Nhóm tác giả của giả thiết này nhận định rằng dạng t−ơng tác giữa các gen khác locus gây nên hiệu quả −u thế về thể hiện tính trạng ở con lai F1 so với bố mẹ nh− theo mô hình AA bb x aa BB → Aa Bb trong t−ơng tác gen khác locus, hoạt động của gen này có thể bị phụ thuộc vào gen kia. Tr−ờng
hợp một gen ở trạng thái lặn có thể gây ức chế thể hiện kiểu hình của các gen khác. Gen lặn này tồn tại ở bố mẹ, song ở con lai F1 nó đ−ợc “lấp trống” bởi gen trội, do đó hiệu quả ức chế không xảy ra. Kết quả là thể hiện của tính trạng ở F1 có −u thế hơn so với bố mẹ. Sự biểu hiện kiểu hình của tính trạng có thể do hiệu quả tác động của gen chính (gen chủ) phối hợp với tác động của một loạt gen phụ (gen biến hiệu, gen điều chỉnh). ở con lai F1 có thể thu đ−ợc các tổ hợp đổi mới giữa gen chủ với gen điều chỉnh có hiệu quả cao hơn trong sự thể hiện kiểu hình của tính trạng so với bố mẹ. Sau khi phân tích tổng hợp các kiểu t−ơng tác của các alen cùng locus và khác locus, đã cho phép nhận định có hai kiểu tác động theo chiều đồng và theo chiều đối của các alen. Những tác động có hình ảnh khái niệm về các mối cân bằng di truyền. Tính chất cân bằng nói lên một cấu trúc di truyền nào đó thể hiện tính thích ứng tốt với điều kiện môi tr−ờng. Ng−ợc lại, một kiến trúc kém (không) cân bằng khi tổ hợp các alen của kiểu gen kém ổn định, kém cân đối trong quá trình phát triển của các tính trạng dẫn tới kiểu gen kém thích ứng (Nguyễn Hồng Minh,1999)[10]