Kho bạc nhà nớc cần phải kiểm tra, kiểm soát mọi khoản chi để bảo đảm cho các khoản chi đó phải: có trong dự toán ngân sách đợc duyệt, đợc cơ quan tài chính thông báo hạn mức kinh phí ( quý, tháng ); đúng chế độ, tiêu chuẩn, định mức do cơ quan nhà nớc có thẩm quyền quy định; đợc chủ trơng đơn vị sử dụng ngân sách ( hoặc ngời đợc uỷ quyền ) chuẩn chi; có đầy đủ hoá đơn, chứng từ hợp pháp, hợp lệ.
Trách nhiệm này của kho bạc nhà nớc là rất lớn, vì vậy cần phải xác định rõ quy trình kiểm soát từ khâu đầu đến khâu cuối quy trình chi và khẳng định rõ vị trí, vai trò của các cơ quan, các kế toán viên, thủ trởng kho bạc nhà nớc các cấp trong việc kiểm soát chi tiêu ngân sách nhà nớc.
Nguyên lý chung của việc cấp phát, thanh toán là: những khoản chi nào có đủ điều kiện thì kho bạc nhà nớc cấp phát thanh toán, những khoản chi nào cha có đủ điều kiện thanh toán hoặc một số khoản chi thờng xuyên có giá trị nhỏ, kho bạc nhà nớc có thể tạm ứng cho đơn vị, sau đó đơn vị có trách nhiệm báo cáo lại cho kho bạc nhà nớc để chuyển từ tạm ứng sang thực chi.
Đối với việc cấp phát, thanh toán chi đầu t xây dựng cơ bản, khi thực hiện cơ chế cấp trực tiếp từ kho bạc nhà nớc thì các chủ đầu t phải mở tài khoản tại kho bạc nhà nớc, cơ quan tài chính thông báo hạn mức cho cơ quan đầu t phát triển để phân bổ trực tiếp cho chủ công trình, không chuyển vốn từ tài khoản ngân sách nhà nớc sang tài khoản tiền gửi của cơ quan đầu t phát triển nh hiện nay; cơ quan đầu t phát triển thực hiện kiểm tra, thẩm định, ra lệnh cấp tạm ứng hoặc thanh toán chuyển cho kho bạc nhà nớc để cấp phát, thanh toán trực tiếp cho đơn vị nhận thầu hoặc cấp qua chủ đầu t.