Mang đặc điểm của doanh nghiệp Nhà nớc thì nguồn vốn của Công ty Vận tải biển và Thơng mại Nghệ An chủ yếu là do ngân sách Nhà nớc cấp. Ngoài ra còn nguồn vốn tín dụng vay ngân hàng. Tuy nhiên nguồn vốn này còn rất hạn chế vì để đợc vay phải trải qua nhiều thủ tục nghiêm ngặt, phiền hà và thế chấp chặt chẽ, doanh nghiệp phải có luận chứng cụ thể của phơng án kinh doanh mới đợc vay vốn. Đây chính là một hạn chế lớn trong chính sách hỗ trợ của Nhà nớc cho
các DNNN nói chung và cho Công ty Vận tải biển và Thơng mại Nghệ An nói tiêng lúc bấy giờ.
Theo hình thức tổ chức công tác kế toán phân tán, ở công ty thành lập phòng Kế toán công ty là đơn vị kế toán cấp cơ sở, còn ở các xí nghiệp trực thuộc đều có tổ chức kế toán riêng, là các đơn vị kế toán phụ thuộc.
Mặc dù hình thức tổ chức kế toán phân tán đã khắc phục đợc nhợc điểm của hình thức tổ chức kế toán tập trung đồng thời phù hợp với cơ cấu tổ chức sản xuất mới đáp ứng đợc đòi hỏi của nền kinh tế nhiều thành phần trong thời ký đổi mới. Tuy nhiên còn có một số hạn chế đó là:
Đội ngũ cán bộ kế toán của công ty vẫn còn nhiều bất cập, trình độ chuyên môn không đồng đều, lại đợc đào tạo qua nhiều thời kì, thậm chí có ng- ời tuy làm công tác kế toán nhng không phải đợc đào tạo về chuyên ngành kế toán, do vậy nên thờng xảy ra tình trạng thiếu đồng bộ trong cách nghĩ, cách làm. Ngay cả việc áp dụng các hình thức kế toán cũng cha thống nhất.