Thông thường trong các trường hợp cô đặc, loại bỏ muối và đổi dịch đệm của nucleic acid (DNA, RNA) người ta vận dụng phương pháp kết tủa bằng ethanol. Tuy nhiên, tùy trường hợp có khi không thể sử dụng được phương pháp này người ta có thể vận dụng phương pháp khác. Khi sử dụng phương pháp kết tủa ethanol nếu thu được sản phẩm chứa nhiều tạp chất (như khi dung xuất DNA từ gel polyacrylamide) người ta phải dùng phương pháp hấp phụ bằng cột nhựa/chất nhồi hấp phụ (thường gọi là "cột cao su hấp phụ" hay "cột chất nhồi hấp phụ", "absorbent resin column") trao đổi ion âm để vừa cô đặc vừa làm sạch DNA.
1. Cô đặc
1.1. Kết tủa bằng ethanol
1) Cho 2 đến 2,5 lần ethanol vào dịch DNA có chứa sodium acetate và NaCl nồng độ 0,2M trở lên, trộn đều rồi cho vào buồng lạnh −20 hoặc −70 °C để kết tủa. Có thể thay NaCl bằng sodium phosphate với lượng rất nhỏ cũng có tác dụng gây kết tủa DNA. Tuy nhiên, nếu dùng sodium phosphate thì sau đó cần thẩm tích để loại bỏ muối này.
2) Duy trì nhiệt độ thấp: khoảng 10 - 15 phút ở −70 ºC, hoặc khoảng 1 - 12 giờ ở −20 °C.
3) Quay li tâm 15 phút ở 4 °C với tốc độ 15.000 v/ph để tập trung kết tủa. Trước khi li tâm có thể thấy kết tủa trắng trong ống nghiệm, khi đó chỉ cần quay li tâm nhẹ 3.000 v/ph ở 4 °C trong vòng 10 phút cũng đủ để tập trung tủa. Thậm chí có thể dùng móc thủy tinh móc riêng phần tủa DNA dưới dạng sợi trắng khỏi dịch ethanol nếu hàm lượng DNA đủ lớn.
4) Bỏ nước mặt, để loại bỏ muối khỏi tủa cần thêm (khoảng hai lần thể tích mẫu) ethanol 70% vào ống, lại li tâm rót bỏ ethanol. Nếu nhiều DNA thì có thể nhúng móc mang DNA vào lọ chứa ethanol 70% một ít phút, lượng muối trong DNA sẽ giảm.
5) Sấy khô hoặc hong khô ống chứa DNA rồi thêm dung dịch đệm TE hoặc nước cất để có dung dịch DNA với nồng độ thích hợp.
Chú ý: Có thể thay thế ethanol bằng isopropanol với lượng nhỏ hơn (lượng tương đương với dịch DNA) khi cần kết tủa DNA trong dịch khá lớn với ống không thể thêm 2,5 lần thể tích ethanol. Tuy nhiên, sau đó nên kết tủa lại với ethanol vì khó làm khô isopropanol, ít hòa tan muối và chỉ
dùng isopropanol khi thật cần thiết (do mùi khó chịu...).
1.2. Cô đặc bằng butanol
1) Thêm vào dịch DNA một lượng tương đương hoặc hơn chút ít n- butanol, trộn đều rồi li tâm nhẹ.
2) Hút bỏ butanol rồi thêm vào lượng butanol khác và lặp lại thao tác trên. 3) Hút bỏ butanol rồi thêm vào một lượng tương đương ethyl ether so với lượng dịch còn lại.
4) Quay li tâm rồi hút bỏ ether (ether sẽ chiết xuất butanol khỏi dịch). 5) Loại bỏ vết ether còn lại bằng cách bơm không khí (tốt hơn là khí nitơ) qua ống hút Pasteur vào trong ống nghiệm để làm khô mẫu. Cũng có thể dùng buồng áp suất thấp (buồng chân không) để làm bay hơi ether.
6) Hòa tan DNA vào TE hoặc nước cất.
1.3. Phương pháp sử dụng cột (DEAE-cellulose column)
1) Cột DEAE-cellulose có thể được chế từ ống pippet loại 1 ml hoặc ống hút Pasteur. Trước tiên lấy một ống sạch, nhét vào chỗ thắt của ống một lượng nhỏ bông đã loại dầu mỡ, hấp cao áp tiệt trùng.
2) Cho lên lớp bông khoảng 0,2 ml Sephadex 50 đã tiệt trùng, rồi cho lên đó khoảng 0,1 ml DE 52 cũng đã tiệt trùng (hai chất liệu được hòa riêng trong nước rồi hấp cao áp).
3) Cho mẫu dịch DNA chảy qua ống để hấp phụ DNA, dịch qua lần đầu được rót cho đi qua cột lần nữa.
4) Rửa cột bằng dung dịch đệm với một lượng gấp mấy lần thể tích cột, chứa Tris-HCl (pH 7,5) 10mM, NaCl 50mM và EDTA 1mM.
5) Dung xuất bằng dung dịch đệm nêu trên nhưng với nồng độ NaCl cao hơn, chứa Tris-HCl (pH 7,5) 10mM, NaCl 1,0M và EDTA 1mM. Kết tủa bằng ethanol.
2. Thẩm tích
1) Ngâm ống thẩm tích (túi thẩm tích, có thể mua được từ một số hãng) trong nước chứa EDTA khoảng 50mM rồi đun sôi trong 10 phút.
2) Thay nước cất mấy lần, quấy để rửa sạch.
3) Để nước cất vậy mà hấp cao áp tiệt trùng 10 phút, rồi bảo quản ở 4 ºC. Tuyệt đối không để màng (ống) thẩm tích bị khô nước.
4) Thực hiện thẩm tích. Cho mẫu dịch nguyên liệu vào ống thẩm tích, kẹp chặt hoặc buộc chặt hai đầu, cho vào bình (chậu) chứa khoảng 500 - 1.000 lần thể tích dung dịch đệm. Ngoại dịch này có thể cần phải thay trong trường hợp thẩm tích phenol trong DNA trong khi cần kéo dài thời gian thẩm tích đến 48 giờ. Nếu thẩm tích cesium chloride (CsCl) khỏi DNA plasmid thì chỉ cần khoảng 4 giờ.