Các KCN, KCX thuộc hệ thống quản lý theo ngành dọc là BQL KCN Việt Nam trực thuộc Chính phủvà BQL KCN ở địa phương(thuộc UBND các tỉnh, thành phố có các KCN). Ngoài ra về lĩnh vực môi trường các KCN, KCX chịu sự quản lý của cơ quan QLNN ở cấp TW là Bộ KHCN&MT và địa phương là UBND các tỉnh/thành phốmà trực tiếp là SởKHCN.
Thực tếcho thấy SởTNMT chỉ đáp ứng phần nào việc quản lý các vấn đề môi trường
chất lượng môi trường nước và không khí xung quanh các KCN, còn các vấn đề bên trong hàng rào chỉ có thể quản lý tốt bởi chính bộ phận chức năng quản lý môi trường của từng KCN (phòng QLMT). Do đó đểkiểm soát vấn đề ô nhiễm trong các KCN, KCX cần tổchức quản lý môi trường theo các hướng sau:
Thực hiện chặt chẽ và đúng theo quy chế Bảo vệ môi trường KCN do Bộ trưởng Bộ
Khoa học, Công nghệ và Môi trường ra quyết định ban hành ngày 9/8/2002. (xem Phụ
lục 24).
Việc phân cấp QLMT KCN phải được thực hiện hợp lý, phân công cụthểtrách nhiệm, quyền hạn trong công tác QLNN vềBVMT đối với các phòng, ban có chức năng trong các KCN, KCX và thường xuyên có kế hoạch kiểm tra, đôn đốc thực hiện theo chức
năng và thẩm quyền được phân công;
Xây dựng lại các quy định, thủtục vềBVMT theo hướng gỡbỏtính chấtrườm rà, gây tâm lý e ngại cho doanh nghiệp trong việc liên hệchấp hành quy định BVMT
Tăng cường công tác hậu kiểm thực hiện đánh giá tác động môi trường hay cam kết BVMT mà doanh nghiệp đã đăng ký với cơ quan chức năng.