Spinoza chấp nhận sự khai trừ một cách can đảm, nhưng kể từ đây chàng trai thanh niên này cảm thấy vô cùng cô đơn. Không có gì đáng sợ cho bằng cô đơn, nhất là sự cô đơn của một người Do-thái bị bắt buộc phải tách rời tập thể họ. Spinoza đã chịu mất tín ngưỡng mình và việc này đã để lại nhiều vết thương trong tâm hồn ông. Nếu Spinoza sau khi bị khai trừ khỏi giáo hội Do-thái, lại xin gia nhập một cộng đồng tôn giáo nào đó thì có lẽ ông tìm lại được sự ổn định tâm hồn như một con cừu chen lấn giữa một bầy cừu để sưởi ấm cho nhau, song Spinoza không gia nhập cộng đồng nào khác mà cam chịu sự cô đơn. Thân phụ ông không nhìn nhận ông, người chị của ông toan đoạt hết gia tài và bạn bè ông xa lánh ông. Do đó chúng ta không lạ gì khi tìm thấy một Spinoza ê chề cay đắng. Ông viết như sau:
"Những kẻ muốn tìm hiểu các hiện tượng và chân lý, những kẻ không chịu nhìn đời với cặp mắt ngơ ngáo sẽ bị xem là những kẻ thiếu đạo đức và bị kết án bởi những giáo chủ được dân chúng tôn sùng. Những giáo chủ này biết rằng một khi vô minh đã được dẹp tắt và sự ngơ ngáo đã bị loại trừ thì uy quyền họ chẳng còn gì nữa"
Một đêm, khi Spinoza đang đi ngoài đường, ông bị một kẻ du đãng tấn công. Spinoza chạy thoát sau khi nhận một nhát dao ở cổ. Nhận thấy rằng đời sống trong thành phố quá nguy hiểm, ông dọn ra ngoại ô và sống trên lầu tại một căn nhà yên tĩnh. Ông đổi tên là Benedict thay vì Baruch. Ông tiếp những bạn thân Thiên chúa giáo thuộc phái Mnémonite. Những người này thích bộ mặt hiền hậu và buồn bã của ông và rất hoan hỉ đàm đạo với ông trong những buổi chiều nhàn rỗi. Spinoza kiếm tiền bằng cách dạy học và sau đó bằng cách mài kiếng. Ông đã học nghệ thuật mài kiếng khi còn ở trong cộng đồng Do-thái vì giáo hội chủ trương mỗi người
nên biết một nghề tay chân. Chẳng những số lợi tức của một văn nhân hay triết gia không đủ nuôi sống, mà sự hành nghề tay chân còn làm cho con người trở nên đạo đức. Những kẻ chuyên chú vào văn chương hoặc triết lý mà không có một nghề tay chân không chóng thì chầy, sẽ trở nên những kẻ mất bình thường, đó là quan niệm của triết gia Gamaliel.
Năm 1660 chủ nhà của Spinoza đổi đi nơi khác gần Leiden và Spinoza cuốn gói theo ông ta. Căn nhà ấy hiện vẫn còn và con đường trước mặt nay là đường Spinoza. Ở đó ông sống yên tĩnh và suy tư rất nhiều. Nhiều khi ông ở lại luôn trong phòng hai hoặc ba ngày liên tiếp không tiếp ai và dùng bữa ngay tại phòng. Mặc dù ông mài kiếng rất giỏi, ông vẫn dành hết thì giờ vào sự nghiên cứu triết lý. Một kẻ đã chứng kiến đời sống của ông đã viết lại như sau: "Ông tính toán sổ sách rất kỹ lưỡng, để làm sao chi tiêu không quá mức lợi tức kiếm được". Ông thường ví mình như con rắn tự cắn cái đuôi nghĩa là cốt làm sao vừa đủ sống. Mặc dù sống thanh đạm, đời sống ông vẫn hạnh phúc. Nhiều người bạn khuyên ông nên từ bỏ sự tìm chân lý, ông trả lời: "Tôi tìm chân lý cũng như người hái trái cây, dù cho những trái cây tôi hái được không có giá trị gì, tôi vẫn cảm thấy sung sướng và sống những ngày vui vẻ yên tĩnh". Người ta cho rằng: "Nếu Napoléon cũng thông minh như Spinoza, có lẽ ông sẽ ở nhà viết sách hơn là dấn thân vào vòng danh lợi".
Người ta mô tả hình dáng Spinoza như sau: "Ông là người tầm thước, mặt mày hiền lành, da ngăm đen, tóc sẫm và quăn, lông mày dài và đen. Mới xem qua ai cũng biết ông thuộc dòng dõi những người Do thái gốc Bồ-đào-nha. Ông không để ý đến áo quần và trông như một người nghèo khổ. Một công chức đến gặp ông, lúc ấy ông đang mặc bộ đồ buổi sáng nhàu nát. Công chức này trách ông không ăn mặc chỉnh tề và biếu ông một bộ quần áo mới. Spinoza trả lời rằng, những vật vô giá trị dù được gói trong gấm vóc quí giá cũng không ích gì. Tuy nhiên cũng có lúc Spinoza viết: "Một lối ăn ở bê bối không đủ để làm cho chúng ta trở thành triết gia, trái lại nó chứng tỏ một tâm hồn nghèo nàn không xứng đáng là nơi chứa đựng chân lý. Khoa học không thể đi đôi với sự bê bối".
