Voltaire được mọi người kính nể và thưởng thức tài nghệ của ông. Ngay các giáo sĩ cũng không chống lại ông. Trong tình trạng ấy có lẽ, ông không cần phải tranh đấu nhiều. Khốn thay một vài lạm dụng tôn giáo đã khiến cho Voltaire bất bình và quyết tâm tranh đấu chống áp bức.
Ở Toulouse, cách Ferney không xa, các giáo sĩ Cơ đốc giáo có quyền hành rất lớn và có khuynh hướng độc tài. Họ cương quyết chống lại những người theo đạo Tin lành. Đến ngày kỷ niệm bãi bỏ hiến chương Nantes tức là hiến chương của vua nước Pháp cho người theo đại Tin lành được tự do hành đạo, dân chúng ở Toulouse cùng với các giáo sĩ Cơ đốc giáo tổ chức để ăn mừng. Ngoài ra, họ còn kỷ niệm ăn mừng ngày St. Bartholomy tức là ngày mà giáo phái Tin lành bị giáo phái Cơ đốc sát hại. Không một người Tin lành nào ở Toulouse được quyền hành nghề luật sư, bác sĩ, dược sĩ, bán tạp hoá, bán sách, mở nhà in. Những tín đồ Cơ đốc giáo không được mướn nhân viên hoặc người giúp việc theo phái Tin lành. Năm 1748 một người đàn bà bị phạt 3000 quan vì đã mướn một nữ hộ sinh theo giáo phái Tin lành.
Một người Tin lành tên là Jean Calas có một đứa con gái theo đạo Cơ đốc và một đứa con trai vì buôn bán lỗ lã nên treo cổ tự sát. Ở Toulouse có một đạo luật quy định rằng tất cả những người tự sát vì đi ngược lại giáo điều của Cơ đốc giáo nên phải bị nhục hình trong khi chôn cất. Họ bị lột hết quần áo đặt trên tấm ván, mặt úp xuống đất, thây của họ bị kéo đi khắp đường phố và cuối cùng bị treo lên tại nơi hành hình các tử tội. Chàng thanh niên con của Jean Calas đáng lẽ phải bị đối xử như thế nhưng Jean Calas tìm cách chạy chữa. Ông nhờ bà con hàng xóm chứng nhận rằng con ông chết vì bịnh chớ không phải chết vì tự sát. Ý định của Jean Calas bị hiểu lầm, thay vì giúp đỡ ông ta, người ta lại tố cáo ông đã giết con là vì không muốn con theo Cơ đốc giáo. Calas bị bắt, bị tra tấn và chết trong ngục năm 1761. Gia đình ông bị sạt nghiệp phải chạy qua Ferney ở nhờ Voltaire. Do đó câu chuyện áp bức nầy đến tai Voltaire. Năm 1765, một thanh niên 16 tuổi tên là La Barre bị bắt vì tội phá hoại thánh giá. Y bị tra tấn và phải nhận tội. Hình phạt dành cho y là bị chặt đầu và vất vào đống lửa trước sự hoan hô của đám giáo dân cuồng tín.
Trước những cảnh áp bức như vậy, Voltaire không còn giữ được sự bình tĩnh. Ông chỉ trích gắt gao những văn sĩ, ký giả không biết dùng thiên chức của mình để chống áp bức. Ông nói rằng: „Đây không phải là lúc để trào phúng, văn chương trào phúng không đi đôi với sự giết người. Phải chăng đất nước nầy là đất nước của triết lý và của sự hưởng thụ ? Không, đất nước nầy là đất nước của sự tàn sát Saint Bartholomy“. Những sự bất công tàn bạo làm nổi dậy sự bất bình của Voltaire, ông không còn là một văn nhân, ông trở nên một người đấu tranh tích cực. Ông nêu lên khẩu hiệu „Tất cả phải chống áp bức“ và lôi kéo dân chúng nước Pháp chống lại những tệ trạng do giáo hội gây nên. Ông gởi thơ cho các văn hữu và tất cả các người hâm mộ ông kêi gọi họ đánh đổ bọn cuồng tín gieo rắc mê tín dị đoan với chính sách ngu dân. Không nên để những kẻ tàn bạo cầm quyền.
Giáo hội bắt đầu lo ngại về những hành động của Voltaire. Người ta định mua chuộc ông để khỏi bị ông chỉ trích. Do sự trung gian của bà Pompadour giáo hội muốn phong cho Voltaire làm hồng y nếu ông chịu chấm dứt chiến dịch tuyên truyền chống giáo hội. Lẽ dĩ nhiên Voltaire từ chối vì chức hồng y không nghĩa lý gì đối
với một người mà danh vọng tràn khắp Âu châu.Trong tác phẩm nhan đề Luận về sự ôn hoà trong tôn giáo Voltaire chỉ trích gắt gao những vụ tranh chấp đổ máu vì những điểm hoàn toàn vô nghĩa. Lời khuyên tầm thường: "Hãy tin tưởng như tôi nếu không Chúa sẽ phạt anh" dễ biến thành một lời đe doạ "Phải tin tưởng như tôi, nếu không tôi sẽ giết anh". Voltaire hỏi:" Làm sao có thể bắt một người khác phải tin tưởng như mình ? Sự cuồng tín hợp lực với mê tín dị đoan và dốt nát là căn bịnh trầm trọng của thế kỷ". Nếu con người không biết sống chung mặc dù bất đồng ý kiến về các vấn đề tôn giáo, chính trị, triết lý thì không bao giờ tìm được nền hoà bình vĩnh cửu trên trái đất này. Công việc đầu tiên là chống tổ chức đàn áp do những kẻ dựa vào thế lực tôn giáo và chính trị.
