NHN0 & PTNT Hà Nội được thành lập theo Quyết định số 51- QĐ/NH/QĐ ngày 27/6/1988 của Tổng giám đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam ( nay là Thống đốc NHNN Việt Nam).
Chi nhánh NHNo & PTNT Thành phố Hà Nội Snet( nay là NHN0 & PTNT Hà Nội) trên cơ sở 28 cán bộ cùng với 21 công ty, xí nghiệp thuộc lĩnh vực Nông, Lâm, Ngư nghiệp được điều động từ Ngân hàng Công-Nông- Thương Thành phố Hà Nội và 12 chi nhánh Ngân hàng phát triển Nông nghiệp huyện được đổi tên từ các chi nhánh Ngân hàng Nhà nước huyện đã hội tụ về trụ sở chính tại số 77 phố Lạc Trung Quận Hai Bà Trưng, Hà Nội.
Với 1182 lao động, 18 tỷ nguồn vốn, chủ yếu tiền gửi ngân sách huyện và 16 tỷ dư nợ mà hầu hết là nợ cho vay các xí nghiệp Quốc doanh, các hợp tác xã đã trở thành nợ tồn đọng. Trụ sở, phương tiện, kho tang không đáp ứng được yêu cầu kinh doanh. NHN0 & PTNT Hà Nội sớm phải hoạt động trong môi trường cạnh tranh với các ngân hàng đã có bề dày hoạt động kinh doanh và có nhiều lợi thế hơn hẳn, không những thế còn luôn trong tình trạng thiếu vốn, thiếu tiền mặt. Những năm đầu cùng sự hỗ trợ nguồn vốn của Ngân hàng phát triển Nông nghiệp Trung ương cũng chỉ đáp ứng được một phần nhu cầu
vay vốn của Liên hiệp các công ty Lương thực Hà Nội để mua gạo cho nhân dân nội thành, một phần nhu cầu tiền mặt chi lương cho các doanh nghiệp.
Nhận rõ trách nhiệm của mình trong sự nghiệp xây dựng và đổi mới đất nước, mà trọng tâm là phát triển kinh tế nông nghiệp, góp phần đổi mới nông thôn ngoại thành Hà Nội. NHN0 & PTNT Hà Nội đã nhanh chóng khai thác nguồn vốn để đầu tư cho các thành phần kinh tế mà trước hết là đầu tư cho nông nghiệp. Nhờ có những quyết sách táo bạo đổi mới nhận thức kiên quyết khắc phục điểm yếu nhất là thiếu vốn, thiếu tiền mặt, nhờ vậy chỉ sau hơn hai năm hoạt động từ năm 1990 trở đi NHN0 & PTNT Hà Nội đã có đủ tiền mặt và nguồn vốn thoả mãn cơ bản các nhu cầu tín dụng và tiền mặt cho khách hàng.
Tháng 9 năm 1991, 7 Ngân hàng huyện thị : Mê Linh, Hoài Đức, Đan Phượng, Thạch Thất, Ba Vì, Phú Thọ, Thị xã Sơn Tây được bàn giao về Vĩnh Phú và Hà Tây.
Tiếp theo đó thực hiện mô hình hai cấp từ tháng 10/1995 NHN0 & PTNT Hà Nội đã bàn giao 5 ngân hàng Sóc Sơn, Đông Anh, Thanh Trì, Từ Liêm, Gai Lâm về NHN0 & PTNT Việt Nam. Lúc này NHN0 & PTNT Hà Nội lại đứng trước một thử thách mới đó là mang tên Ngân hàng Nông nghiệp nhưng lại phục vụ các thành phần kinh tế không mang đáp ứng của sản xuất nông nghiệp ngay giữa nội đô Thành phố Hà Nội.
Để đứng vững, tồn tại và phát triển trong cơ chế thị trường, NHN0 & PTNT Hà Nội đã chủ động mở rộng mạng lưới để huy động và đáp ứng nhu cầu vốn tín dụng của các thành phần kinh tế trên địa bàn nội thành.
• Năm 1994 thành lập Ngân hàng khu vực Chợ Hôm (nay là Hai Bà Trưng).
• Năm 1995 thành lập Ngân hàng khu vực Đồng Xuân (nay là Hoàn Kiếm).
• Năm 1996 thành lập các Ngân hàng Quận Tây Hồ, Ba Đình, Thanh Xuân.
• Năm 1997 thành lập Ngân hàng Quận Cầu Giấy.
• Năm 2000 thành lập Ngân hàng Quận Đống Đa và khu vực Tam Trinh. • Năm 2001 thành lập 10 phòng giao dịch.
• Năm 2002 thành lập 2 Ngân hàng Chương Dương và Tràng Tiền PLAZA và 11 phòng giao dịch thì đến năm 2002 NHN0 & PTNT Hà Nội có 33 phòng giao dịch huy động nguồn vốn và dịch vụ Ngân hàng.
Sau 15 năm phấn đấu, xây dựng và từng bước trưởng thành, NHN0 & PTNT Hà Nội đã đi những bước vững chắc với sự phát triển toàn diện trên các mặt huy động nguồn vốn, tăng trưởng đầu tư và nâng cao chất lượng tín dụng, thu chi tiền mặt, mở rộng quan hệ kinh tế đối ngoại và các hoạt động khác.
Về nguồn vốn: Từ 18 tỷ khi mới thành lập, đến 5/2003 NHN0 & PTNT Hà Nội đã huy động được 7500 tỷ, tăng 415 lần bình quân tăng 30% mỗi năm, trong đó nguồn vốn ngoại tệ chiếm 11% đến nay có thể đáp ứng các nhu cầu tín dụng nội, ngoại tệ của các doanh nghiệp.
Về dư nợ 2300 tỷ, tăng 143 lần, trong đó dư nợ tài trợ nhập khẩu gần 50 triệu USD, chất lượng được tín dụng đặc biệt chú trọng đã nâng dần hiệu quả kinh doanh của NHNo và PTNT Hà Nội.
Từ 2006 thực hiện đề án cơ cấu lại ngân hàng và đề án kinh doanh trên địa bàn đô thị loại I giai đoạn 2006 – 2010, Hoạt động mô theo hình ngân hàng kinh doanh đa cấp. NHNo & PTNT Hà Nội có 11 chi nhánh cấp II và 37 PGD trực thuộc. Tổng nguồn vốn huy động đến hết năm 2006 là 12.845 tỷ đồng, dư nợ 2.419 tỷ đồng, Tổng kim ngạch XNK trên 150 triệu USD, Doanh số kinh doanh ngoại hối đạt trên 100 triệu USD.