Trong 5 năm ở Rhynsburg, Spinoza viết một cuốn sách nhỏ nhan đề Sự tiến triển của tri thức (De Intellectus Emendatione) và một cuốn sách khác nhan đề Sự chứng minh đạo đức bằng phương pháp hình học, cuốn sau được hoàn thành vào năm 1665 nhưng Spinoza để 10 năm không chịu xuất bản. Năm 1668 một tác giả khác là Koerbagh bị kết án 10 năm cấm cố vì đã công bố những tư tưởng giống tư tưởng Spinoza. Sau khi ở tù được 18 tháng ông chết trong ngục. Năm 1675 Spinoza đi Amsterdam và định xuất bản tác phẩm ông. Người ta đồn rằng, chủ ý ông là muốn chứng minh rằng không có thượng đế. Nhiều giáo sĩ nhân cơ hội này đã đệ đơn kiện Spinoza với nhà vua. Những tin đồn này khiến Spinoza không dám xuất bản quyển sách. Năm 1677 nghĩa là khi Spinoza qua đời, cuốn Đạo đức học mới được xuất bản cùng với một tác phẩm về chính trị. Tất cả những tác phẩm đều viết bằng tiếng La-tinh. Năm 1852 người ta tìm thấy một bản thảo nhan đề Luận về Thiên chúa và người, viết bằng tiếng Hoà-lan. Lúc sinh tiền, Spinoza chỉ xuất bản được hai cuốn sách, đó là cuốn Căn bản của triết học Descartes xuất bản năm 1663 và Luận về tôn giáo và quốc gia xuất bản năm 1670. Cuốn này bị giáo hội cấm nhưng nó vẫn được phổ biến một cách lén lút dưới những đầu đề nguỵ trang. Người ta viết rất nhiều sách khác để chống Spinoza, nhiều người cho rằng Spinoza là một kẻ vô thần nguy hiểm. Những cuốn sách chống lại Spinoza được ca tụng như những tác phẩm bất hủ. Thêm vào đó nhiều bạn cũ của Spinoza viết thư khuyên ông nên phản tỉnh. Họ viết như sau: "Ông cho rằng ông đã tìm ra nền triết học đích thực, làm sao ông biết được nền triết học của ông là hơn tất cả các loại triết học từ xưa đến nay và trong tương lai ? Ông đã đọc hết tất cả các nền triết học của cả thế giới từ cổ chí kim chưa ? Và giả sử ông đọc rồi đi nữa, làm sao ông lựa chọn được nền triết học trung thực nhất ? Làm sao ông dám tự cho mình đứng trên tất cả các giáo chủ, các thánh tử đạo, các học giả uyên thâm của giáo hội ? Ông chỉ là một sâu bọ trên quả đất, chỉ là cát bụi, làm sao ông dám đương đầu với những học thuyết bất diệt ? Ông căn cứ vào đâu mà dám tung ra một lý thuyết mơ hồ và thiếu lành mạnh như vậy ? Tại sao ông dám phê phán những sự huyền bí mà chính giáo hội Thiên chúa giáo cũng xem là không thể giải thích ?" Spinoza trả lời như sau: "Những kẻ tự cho mình đã tìm thấy tôn giáo tốt nhất và tin tưởng vào những giáo chủ mà họ cho là vô địch, làm sao những kẻ ấy có thể biết rằng những giáo chủ ấy là vô địch trong quá khứ, trong hiện tại cũng như trong tương lai ? Họ đã nghiên cứu tất cả các tôn giáo trên tất cả các nước, trong tất cả các thời đại chưa ? Và dù cho họ đã nghiên cứu tất cả, làm sao họ biết rằng mình đã chọn được tôn giáo tốt nhất ? ". Chúng ta thấy rằng con người có vẻ hiền lành như Spinoza cũng dám trả lời một cách dứt khoát khi cần. Bên cạnh những lá thư nguyền rủa cũng có nhiều lá thư khuyến khích, những lá thư khuyến khích đáng chú ý nhất là của Henry Oldenburg, bí thư của một nhóm văn học nổi tiếng tại Anh quốc; Von Tschirnhaus, một nhà sáng chế thuộc dòng quý tộc người Đức; Huygens một nhà khoa học Hoà-lan; Leibnitz một danh nhân đã đến thăm Spinoza vào năm 1676; Louis Meyer một bác sĩ Hoà-lan và Simon de Vries một thương gia giàu có ở
Amsterdam. Ông này hâm mộ Spinoza đến nỗi xin Spinoza nhận một số tiền lớn. Spinoza từ chối. De Vries viết một tờ di chúc nguyện hiến dâng tất cả gia tài cho Spinoza, Spinoza từ chối một lần nữa và khuyên De Vries nên để gia tài lại cho người anh. Khi De Vries chết, ông còn cấp cho Spinoza một số tiền hàng năm.