Tác phẩm Luận về sự ôn hoà trong tôn giáo được nối tiếp bằng nhiều bài báo, văn thư, truyện ngắn, thơ ngụ ngôn, tiểu luận dưới bút hiệu Voltaire hoặc nhiều bút hiệu khác để đả kích các tệ đoan do sự cuồng tín gây nên. Các nhà phê bình đời sau cho rằng trong lịch sử chưa bao giờ có một cá nhân làm nổi công việc sáng tác phong phú để đả kích một tệ đoan xã hội như Voltaire đã làm. Mặc dù viết rất nhiều, văn chương của Voltaire luôn luôn trong sáng, bình dị, thích hợp với tất cả mọi giới. 300.000 cuốn sách của Voltaire đả kích giáo hội đã được bán ra. So với số đọc giả ít oi của thời đại ấy thì con số trên là một kỷ lục hiếm có. Voltaire cho rằng những nghi lễ và giáo điều của Thiên chúa giáo không khác gì những nghi lễ hoặc những giáo điều dưới thời cổ Hy Lạp, Ai cập hoặc Ấn độ. Voltaire phê bình một cách hóm hỉnh rằng :" Thiên chúa giáo phải là một tôn giáo thiêng liêng vì nó đã sống nổi 1700 năm mặc dù tất cả những sự xấu xa và vô lý của nó". Ông còn chứng minh rằng hầu hết các dân tộc khác cũng có những lối tín ngưỡng na ná giống như Thiên chúa giáo. Ông không đả kích tôn giáo mà chỉ đả kích mê tín dị đoan. Ông nói rằng :" Không phải dân chúng đã tạo nên giáo phái nầy hoặc giáo phái khác mà chính những kẻ ăn không ngồi rồi cố tạo nên chia rẽ để hưởng lợi, những kẻ ấy muốn dân chúng phải sợ thần linh và họ núp bóng thần linh để tác oai tác quái". Mặt khác Voltaire cũng đả kích rất nặng nề những kẻ theo thuyết vô thần. Ông nói rằng : "Tôi phải công nhận có một đấng tối cao, nhưng con người không làm sao hiểu nổi đấng tối cao là ai và ý định của đấng tối cao là gì ? Phủ nhận đấng tối cao cũng là một hành động điên rồ, không khác gì quả quyết hiểu rõ cá nhân và ý định của đấng tối cao". Voltaire chỉ trích lối tin tưởng có tính cách cá nhân cho rằng Thiên chúa có thể can thiệp vào những việc riêng của những cá nhân. Ông nói rằng: "Tôi tin vào một đấng tối cao tổng quát đã tạo nên những định luật muôn đời chi phối toàn thể vũ trụ nhưng tôi không tin vào một Thiên chúa riêng biệt sẵn sàng thay đổi định luật của vũ trụ để làm vừa lòng một cá nhân. Sự cầu nguyện chân chính không phải là xin thay đổi định luật thiên nhiên để có lợi cho mình mà là chấp nhận định luật ấy, coi đó như là ý muốn của Thiên chúa".
Voltaire không tin sự hiện hữu của linh hồn. Ông nói rằng :"Dù có viết 4000 cuốn sách về siêu hình người ta cũng không làm sao biết rằng linh hồn là gì ? Không ai gán một linh hồn bất diệt cho con ruồi, con voi hoặc con khỉ. Tại sao lại gán một linh hồn cho con người ? Cái đó chắc chắn là do ở tánh kiêu căng mà ra. Tôi tin tưởng rằng nếu con công biết nói nó sẽ khoe khoang rằng nó cũng có một linh hồn và đoan chắc rằng linh hồn ấy nằm sau cái đuôi lộng lẫy của nó".
Mặc dù không tin linh hồn bất diệt, Voltaire cho rằng cần phải để cho dân chúng tin tưởng vào sự thưởng phạt của thần linh. Voltaire nói rằng:"Một xã hội vô thần chỉ có thể tồn tại nếu tất cả đều là triết gia. Tôi muốn ông luật sư của tôi, ông thợ may của tôi hoặc vợ tôi (sự thật là Voltaire không có vợ !) tin tưởng vào Thiên chúa, có như vậy họ mới không lường gạt tôi. Nếu Thiên chúa không có, cần phải tạo ra một Thiên chúa. Tôi bắt đầu chú trọng đến hạnh phúc gần gũi nhiều hơn đến chân lý xa vời. Trong một bức thư gởi cho Holbach, Voltaire nói rằng :"Sự tin tưởng vào Thiên chúa làm cho con người không dám phạm tội. Chỉ một lý do ấy cũng rất đầy đủ. Nếu một tín ngưỡng có thể bớt được cho nhân loại mười vụ ám sát, mười vụ vu cáo, tôi tưởng rằng mọi người nên theo tín ngưỡng ấy. Những tệ đoan do tôn giáo tạo nên, sự thật là do mê tín chứ không phải là tôn giáo. Mê tín quấn lấy tôn giáo không khác gì con rắn độc, cần phải giết con rắn độc mà không làm phương hại đến tôn giáo.