ðể nghiên cứu cụ thể hơn mức độ biến đổi thành phần nucleotide của gen GP5 và thành phần amino acid do gen đĩ mã hố ở chủng TX196 và TXMT1, chúng tơi chọn lựa một số chủng virus PRRS đại diện đã được phân lập trước đây, gồm các chủng PRRS phân lập ở Trung Quốc và Bắc Mỹ và một số chủng châu Á khác (Bảng 2.4) cĩ đặc tính thích ứng gây bệnh trên lợn.
Trường ðại học Nơng nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nơng nghiệp ………60 Kết quả được lựa chọn và so sánh bằng chương trình GENEDOC2.5, thể hiện ở Hình 3.7. A. GP5-NUCLEOTIDE * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120 TX196-VN : ATGTTGGGGAAGTGCTTGACCGCGTGCTGTTGCTCGCGATTGCTTTTTTTGTGGTGTATCGTGCCGTTCTATCTTGCTGTGCTCGTCAACGCCAGCAACAACAACAGCTCTCATATTCAGTT : 122 TXMT1-VN : ... : 122 07QN-VN : ...C... : 122 07NM-CN : ... : 122 GD-CN : ... : 122 HUB1-CN : ... : 122 HUB2-CN : ... : 122 HEN13-CN : ... : 122 HUN4-CN : ... : 122 JSyx-CN : ... : 122 JXA1-CN : ... : 122 NX06-CN : ... : 122 BQ-CN : ...C... : 122 YN02-CN : ...A...A...C...C... : 122 S1-CN : ...A...A...GA...A...C...G.T...C...G...G...C...C.A...C. : 122 PRRSV01-CN : ...A...A...GA...A...C...G.T...C...G...G...C...C.A...C. : 122 Fuzhou-CN : ...A...A...G...A...C...G.T...C...C...G...G...C...C.A...C. : 122 CH1a-CN : ...A...A..G...C...G.T...A..G...G...T... : 122 07NP4-TL : ...A...G...C...C...T.T...A...C..G...T... : 122 LMY-KR : ...A...G...A...CT.G.T...T..C.A...G...A...G..G...AA..T.A...C. : 122 MLV-USA : ...A...A...G...A...C...G.T...C...G...G...C...C.A...C. : 122 MLVvac-USA : ...A...A...G...A...C...G.T...C...G...G...C...C.A...C. : 122 PrimePac-U : ...A...G.T..C...C...T...G.T...T...G..G...T.A... : 122 VR2332-ATC : ...A...A...G...C...G.T...C...G...G...C...C.A...C. : 122 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * 240 TX196-VN : GATTTATAACTTAACGCTATGTGAGCTGAATGGCACAGATTGGCTGGCACAAAAATTTGACTGGGCAGTGGAGACTTTTGTCATCTTCCCCGTGTTGACTCACATTGTTTCCTATGGGGCAC : 244 TXMT1-VN : ... : 244 07QN-VN : ...T... : 244 07NM-CN : ... : 244 GD-CN : ...A... : 244 HUB1-CN : ... : 244 HUB2-CN : ... : 244 HEN13-CN : ... : 244 HUN4-CN : ... : 244 JSyx-CN : ... : 244 JXA1-CN : ... : 244 NX06-CN : ... : 244 BQ-CN : ... : 244 YN02-CN : ...T... : 244 S1-CN : ...C...G...A..TA.C...T...G...T...T...C...T..C. : 244 PRRSV01-CN : ...C...G...A..TA.C...T...G...T...T...C...T..C. : 244 Fuzhou-CN : ...C...G...A..TA.C...T...G...T...T...C...T..C. : 244 CH1a-CN : ...G...TA.C...T... : 244 07NP4-TL : ...G...C...T..GA...A..TA.C...T...G...T..T..T..AC.A...CA...T..T. : 244 LMY-KR : ...C...G...A..TA.C.G...G...TG...T..T..T..T..A...C..T...T..C. : 244 MLV-USA : ...C...G...A..TA.C...T...G...T...T...C...T..C. : 244 MLVvac-USA : ...C...G...A..TA.C...T...G...T...T...C...T..C. : 244 PrimePac-U : ...G...T...TA.T...T...G...T..T...C...C...T.... : 244 VR2332-ATC : ...C...G...A..TA.C...T...G...T...T...C...T..C. : 244 * 260 * 280 * 300 * 320 * 340 * 360 TX196-VN : TCACCACCAGCCATTTCCTTGACACAGTTGGTCTGGCCACTGTGTCCACCGCCGGATATTATCACGGGCGGTATGTCTTGAGTAGCATTTACGCAGTCTGTGCTCTGGCTGCGCTGATTTGC : 366 TXMT1-VN : ...T...C... : 366 07QN-VN : ... : 366 07NM-CN : ... : 366 GD-CN : ... : 366 HUB1-CN : ... : 366 HUB2-CN : ... : 366 HEN13-CN : ... : 366 HUN4-CN : ... : 366 JSyx-CN : ... : 366 JXA1-CN : ... : 366 NX06-CN : ... : 366 BQ-CN : ... : 366 YN02-CN : ... : 366 S1-CN : ....T..T...C.C.T.A.T...T...G.T.GT...C.A...C...G...C...T...C.... : 366 PRRSV01-CN : ....T..T...C.C.T.A.T...T...G.T.GT...C.A...C...G...C...T...C.... : 366 Fuzhou-CN : ....T..T...C.C.T.A.T...T...G.T.GT...C.A...C...G...C...T...C.... : 366 CH1a-CN : ...T...G.T...C...G...T... : 366 07NP4-TL : ...A...C..C....TT.T...T.T..G...C...T..G.C... : 366 LMY-KR : .A...T...C...C...T...T...T...T.GT...T...G...C...T... : 366 MLV-USA : ....T...C.C.T.A.T...T...G.T.GT...C.A...C...G...C...T...C.... : 366 MLVvac-USA : ....T...C.C.T.A.T...T...G.T.GT...C.A...C...G...C...T...C.... : 366 PrimePac-U : .A...C...TT...T...G.T...T...C...C...G...C...T.A... : 366 VR2332-ATC : ....T...C.C.T.A.T...T...G.T.GT...C.A...C...G...C...T...C.... : 366
Trường ðại học Nơng nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nơng nghiệp ………61 * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * 480 TX196-VN : TTTGTCATTAGGCTTGCGAAGAACTGCATGTCCTGGCGCTACTCTTGTACCAGATATACCAACTTCCTTTTGGACACTAAAGGCAGACTCTATCGTTGGCGGTCGCCCGTCATTGTGGAGAA : 488 TXMT1-VN : ...C...G... : 488 07QN-VN : C...C...G...A... : 488 07NM-CN : ...C...G... : 488 GD-CN : ...C...G... : 488 HUB1-CN : ... : 488 HUB2-CN : ... : 488 HEN13-CN : ...C...G... : 488 HUN4-CN : ...C...G... : 488 JSyx-CN : ...C...G... : 488 JXA1-CN : ...C...G... : 488 NX06-CN : ...C...G... : 488 BQ-CN : ...C...G...A... : 488 YN02-CN : ...C...G...A... : 488 S1-CN : ..C...T....A...T...G.G...T...C...G...G...T...CA.A... : 488 PRRSV01-CN : ..C...T....A...T...G.G...T...C...G...G...T...CA.A... : 488 YN02-CN : ...C...G...A... : 488 Fuzhou-CN : ..C...T....A...T...G.G...T...C...G...G...T...CA.A... : 488 CH1a-CN : ..C...C...G...T...A... : 488 07NP4-TL : ..C...T.G...A...T...C...G....A...A...T...CA.A... : 488 LMY-KR : ..C...T...A...T...C.A..T..C..G...C...T...A.A... : 488 MLV-USA : ..C...T....A...T...G.G...T...C...G...G...T...CA.A... : 488 MLVvac-USA : ..C...T....A...T...G.G...T...C...G...G...T...CA.A... : 488 PrimePac-U : ..C...T.G...T...A..C...C...T...C...G...T...CA.A... : 488 VR2332-ATC : ..C...T....A...T...G.G...T...C...G...T...CA.A... : 488 * 500 * 520 * 540 * 560 * 580 * 600 TX196-VN : AGGGGGTAAGGTTGAGGTCGAAGGTCACCTGATCGACCTCAAGAGAGTTGTGCTTGATGGTTCCGCGGCAACCCCTTTAACCAGAGTTTCAGCGGAACAATGGGGTCGTCTCTAG : 603 TXMT1-VN : ... : 603 07QN-VN : ...T...G... : 603 07NM-CN : ... : 603 