Bên cạnh những thành tựu ñạt ñược, công tác quản lý thuế của Việt Nam trong thời kỳ này vẫn còn một số hạn chế, yếu kém:
Một bộ phận người nộp thuế chưa thực sự tự giác tính ñúng, tính ñủ số
thuế phải nộp; nộp ñúng, nộp ñủ số thuếñã kê khai. Một số doanh nghiệp, hộ kinh doanh cố tình gian lận thuế với các hành vi, thủ ñoạn ngày càng tinh vi và phức tạp. Tình trạng thành lập doanh nghiệp ñể buôn bán, sử dụng hoá ñơn bất hợp pháp, tiếp tay cho doanh nghiệp khác trốn thuế, rút tiền nhà nước dưới nhiều hình thức còn khá bức xúc ở một số ñịa phương. Tình trạng nợ ñọng, chây ỳ nộp thuế ở một số ñịa phương chậm ñược khắc phục.
Các tổ chức, cá nhân liên quan chưa thật sự chủ ñộng phối hợp trong việc cung cấp thông tin, chia sẻ trách nhiệm với cơ quan thuế ñể thu thuế. Môi trường quản lý thuế chưa ñược cải thiện, thanh toán dùng tiền mặt vẫn là chủ yếu; người mua hàng hoá, dịch vụ vẫn chưa yêu cầu người bán lập hoá ñơn; hàng nhập lậu, hàng nhái nhãn mác, giá rẻ,...vẫn ñược bày bán tràn lan.
Một số cơ quan thuế, ñặc biệt là các ñô thị lớn, thành phố lớn chưa có biện pháp theo dõi, giám sát chặt chẽ người nộp thuế nên chưa nắm ñược chính xác các trường hợp ngừng hoạt ñộng, giải thể, phá sản, các trường hợp di chuyển ñịa bàn, chia tách, sát nhập,... do ñó chưa quản lý ñầy ñủ, chặt chẽ người nộp thuế.
Công tác tuyên truyền, hỗ trợ người nộp thuế ñã ñược nâng cao thêm một bước song chưa thật mạnh mẽ, chưa ñáp ứng yêu cầu của công tác quản lý thuế mới.
Chưa kiên quyết áp dụng các biện pháp ñôn ñốc, xử phạt các trường hợp kê khai chậm, không nộp tờ khai, hoặc tờ khai có nhiều sai sót. Việc nhận và nhập tờ khai chủ yếu vẫn là thủ công, vừa thiếu chính xác, vừa tốn nhiều nhân lực, không giành thời gian cho công việc kiểm tra, thanh tra thuế.
Công tác quản lý nợ của nhiều Cục thuế còn chưa chặt chẽ, phân tán
do ñó không kiểm soát ñược số nợ thuế chính xác, phân loại các khoản nợ thiếu kịp thời, chưa cương quyết áp dụng các biện pháp xử phạt; tổ chức cưỡng chế nợ còn nhiều lúng túng.
Công tác thanh tra, kiểm tra thuế trên cơ sở thu thập, phân tích thông tin, ñánh giá rủi ro theo quy ñịnh của Luật quản lý thuế ở nhiều nơi còn lúng túng nhất là ở cấp chi cục thuế nên kết quả còn hạn chế.
Cán bộ công chức thuế tuy ñã chuyển ñổi theo mô hình chức năng nhưng kỹ năng quản lý thuế theo từng chức năng chưa ñược ñào tạo và ñào tạo lại cho phù hợp (số lượng cán bộ ñược ñào tạo kỹ năng quản lý thuế mới chỉ ñược 10%/tổng số cán bộ của toàn ngành). Trình ñộ sử dụng khai thác các chương trình ứng dụng tin học của cán bộ thuế, kể cả cán bộ lãnh ñạo cơ quan thuế các cấp còn thấp chưa ñáp ứng ñược yêu cầu hiện ñại hoá.