Hai tác phẩm về Nguyên tắc tâm lý học (1873) là những dây nối yếu ớt nhất trong sợi dây xích của Spencer. Trước đấy ông đã có một tác phẩm về đề tài này (1855) bênh vực với sự hăng hái trẻ trung thuyết duy vật và thuyết tất định; nhưng về sau ông đã duyệt lại tác phẩm ấy thành một hình thức ôn hoà hơn và đệm thêm hàng trăm trang phân tích công phu những không rọi sáng gì thêm. Ở đây, còn hơn ở chỗ khác, Spencer tỏ ra dồi dào về lý thuyết nhưng sút kém về chứng cứ. Ông có một lý thuyết về nguồn gốc của thần kinh do từ màng tế bào liên kết; một lý thuyết về căn nguyên của bản năng do sự phối hợp những phản xạ và sự lan truyền những tính cách tập thành; một lý thuyết về khởi thuỷ của những phạm trù tâm thức do kinh nghiệm của giống nòi; một lý thuyết về "duy thực biến dạng" (Spencer muốn nói rằng mặc dù những đối tượng kinh nghiệm rất có thể bị biến dạng qua tri giác, chúng ta vẫn có một thực hữu vốn không hoàn toàn lệ thuộc vào sự tri giác (II, 494); và một trăm lý thuyết khác, tất cả đều có cái năng lực "làm thành khó hiểu" của siêu hình học hơn là đức tính giải minh của một nền tâm lý học thực tiễn. Trong những tác phẩm này, chúng ta giã từ Anh quốc duy thực và đi "trở về Kant".
tiến hoá nhất định, một cố gắng giải thích căn nguyên, một nỗ lực truy tầm từ những phức tạp rối ren của tư tưởng xuống đến vận hành đơn giản nhất của thần kinh, và cuối cùng đến những chuyển động của vật chất . Thật ra nỗ lực này thất bại, nhưng có ai đã từng thành công trong một nỗ lực như thế ? Spencer khởi hành với một chương trình vĩ đại mong vén bức màn bí mật về những quá trình theo đó ý thức đã tiến lên; song rốt cùng ông bị buộc lòng phải đặt ý thức ở khắp nơi (Tự thuật, tr. 549), để thăng tiến nó. Ông nhấn mạnh rằng đã có một sự tiến hoá liên tục từ tinh vân cho đến tâm thức, và cuối cùng thú nhận rằng vật chất chỉ được biết qua tâm thức. Có lẽ những đoạn ý nghĩa nhất trong những cuốn này là những đoạn trong đó triết học duy vật bị bỏ rơi.
"Có thể nào biểu hiện trong tâm thức sự dao động của một phân tử bên cạnh một cơn kích động thần kinh và cả hai hiện tượng được xem như một hay không ? Không một nỗ lực nào có thể giúp ta đồng hoá chúng được. Sự kiện rằng một đơn vị cảm giác không liên can gì đến một đơn vị chuyển động, trở thành rõ rệt hơn bao giờ hết khi chúng ta đặt hai cái kề nhau. Và bản án ấy của ý thức có thể được biện minh bằng phân tích...; vì ta có thể chứng minh rằng khái niệm về một phân tử dao động là do nhiều đơn vị cảm giác tạo thành" (Có nghĩa rằng tri thức của ta về vật chất được tạo thành do những đơn vị tâm thức - cảm giác, ký ức, tư tưởng )... "Nếu chúng ta bị bắt buộc phải chọn lựa giữa hai trường hợp : hoặc giải thích hiện tượng tâm lý bằng hiện tượng vật lý, hoặc giải thích hiện tượng vật lý bằng hiện tượng tâm lý, - thì trường hợp thứ hai hình như dễ chấp nhận hơn" (Nguyên tắc tâm lý học, NY. 1910, i, 158-9).
Dù sao, vẫn có một sự tiến hoá của tâm thức; một sự phát triển của những cách thế phản ứng từ đơn sơ đến kép rồi phức tạp, từ phản xạ đến hướng động rồi bản năng, qua ký ức và tưởng tượng đến trí năng và lý trí. Đối với người đọc trôi được suốt 1400 trang phân tích sinh lý và tâm lý này, y sẽ cảm nghiệm một ý thức tràn trề về sự liên tục của sự sống và tâm thức; y sẽ thấy như trên một phim ảnh quay chậm, sự thành hình của thần kinh, sự phát triển của những phản xạ thích ứng và những bản năng, thấy sự sản xuất ra ý thức và tư tưởng qua sự va chạm của những động lực xung đột nhau: "Trí thông minh không có những cấp bực riêng biệt rõ ràng, nó cũng không phải được cấu tạo bởi những khả năng thực sự độc lập, mà những biểu hiện cao nhất của nó là những kết quả của một phức tính phát sinh từ những yếu tố đơn giản nhất" (I, 388). Kant có khe hở giữa bản năng và lý trí; mỗi cái là một sự thích ứng giữa những tương quan nội tại với những tương quan ngoại giới, và dị biệt độc nhất là dị biệt về cường độ, nghĩa là những tương quan do bản năng ứng phó thì tương đối giống nhau và đơn giản, còn những tương quan do lý trí đương đầu thì tương đối mới mẻ và phức tạp. Một hành động thuần lý chỉ là một ứng phó bản năng đã sống sót trong một cuộc tranh đấu với những ứng phó bản năng khác do hoàn cảnh thúc đẩy; "suy xét cân nhắc" chỉ là cuộc hỗn chiến tương sát giữa những động lực đối nghịch nhau (I, 453 - 5). Tự căn để, lý trí và bản năng, tâm thức và sự sống, chỉ là một.
Ý chí là một từ ngữ trừu tượng chúng ta đặt cho toàn thể những động lực đang hoạt động của ta, và một ý muốn là sự tuôn chảy tự nhiên của một ý tưởng vào hành động. Một ý tưởng là giai đoạn đầu của một hành động bản năng, và sự diễn đạt cảm xúc là một tiền đề hữu ích cho sự ứng phó được hoàn tất. Sự nghiến răng trong cơn giận ám chỉ rất nhiều đến sự xé xác kẻ thù ra từng mảnh, việc ấy thường là kết thúc tự nhiên của một khởi đầu như thế (I, 482). "Những hình thái của tư tưởng như tri giác về không gian và thời gian, hay những ý niệm về số lượng và nguyên nhân, mà Kant cho là bẩm sinh, thật ra chỉ là những lối tư duy theo bản năng; và bởi vì bản năng là thói quen do nòi giống tập thành nhưng lại bẩm sinh nơi cá thể, nên những phạm trù này là những thói quen tinh thần đã được tập thành dần dần qua dòng tiến hoá, và bây giờ trở thành một phần trong di sản tri thức của chúng ta. Tất cả những bí ẩn lâu đời này của tâm lý học đều có thể được giải thích bằng "sự thừa hưởng những biến thái không ngừng tích tụ thêm" (I, 491). Dĩ nhiên chỉ vì một giả thuyết vơ đũa cả nắm này mà khiến cho phần khá lớn của những pho sách công phu kia trở thành khả nghi, và có lẽ thành vô hiệu.