GD-CN : ... : 603 HUB1-CN : ... : 603 HUB2-CN : ... : 603 HEN13-CN : ... : 603 HUN4-CN : ... : 603 JSyx-CN : ... : 603 JXA1-CN : ...T... : 603 NX06-CN : ... : 603 BQ-CN : ... : 603 YN02-CN : ... : 603 S1-CN : .A....C..A...T...A...T...A...CT... : 603 PRRSV01-CN : .A....C..A...T...A...T...A...CT... : 603 Fuzhou-CN : .A....C..A...T...A...T...A...CT... : 603 CH1a-CN : ...G...A...T... : 603 07NP4-TL : ...C.GA...G..A...T..C...T..A...A...C.... : 603 LMY-KR : .A....C..A...G...A..A...C...A...C...G...A..CT... : 603 MLV-USA : .A....C..A...T...A...T...A...CT... : 603 MLVvac-USA : .A....C..A...T...A...T...A...CT... : 603 PrimePac-U : ...A...A.C..T...A...G...C.... : 603 VR2332-ATC : .A....C..A...T...A...T...A...CT... : 603 Hình 3.7. So sánh thành phần nucleotide 603 bp chuỗi gen GP5 của virus
gây Hội chứng sinh sản và hơ hấp (PRRSV) ở lợn phân lập tại Việt Nam với một số chủng của thế giới
Ghi chú: Sai khác trình tự của các chủng PRRSV so với chủng TX196-VN (Việt Nam) biểu thị bằng chính ký hiệu nucleotide; dấu (.) biểu thị giống với nucleotide của chủng TX196-VN; ký hiệu các chủng được liệt kê ở Bảng 2.4
Kết quả so sánh trên Hình 3.7 về thành phần nucleotide của hai gen GP5 chủng TX196 và TXMT1 chúng tơi nghiên cứu với gen tương ứng của các chủng PRRS trên thế giới được lựa chọn so sánh, thấy rằng:
- Hai đoạn gen GP5 chủng TX196 và TXMT1 cĩ cùng độ dài là 603 bp với các chủng phân lập từ Trung Quốc và chủng Bắc Mỹ.
- Kết quả cho thấy cĩ tất cả 145 vị trí sai khác về nucleotide giữa 24 chủng so sánh. ðiều đặc biệt là các chủng của Trung Quốc và Việt Nam mới phát hiện và phân lập gần đây (14 chủng: từ 1-14 ở Hình 3.7, là các chủng thuộc nhĩm cĩ độc lực cao, gây chết lợn với tỷ lệ rất cao [29], chỉ cĩ 14 vị trí
Trường ðại học Nơng nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nơng nghiệp ………62
sai khác về nucleotide so với các chủng được phát hiện và phân lập trước đĩ (10 chủng) cĩ tới 125 vị trí sai khác (Hình 3.7). Như vậy, trong các chủng so sánh ở nghiên cứu này, cĩ thể phân các chủng thành hai nhĩm, nhĩm cổ điển (nhĩm cũ) cĩ độc lực thấp, gồm các chủng: S1-CN, PRRSV01-CN, Fuzhou- CN, CH1a-CN, 07NP4-TL, LMY-KR, MLV-USA, MLVvac-USA, PrimePac(a)-USA, VR2332-ATCC; và nhĩm độc lực cao (nhĩm mới), gồm các chủng: TX196-VN, TXMT1-VN, 07QN-VN, 07NM-CN, GD-CN, HUB1-CN, HUB2-CN, HEN13-CN, HUN4-CN, Jsyx-CN, JXA1-CN, NX06- CN, BQ-CN, YN02-CN. Hai chủng trong nghiên cứu của chúng tơi phân lập tại Hải Dương và một tỉnh miền Trung năm 2007, nằm trong nhĩm mới cĩ
độc lực cao.
- Trình tự gen GP5 của chủng TX196 cĩ 4 sai khác về thành phần nucleotide so với TXMT1 ở các vị trí: 255 (C ↔ T), 327 (T↔C), 436 (T↔C), 447 (A ↔ G).
- Gen GP5 của hai chủng chúng tơi nghiên cứu cĩ sự sai khác rất ít so với một số chủng Trung Quốc và một chủng Việt Nam phân lập gần đây.
