Mặc dù sau khi có luật hoạt động giám sát, việc thực hiện và xây dựng chương trình giám sát hằng năm của Quốc hội đã được tiến hành chặt chẽ và nề nếp hơn nhưng tính khoa học vẫn còn nhiều hạn chế, xu hướng ôm đồm, dồn nhiều nội dung giám sát trong một thời gian có hạn đã làm hạn chế hiệu quả của hoạt động này. Nội dung và số lượng các cuộc giám sát mặc dù đã được đưa vào chương trình, kế hoạh hằng năm nhiều hơn hẳn so với trước nhưng vẫn còn ít và chưa cân đối so với hoạt động lập pháp, nhiều lĩnh vực giám sát còn chưa sâu, chưa thường xuyên( như giám sát ngân sách…) Một số nội dung rất quan trọng như việc quản lý, sử dụng ngân sách, công tác cải cách hành chính chưa được tập trung giám sát có hiệu quả. Các nội dung giám sát lớn, quan trọng chưa có sự phân bố đồng đều mà còn tập trung nhiều vào một số Uỷ ban. Công tác chỉ đạo, điều hoà, phối hợp hoạt động của Hội đồng dân tộc, các Uỷ ban của Quốc hội trong hoạt động giám sát chưa được tiến hành thường xuyên và hiệu quả còn hạn chế; chưa phát huy được sức mạnh tổng thể. Giám sát việc ban hành văn bản hướng dẫn thi hành luật, pháp lệnh chưa làm được nhiều và thường xuyên, giám sát việc giải quyết đơn thư khiếu nại tố cáo của công dân vẫn còn lung túng, hiệu quả chưa cao.
Việc xét báo cáo của Chính phủ còn mang tính hình thức, chưa có đánh giá cụ thể về hoạt động của các cơ quan Chính phủ hoặc chế tài đối với những hoạt động chưa hiệu quả của cơ quan này. Mặc dù thời gian qua. Quốc hội đã có quyết định bãi miễn, kỷ luật một số quan chức chính phủ nhưng vẫn còn nhiều hành vi vi phạm pháp luật chưa được đấu tranh, ngăn chặn và xử lý kịp thời, chưa đáp ứng được yêu cầu và nguyện vọng của nhân dân. Một số nội dung lớn đã được giám sát, đã có Nghị quyết của Quốc hội nhưng chưa có điều kiện để xem xét kỹ việc thực hiện. Đánh giá sự chuyển
biên thực tế sau giám sát do vậy không mang lại hiệu quả thiết thực, không xác định được tác động đối với đời sống xã hội.
Bên cạnh đó một số quy trình, thủ tục giám sát chưa được thực hiện đầy đủ. Từ thực tế triển khai hoạt động giám sát, xét trên gó độ phương thức, quy trình giám sát có thể nhận thấy một số hạn chế cơ bản sau: Việc lựa chọn phương thức giám sát đôi khi còn lung túng, việc áp dụng các hình thức giám sát còn chưa linh hoạt và hiệu quả. Nhiều cuộc giám sát mới dừng lại ở việc nghe báo cáo, nắm tình hình nên hiệu quả chưa cao, mới chỉ dừng ở mức độ khảo sát. Một số hoạt động giám sát còn thiếu sự phối hợp chặt chẽ giữa các cơ quan của Quốc hội; sự phối hợp giám sát giữa cơ quan của Quốc hội với các đoàn đại biểu Quốc hội, các đại biểu Quốc hội ở địa phương và Hội đồng nhân dân chưa được thống nhất và thường xuyên.