BHXH Việt Nam được thành lập theo Nghị định 19/CP ngày 16/02/1995 của Chính Phủ và ngày 26/09/1995 Chính phủ ra Quyết định số 606/TTg ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của BHXH Việt Nam. Theo đó, BHXH Việt Nam là cơ quan sự nghiệp thuộc Chính phủ chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Thủ tướng Chính phủ, chịu sự quản lý nhà nước của Bộ LĐTB&XH về BHXH, của Bộ Y tế về BHYT, của Bộ Tài chính về chế độ tài chính đối với các quỹ BHXH, BHYT [13]. Bộ máy quản lý của BHXH Việt Nam cũng được tổ chức theo ba cấp: Bảo hiểm xã hội Việt Nam là đơn vị dự toán cấp 1; BHXH các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi là BHXH tỉnh), văn phòng BHXH Việt Nam, Trung tâm nghiên cứu khoa học, Trung tâm đào tạo và bồi dưỡng nghiệp vụ BHXH, Trung tâm thông tin, Đại diện BHXH Việt Nam tại thành phố Hồ Chí Minh, Tạp chí BHXH, Báo BHXH là các đơn vị dự toán cấp 2; BHXH các quận huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh (sau đây gọi là BHXH huyện) là đơn vị dự toán cấp 3.
hạch toán kế toán, báo cáo quyết toán hoạt động tài chính của từng đơn vị đồng thời thực hiện hạch toán kế toán tập trung tại BHXH Việt Nam.
Từ năm 1998 đến 2002 hệ thống BHYT Việt Nam cũng được tổ chức tương tự hệ thống BHXH Việt Nam. Thực hiện chủ trương sắp xếp lại hệ thống tổ chức BHXH Việt Nam Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định 20/2002/QĐ-TTG về việc chuyển BHYT Việt Nam sang BHXH Việt Nam. Ngày 6/12/2002, Chính phủ ban hành nghị định số 100/2002/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của BHXH Việt Nam. Thực hiện các quy định trong hai văn bản đó, ở nước ta đã hình thành một hệ thống tổ chức thống nhất từ trung ương đến địa phương để thực hiện quản lý tập trung thống nhất các chế độ, chính sách BHXH. Luật BHXH ra đời năm 2006 có bổ sung thêm một số loại hình BHXH nên mới đây Chính phủ đã ban hành Nghị định 94/2008/NĐ-CP ngày 22/8/2008 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của BHXH Việt Nam thay thế Nghị định số 100/2002/NĐ-CP. Các quy định trong NĐ 94/2008/NĐ-CP căn bản không thay đổi nhiều so với NĐ 100/2002/NĐ-CP. Tuy nhiên có một số điểm bổ sung sau:
+ Về vị trí, chức năng: “ BHXH Việt Nam là cơ quan thuộc chính phủ, có chức năng tổ chức thực hiện chế độ, chính sách BHXH bắt buộc, BHXH tự nguyện, BHYT bắt buộc, BHYT tự nguyện; tổ chức thu, chi chế độ bảo hiểm thất nghiệp; quản lý và sử dụng quỹ BHXH bắt buộc, BHXH tự nguyện, bảo hiểm thất nghiệp (sau đây gọi chung là BHXH), BHYT bắt buộc, BHYT tự nguyện (sau đây gọi chung là BHYT) theo quy định của pháp luật.
+ Quy định cụ thể, rõ ràng hơn trách nhiệm của BHXH Việt Nam đối với các bộ liên quan: Bộ LĐTB&XH, Bộ Y tế, Bộ Tài Chính.
+ Các thành viên trong Hội đồng quản lý BHXH gồm: đại diện Bộ LĐTB&XH, Bộ Y tế, Bộ Tài Chính, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, Tổng giám đốc BHXH Việt Nam (theo NĐ 100/2002/NĐ-CP); nay bổ sung thêm đại diện Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam, Liên minh hợp tác xã Việt Nam và Hội nông dân Việt Nam.
BHXH Việt Nam, trong đó đề cao vai trò của Hội đồng quản lý (NĐ 100/2002/NĐ- CP đề cao vai trò của Tổng giám đốc).