+ So với chủng 07QN-VN (Việt Nam) thì TXMT1 cĩ 6 sự sai khác
ở các vị trí 87 (T ↔ C), 183 (C ↔ T), 367 (T ↔ C), 471 (G ↔ A), 528 (C ↔
T), 579 (A ↔ G); TX196 cĩ 8 vị trí sai khác, ngồi 6 vị trí trên cịn thêm 2 vị
trí: 436 (T ↔ C) và 447 (A ↔ G).
+ So với 11 chủng cĩ độc lực cao khác thì gen GP5 của TX196 cĩ 10 vị trí sai khác: 8 (G ↔ A) (YN02-CN), 12 (G ↔ A) (YN02-CN), 87 (T ↔
C) (BQ-CN, YN02-CN), 103 (A ↔ C) (YN02-CN), 147 (G ↔ A) (GD-CN), 204 (C ↔ T) (YN02-CN), 436 (T ↔ C) và 447 (A ↔ G) (ở hầu hết các chủng), 471 (G ↔ A) (BQ-CN, YN02-CN), 587 (A ↔ T) (JXA1-CN); TXMT1 cĩ 8 vị trí sai khác: 8 (G ↔ A) (YN02-CN), 12 (G ↔ A) (YN02-
Trường ðại học Nơng nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nơng nghiệp ………63
CN), 87 (T ↔ C) (BQ-CN, YN02-CN), 103 (A ↔ C) (YN02-CN), 147 (G ↔
A) (GD-CN), 204 (C ↔ T) (YN02-CN), 471 (G ↔ A) (BQ-CN, YN02-CN), 587 (A ↔ T) (JXA1-CN).
+ ðặc biệt, chủng TX196 khơng cĩ sự sai khác nào về nucleotide so với hai chủng của Trung Quốc là: HUB1-CN và HUB2-CN (Hình 3.7).
Ngồi ra, trong các chủng so sánh cĩ hai chủng của châu Á khác đĩ là: 07NP4-TL (Thái Lan) và LMY-KR (Hàn Quốc), hai chủng này tuy cùng ở
các nước châu Á nhưng cĩ sự sai khác khá nhiều so với các chủng chúng tơi nghiên cứu.
Qua đĩ cho thấy, sự sai khác nucleotide của gen GP5 ở hai chủng nghiên cứu: TX196, TXMT1 và một chủng của Việt Nam đã đăng ký trên Ngân hàng gen là: 07QN-VN so với các chủng Trung Quốc là rất thấp, điều này chứng tỏ
các chủng trên của Việt Nam rất cĩ thể cĩ nguồn gốc từ Trung Quốc.
- ðối với chủng VR2332 thuộc dịng Bắc Mỹ, cĩ đến 66 sự sai khác so với chủng TX196 và 64 sự sai khác so với TXMT1. Như vậy, cùng với các chủng của Trung Quốc và chủng 07QN-VN (Việt Nam), chủng TX196 và TXMT1 của Việt Nam cĩ mức độ thay đổi rất cao so với chủng VR2332 - đại diện đặc trưng PRRSV của dịng Bắc Mỹ. ðiều này phù hợp với nhận xét của các tác giả Trung Quốc khi phân tích gen và độc lực gây bệnh của PRRS xuất hiện năm 2006-2007 tại Trung Quốc [62]; [64]; [29].
Trong nhĩm lựa chọn so sánh, cĩ một chủng vaccine của Mỹ
(MLVvac-USA), chủng này cĩ sự sai khác lớn so với hai chủng TX196 và TXMT1 (của Việt Nam) cũng như các chủng cĩ độc lực cao khác, nhưng so với chủng VR2332 (thuộc nhĩm độc lực thấp), lại cĩ sự sai khác rất ít, chỉ với 1 vị trí 38 (G ↔ A). (Hình 3.7).
Như vậy, về thành phần nucleotide, gen GP5 (ORF5) của hai chủng TX196 và TXMT1 phân lập tại Việt Nam cĩ sự sai khác rất ít với gen tương
Trường ðại học Nơng nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nơng nghiệp ………64
gen tương ứng của chủng VR2332 (Bắc Mỹ) sự sai khác khơng lớn, trong khoảng cho phép của các chủng cùng genotype [29].