Từ thực trạng quản lý phát triển nuôi trồng thủy sản cho thấy vấn đề bức xúc hiện nay trong quản lý là thiếu sự phối hợp của các ngành, các cấp, các hội, các đoàn thể trong việc lãnh đạo, chỉ đạo và củng cố tổ chức nuôi trồng thủy sản. Mặc dù đã có sự chỉ đạo xây dựng phong trào quần chúng nhân dân tham gia nuôi trồng thủy sản. Vấn đề hiện nay là làm thế nào để tất cả các ngành, các cấp và toàn thể nhân dân thấy rõ nhiệm vụ bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản là trách nhiệm của tất cả mọi người. Chính quyền các cấp đặc biệt là cấp huyện, cấp xã thấy được vai trò trách nhiệm của mình xây dựng quy hoạch, kế hoạch bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản. Xây dựng và ban hành kịp thời quy định về quản lý bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản trên địa bàn huyện xã mình. Xây dựng kế hoạch phối hợp với các ban hành chức năng có liên quan như: Công an, Bộ đội biên phòng, cơ quan thông tin tuyên truyền, Sở Khoa học, công nghệ và môi trường, các trường đại học... có trách nhiệm phối hợp với Sở Thủy sản, UBND 5 huyện và 31 xã vùng đầm phá tổ chức tuyên truyền giáo dục pháp luật, pháp lệnh, các văn bản pháp quy có liên quan. Phối hợp tổ chức tuần tra, kiểm tra, kiểm soát và xử lý kịp thời các hành vi vi phạm pháp luật. Xây dựng các dự án phục vụ quản lý nguồn lợi thủy sản, phát triển kinh tế vùng đầm phá.
Sự phối hợp của các ngành các cấp thể hiện qua sơ đồ sau:
ủy ban nhân dân tỉnh Các ban ngành liên quan Sở thủy sản ủy ban nhân dân huyện ủy ban nhân dân xã Phòng thủy sản Vùng
Sự phối hợp của Sở Thủy sản, các ban ngành, các huyện và xã hình thành nên các trạm, các đội tuần tra bảo vệ. Vấn đề đặt ra hiện nay là sự phối hợp chưa chặt chẽ, việc xử lý vi phạm chưa nghiêm minh do tình làng, nghĩa xóm, anh em bà con... Các đội tuần tra còn thiếu phương tiện hoạt động, hiện tượng chống đối người thi hành công vụ vẫn xảy ra thường xuyên. Nguồn kinh phí cho công tác này hoạt động vẫn còn rất hạn hẹp do đó công tác kiểm tra thiếu tính thường xuyên liên tục, hiệu quả chưa cao. Một số nghề cấm khai thác hiện nay như: nghề xung điện, nghề te quệu, nghề xiếc, đánh bằng chất nổ vẫn tồn tại. Một số nghề hạn chế phát triển: nghề sáo mùng, nghề đáy... đang đòi hỏi phải có sự phối hợp quản lý tốt.