có trong kế hoạch sử dụng đất hàng năm cấp huyện do chưa có quy định về việc điều chỉnh kế hoạch.
- Về giao đất, cho thuê đất, chuyển mục đích sử dụng đất: việc áp dụng thực hiện quy định về điều kiện để được giao đất, cho thuê đất, cho phép chuyển mục đích sử dụng đất theo quy định của Luật Đất đai còn nhiều lúng túng. Nguyên nhân là do vẫn còn thiếu các quy định để xử lý chuyển tiếp giữa Luật cũ và Luật mới về các trường hợp giao đất, cho thuê đất, cho phép chuyển mục đích đất trồng lúa, đất rừng phòng hộ, để thực hiện dự án đầu tư; dự án triển khai tại các khu vực nhạy cảm về an ninh, quốc phòng.
- Về công tác thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ và tái định cư: Công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng vẫn còn kéo dài, làm ảnh hưởng đến tiến độ triển khai của các công trình, dự án; việc khiếu nại, khiếu kiện liên quan đến bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất vẫn còn xảy ra và khá phổ biến.
- Về đăng ký, cấp giấy chứng nhận, xây dựng hồ sơ địa chính, cơ sở dữ liệu địa chính: việc xây dựng cơ sở dữ liệu đất đai còn phân tán, thiếu đồng bộ dẫn đến cơ sở dữ liệu đất đai cấp huyện chưa kết nối được với cấp tỉnh, thậm chí trong cùng địa bàn huyện sử dụng nhiều phần mềm khác nhau để xây dựng cơ sở dữ liệu đất đai. Một số nơi đã xây dựng cơ sở dữ liệu đất đai nhưng hạ tầng kỹ thuật chưa đảm bảo cho việc vận hành hệ thống thông tin đất đai, do đó cơ sở dữ liệu không được vận hành khai thác sử dụng, dẫn tới cơ sở dữ liệu không được cập nhật biến động thường xuyên dễ dẫn tới tình trạng cơ sở dữ liệu bị lỗi thời, không có giá trị sử dụng. Việc lồng ghép giữa đo vẽ bản đồ địa chính với đăng ký, cấp Giấy chứng nhận và xây dựng cơ sở dữ liệu đất đai còn hạn chế. Hệ thống hồ sơ địa chính, cơ sở dữ liệu địa chính chưa được cập nhật, chỉnh lý biến động thường xuyên, kịp thời theo quy định.
- Một số tồn tại khác như: Tình trạng vi phạm pháp luật đất đai vẫn xảy ra như lấn chiếm, sử dụng đất không đúng mục đích, chuyển nhượng đất trái pháp luật, vi phạm quy hoạch; Thị trường về quyền sử dụng đất còn tự phát, Nhà nước chưa hình thành được các tổ chức để quản lý điều tiết giá đất; Thường xuyên có sự thay đổi về bộ máy tổ chức ngành Quản lý đất đai, nhất là cơ sở dẫn đến việc theo dõi quản lý đất đai không liên tục nên số liệu, tài liệu đất đai chưa phản ánh đúng với thực tế sử dụng.