- Nghiên cứu hồi cứu được tiến hành tại 4 bệnh viện (2 bệnh viện tuyến trung ương, và hai bệnh viện hạng 1 cấp thành phố), những nơi có đủ điều kiện trang thiết bị để tiến hành cả nghiên cứu hồi cứu và tiến cứu, do vậy các đặc điểm về bệnh nhân, đặc điểm dùng thuốc có thể chưa phản ánh toàn diện và đại diện cho việc sử dụng aminoglycosid trên tất cả các tuyến bệnh viện ở nước ta.
- Trong 4 bệnh viện nghiên cứu, có 2 bệnh viện là 108 và Thanh Nhàn chưa quản lý bệnh nhân theo thuốc sử dụng. Do vậy, đề tài không thể thiết lập khung chọn mẫu (danh sách các bệnh nhân sử dụng amikacin) để từ đó rút mẫu ngẫu nhiên từ danh sách. Do vậy, việc lấy mẫu ngẫu nhiên được thực hiện tại kho bệnh án theo thứ tự lưu trữ để khắc phục nhược điểm này.
- Tại hai bệnh viện 108 và Thanh Nhàn, việc xác định cỡ mẫu từng khoa theo từng thời gian được tiến hành dựa trên số lượng sử dụng thuốc và có thể có sai lệch, do ở một số khoa ở BV 108, bệnh án amikacin không có chẩn đoán nhiễm khuẩn có khác biệt ở từng khoa (nằm trong tiêu chuẩn loại trừ bệnh án) và có thể ảnh hưởng đến tỷ lệ mẫu ở từng khoa.
Để khắc phục nhược điểm này, cỡ mẫu ở BV 108 được nhân với một hệ số khá cao là 1,8. Tại BV Thanh Nhàn, do số lượng sử dụng khá ít, đề tài thu nhận toàn bộ lượng bệnh án đủ tiêu chuẩn trong tổng số lượng bệnh án rất lớn.
110
- Thông tin ghi chép trong bệnh án hồi cứu không thật đầy đủ, đặc biệt là chỉ số cân nặng của bệnh nhân, dẫn đến khó khăn trong phần phân tích các đặc điểm chức năng thận, đánh giá liều dùng của bệnh nhân và phần phân tích các yếu tố ảnh hưởng đến việc lựa chọn liều dùng cũng cho kết quả không thật chắc chắn.