Cơ chế của việc phối hợp kế hoạch kinh tế quốc dân của các nớc thành viên HĐTTKT xuất phát từ cơ sở kinh nghiệm thực tiễn của việc phối hợp đã đ- ợc hình thành và dần đợc hoàn thiện.
Việc phối hợp kế hoạch kinh tế quốc dân đợc tiến hành trên cơ sở hai nớc hoặc nhiều nớc tuỳ theo các vấn đề phối hợp. Nếu vấn đề mà chỉ hai nớc quan tâm thì sẽ đợc phối hợp trên cơ sở hai bên, còn vấn đề đó đợc nhiều nớc quan tâm cùng giải quyết thì sẽ giải quyết trên cơ sở nhiều bên. Uỷ ban thờng trực sẽ là cơ quan vạch ra công tác phối hợp kế hoạch cho các nớc HĐTTKT. Công việc phối hợp kế hoạch đợc tiến hành ngay từ 2 đến 3 năm trớc khi thông qua chính thức kế hoạch phát triển kinh tế quốc dân của từng nớc.
Phối hợp kế hoạch đợc thực hiện qua 2 giai đoạn. Giai đoạn đầu các nớc trao đổi ý kiến với nhau. Trao đổi ý kiến này nếu là giữa hai nớc thì đợc thực hiện bởi các cơ quan kế hoạch của các nớc thành viên HĐTTKT. Còn nếu là trao đổi ý kiến nhiều bên thì đợc thực hiện trong các Ban chuyên ngành, trong các Uỷ ban của HĐTTKT. Khi trao đổi ý kiến các nớc thông báo cho nhau về quá trình lập kế hoạch kinh tế quốc dân, nêu lên các vấn đề mà các nớc cùng quan tâm phối hợp và khả năng có thể hợp tác của từng nớc.
Những ý kiến trao đổi dựa trên những Nghị quyết của Đảng cộng sản và công nhân các nớc XHCN, dựa trên những điều khoản về liên kết kinh tế và các hiệp định đợc ký kết giữa các nớc XHCN. Việc trao đổi ý kiến giữa các cơ quan kế hoạch của các nớc đã có thể tạo ra khả năng giải quyết những vấn đề mà các nớc cùng quan tâm, trên cơ sở nhiều bên.
Dựa vào kết quả của giai đoạn đầu, bớc sang giai đoạn hai sẽ thảo luận những vấn đề cụ thể đặt ra, qua đó sẽ xác định đợc vấn đề then chốt mà các nớc cùng quan tâm.
Sau khi đã trao đổi thảo luận thì công việc cuối cùng công tác phối hợp kế hoạch là kí kết các biên bản về phối hợp kế hoạch. Trên cơ sở các biên bản này các Bộ trởng ngoại thơng sẽ kí các hiệp đồng ngoại thơng. Và dựa trên các hợp đồng ngoại thơng này thì các nớc sẽ kí hợp đồng buôn bán hàng năm.
Toàn bộ công tác phối hợp kế hoạch cùng với việc lập kế hoạch kinh tế quốc dân từng nớc và phải hoàn thành trớc khi bớc vào thực hiện Kế hoạch 5 năm. Từ đó để biết đợc trong kế hoạch từng nớc sẽ tính đợc đầy đủ những nhiệm vụ mà các nớc đã nhận trong quá trình phối hợp và hợp tác.
Nh vậy, ta đã biết việc phối hợp kế hoạch đợc diễn ra trên cơ sở hai bên hoặc nhiều bên nhng nó lại có mối liên hệ chặt chẽ với nhau. Dù hợp tác đợc phối hợp trên cơ sở nhiều bên thì cuối cùng cũng đợc cụ thể hoá bằng các văn bản trên cơ sở hai bên. Vì chỉ trên cơ sở hai bên các nớc mới có thể tính đến đầy đủ đặc điểm và yêu cầu của từng nớc trong quá trình hợp tác.
Phối hợp kế hoạch gồm nhiều cơ quan thuộc HĐTTKT, các cơ quan kế hoạch và các Bộ chuyên ngành của các nớc thành viên tham gia. Trong các cơ quan này thì cơ quan thuộc HĐTTKT đóng vai trò chủ đạo trong việc đề ra các nguyên tắc và các phơng pháp luận phối hợp các kế hoạch kinh tế quốc dân, chuẩn bị những thông tin, những kiến nghị về việc phối hợp. Các cơ quan này còn lập ra những chơng trình dài hạn về hợp tác khoa học - kỹ thuật, xây dựng các chơng trình mục tiêu dài hạn về hợp tác, chuẩn bị các hiệp định nhiều bên về chuyên môn hoá và hợp tác hoá sản xuất... Đồng thời các cơ quan kế hoạch và các Bộ chuyên ngành của các nớc thành viên cũng đóng vai trò quan trọng trong việc phối hợp kế hoạch. Trực tiếp lãnh đạo Uỷ ban hợp tác phối hợp kế hoạch của các nớc là chủ nhiệm Uỷ ban kế hoạch Nhà nớc của các nớc thành viên. Các phó chủ nhiệm Uỷ ban kế hoạch Nhà nớc tham gia vào công tác văn phòng Uỷ ban kế hoạch này. Các cán bộ của Uỷ ban kế hoạch Nhà nớc và các
Bộ chuyên ngành tham gia vào công tác của các tổ trong Uỷ ban phối hợp. Có thể nói rằng trong tất cả các giai đoạn của việc phối hợp kế hoạch kinh tế quốc dân các cơ quan kế hoạch Nhà nớc của các nớc thành viên đã đóng vai trò hết sức quan trọng.