Spinoza không thể từ chối nhưng ông chỉ nhận một số ít. Ông nói: "Nếu sống theo thiên nhiên nhu cầu con người rất ít ỏi". Một người bạn khác có nhiều thế lực cũng đã cung cấp cho Spinoza những món tiền hàng năm. Sau cùng vua Louis 14 của nước Pháp cũng định cấp cho Spinoza một số tiền hàng năm với điều kiện rằng ông phải viết tặng nhà vua một cuốn sách. Spinoza từ chối một cách nhã nhặn.
Để làm vừa lòng các bạn bè và những người ái mộ, Spinoza dọn đến ở ngoại ô La Hague năm 1665 và đến năm 1670 ông dọn vào châu thành. Trong những năm này ông kết bạn rất thân với Jan de Witt. Khi anh em De Witt bị dân chúng sát hại ngoài đường vì bị nghi oan là đã gây nên sự thảm bại của quân đội Hoà-lan trong trận chiến tranh Hoà-Pháp năm 1672, Spinoza rất đau đớn và ông đã mạnh dạn tố cáo những kẻ sát nhân bất chấp những nguy hiểm đang đe doạ. Sau đó công tước De Condé tổng tư lệnh đội viễn chinh Pháp đã mời Spinoza đến tổng hành dinh. Spinoza đã nhận lời mời. Việc này bị xem là một sự phản bội, người ta đã cho rằng Spinoza đã kết thân với quân xâm lược Pháp. Chính người bạn Spinoza cũng sợ rằng dân chúng sẽ đến phá nhà để hỏi tội. Spinoza nói rằng: "Nếu dân chúng đến đây và đe doạ căn nhà này, tôi sẽ đến trước mặt họ và nhận lãnh tất cả các trách nhiệm, nếu có bị giết tôi vẫn cam lòng". Sau khi dân chúng hiểu rằng Spinoza đến gặp De Condé chỉ vì một lý do văn chương triết học, họ không còn làm dữ nữa.
Những biến cố trên cho chúng ta thấy rằng cuộc đời của Spinoza không phải là một cuộc đời hẩm hiu cô độc như nhiều người lầm tưởng. Ông có đủ tiền để tiêu xài, ông có những người bạn quyền thế và tận tâm, ông tham gia những vấn đề chính trị đương thời và nhiều khi đã suýt chết. Ông đã thành công, mặc dù bị khai trừ và cấm đoán. Năm 1673 ông được mời dạy ở Đại học Heidelberg. Người ta hứa với ông rằng ông sẽ được dành một sự tự do rộng rãi trong việc dạy triết học, chỉ xin ông đừng động chạm đến những vấn đề tôn giáo. Spinoza trả lời như sau: "Thưa Ngài, nếu ý nguyện của tôi là giảng dạy trong một viện đại học, thì lẽ tất nhiên tôi sẽ rất hân hạnh để nhận chức vụ giao phó. Hơn nữa Ngài còn có nhã ý cho tôi được hoàn toàn tự do trong việc giảng dạy triết học. Nhưng tôi không hiểu tôi phải làm thế nào để khỏi động chạm đến những giáo điều của quốc gia. Do đó xin Ngài biết cho rằng tôi thực tình không tham muốn gì hơn là thân phận hiện tại của tôi và muốn có sự thanh tịnh như hiện nay, tôi nhận thấy cần phải từ chối chức vụ một giáo sư đại học".
Đến năm 1677 Spinoza mới được 44 tuổi nhưng sức khoẻ của ông có phần sút kém. Ông không được cha mẹ để lại một sức khoẻ dồi dào và nếp sống suốt ngày trong phòng đọc sách không giúp cho ông bồi bổ sức khoẻ. Ông thường cảm thấy khó thở và hai lá phổi của ông càng ngày càng suy yếu. Ông chấp nhận số mệnh một cách can đảm nhưng chỉ sợ rằng ông không còn đủ thì giờ để hoàn thành những tác phẩm hoặc người ta sẽ thiêu huỷ những tác phẩm mà ông đã hoàn thành sau khi ông chết. Ông cất những bản thảo vào một cái rương nhỏ, giao chìa khoá rương cho người chủ nhà và dặn rằng nếu ông chết bất ngờ thì phải giao rương này cho một nhà xuất bản tín cẩn ở Amsterdam.
Một buổi sáng chủ nhật ngày 20.02.1677 người chủ nhà cùng gia đình đi xem lễ, Spinoza cảm thấy khó chịu nhưng ông tin rằng sẽ không đến nỗi nguy hiểm. Chỉ có một người bạn ngồi ở nhà cùng Spinoza. Khi gia đình người chủ nhà trở về thì Spinoza đã chết trong tay người bạn. Rất nhiều người thương tiếc ông, những người tầm thường thương tiếc ông vì tính tình giản dị của ông, những học giả thương tiếc ông vì sự thông thái của ông. Giới trí thức, công chức và dân chúng đi đưa đám ông rất đông, trong đó gồm nhiều người có nhiều tín ngưỡng khác nhau.