xây dựng quỹ đất khu tái định cư chưa đảm bảo kịp thời để di chuyển tái định cư cho các hộ dân ngay sau khi có phương án bồi thường, hỗ trợ.
Trình tự thủ tục bồi thường, hỗ trợ khi thu hồi đất yêu cầu trước khi phê duyệt dự án phải có phương án hỗ trợ tái định cư cụ thể đối với những dự án có liên quan đến tái định cư và khu tái định cư phải đảm bảo đầy đủ cơ sở hạ tầng đáp ứng được nhu cầu sinh hoạt của người tương đương hoặc tốt hơn so với nơi ở cũ, ổn định cuộc sống và sản xuất. Tuy nhiên, thực tế cho thấy có rất nhiều dự án gặp phải vướng mắc trong xây dựng quỹ đất, quỹ nhà tái định cư; cơ sở hạ tầng khu tái định cư còn thiếu và chất lượng không cao; ví dụ như trường hợp dự án xây dựng nâng cấp đường Dốc Hội – Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội I được phê duyệt quyết định 2346 của UBND huyện Gia Lâm ngày 18/5/2009 có khu tái định cư nhưng chưa có cơ sở hạ tầng đầy đủ, do đó người dân chưa thể chuyển đến khu tái định cư mới để bàn giao mặt bằng.
-Thứ ba, giá bồi thường hỗ trợ trong một dự án tại các thời điểm khác nhau chưa thống nhất trong cùng dự án, làm chậm tiến độ của dự án. nhau chưa thống nhất trong cùng dự án, làm chậm tiến độ của dự án.
Trong thời gian hiện nay công tác đền bù GPMB thực sự là vấn đề nóng bỏng, nhạy cảm và phức tạp thu hút sự quan tâm của cộng đồng, của xã hội; là vấn đề cấp thiết cần được giải quyết khẩn trương do những vướng mắc trong công tác đền bù GPMB chính là nguyên nhân làm chậm tiến độ thực hiện các dự án. Một trong những vấn đề gây tranh cãi khiếu kiện, người dân không chấp nhận khi thỏa thuận phương án đền bù GPMB là giá đền bù đất thường thấp hơn giá thị trường cũng như sự chênh lệch giữa giá đền bù GPMB và giá nhà, đất tái định cư. Bởi lẽ, giá đất để tính bồi thường, hỗ trợ là giá đất theo mục đích sử dụng đã được UBND Thành phố quy định và công bố áp dụng trên khung giá đất hàng năm của thành phố; không bồi thường theo giá đất sẽ chuyển mục đích sử dụng. Trong khi đó, giá nhà tái định cư được tính theo đơn giá xây dựng mới nhà ở, vật kiến trúc đã được UBND thành phố quy định ban hành kèm theo quyết định số 40/2008/QĐ-UBND ngày 22-10-2008. Bảng giá của các chủng loại nhà ở, vật kiến trúc được ban hành kèm theo quyết định trên được tính toán, xây dựng trên cơ sở đơn giá cho các loại nhà ở, vật kiến trúc mang tính chất phổ biến, gặp nhiều trong công tác bồi thường, hỗ trợ, tái định cư trên địa bàn thành phố Hà Nội và các địa phương vừa hợp nhất về Hà Nội. Còn đơn giá xây dựng mới nhà ở, vật kiến trúc được tính toán trên cơ sở xuất vốn đầu tư xây dựng do Bộ Xây dựng ban hành kèm theo văn bản số 1600/BXD-VP ngày 25-7-2007 và chỉ số giá xây dựng công trình do Bộ Xây dựng ban hành tại thời điểm tính toán; hồ sơ thiết kế và hồ sơ dự toán của các công trình nhà ở, vật kiến trúc.
Việc đền bù thiệt hại về đất theo giá thị trường tại thời điểm đền bù rất khó thực hiện, vì mức giá luôn thay đổi và trên thực tế không có số liệu thống kê cập nhật.
Trong những năm vừa qua, rút kinh nghiệm từ các dự án đã và đang thực hiện cho thấy quá trình giải tỏa chỉ thực sự diễn ra suôn sẻ sau khi thành phố và huyện điều chỉnh mức giá đền bù để người dân bớt thiệt thòi. Mức giá thị trường thường xuyên thay đổi, có thể tăng đột ngột do các yếu tố quy hoạch tạo sự chênh lệch rất lớn so với mức giá trị tại thời điểm lập phương án đền bù thiệt hại về đất theo giá thị trường tại thời điểm đền bù sẽ rất phức tạp do phải thay đổi liên tục.